PDB-9bfa: BCAT mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bfa

タイトル

BCAT mutant

要素

Branched-chain-amino-acid aminotransferase, cytosolic

キーワード

TRANSFERASE / aminotransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

branched-chain-amino-acid transaminase activity / L-leucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-valine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine-2-oxoglutarate transaminase activity / branched-chain amino acid biosynthetic process / branched-chain-amino-acid transaminase / L-leucine biosynthetic process / Branched-chain amino acid catabolism / L-valine biosynthetic process / lipid metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.786 Å

データ登録者

Dong, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2025
タイトル: Crystal structures of the phosphorylation mimics of human cytosolic branched chain aminotransferase.
著者: Dare, E.S. / Newman, R.H. / Conway, M.E. / Dong, M.

履歴

登録	2024年4月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bfa.cif.gz	325.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bfa.ent.gz	251.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bfa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/9bfa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/9bfa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9bfoC 8vxp PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Branched-chain-amino-acid aminotransferase, cytosolic

B: Branched-chain-amino-acid aminotransferase, cytosolic

E: Branched-chain-amino-acid aminotransferase, cytosolic

F: Branched-chain-amino-acid aminotransferase, cytosolic

ヘテロ分子

165 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Branched-chain-amino-acid aminotransferase, cytosolic

B: Branched-chain-amino-acid aminotransferase, cytosolic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Branched-chain-amino-acid aminotransferase, cytosolic

F: Branched-chain-amino-acid aminotransferase, cytosolic

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.284, 115.630, 149.413
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Branched-chain-amino-acid aminotransferase, cytosolic / BCAT(c) 分子量: 41171.887 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCAT1, BCT1, ECA39 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P54687, branched-chain-amino-acid transaminase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 830 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.07 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 18% PEG 3350, 200 mM MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.786→91.445 Å / Num. obs: 496484 / % possible obs: 82.1 % / 冗長度: 11.4 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 1.786→1.816 Å / Num. unique obs: 102468 / CC_1/2: 0.34

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.786→91.445 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / WR_factor R_free: 0.264 / WR_factor R_work: 0.225 / SU B: 5.761 / SU ML: 0.152 / Average fsc free: 0.894 / Average fsc work: 0.9056 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.131 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2679	8936	4.97 %
R_work	0.232	170845	-
all	0.234	-	-
obs	-	179781	99.361 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.637 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.32 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.085 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.764 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.786→91.445 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11474	0	63	830	12367

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	11843
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11100
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.665	1.83	16120
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.592	1.744	25640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.983	5	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.58	5	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.505	10	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.322	10	511
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1781
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	13816
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2644
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	10890
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	5785
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	6226
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	716
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.042	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.103	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.5	3.093	5817
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.499	3.093	5817
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.6	5.551	7266
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.601	5.551	7267
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.688	3.525	6026
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.689	3.526	6023
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.753	6.287	8854
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.753	6.287	8855
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	20.097	31.91	13708
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	20.012	31.472	13587

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.786-1.832	0.502	615	0.504	11706	0.504	13286	0.654	0.672	92.7367	0.497
1.832-1.882	0.464	617	0.448	12220	0.449	12889	0.719	0.731	99.5966	0.44
1.882-1.937	0.402	614	0.401	11984	0.401	12623	0.815	0.817	99.8019	0.386
1.937-1.996	0.376	609	0.359	11583	0.36	12204	0.852	0.858	99.9017	0.336
1.996-2.062	0.341	598	0.331	11226	0.332	11839	0.888	0.89	99.8733	0.305
2.062-2.134	0.33	598	0.299	10879	0.3	11493	0.909	0.921	99.8608	0.271
2.134-2.215	0.311	538	0.276	10527	0.277	11069	0.921	0.94	99.9639	0.25
2.215-2.305	0.283	533	0.249	10138	0.251	10677	0.943	0.955	99.9438	0.224
2.305-2.407	0.295	483	0.243	9737	0.245	10221	0.944	0.961	99.9902	0.218
2.407-2.525	0.272	475	0.227	9317	0.229	9814	0.949	0.967	99.7758	0.206
2.525-2.661	0.28	493	0.223	8855	0.226	9348	0.952	0.971	100	0.204
2.661-2.822	0.255	423	0.209	8448	0.211	8871	0.962	0.975	100	0.195
2.822-3.017	0.257	440	0.21	7852	0.213	8292	0.96	0.975	100	0.202
3.017-3.259	0.253	426	0.203	7382	0.206	7809	0.961	0.977	99.9872	0.198
3.259-3.569	0.221	367	0.198	6794	0.199	7161	0.971	0.981	100	0.199
3.569-3.99	0.239	305	0.185	6203	0.188	6508	0.969	0.983	100	0.196
3.99-4.605	0.168	271	0.153	5499	0.154	5784	0.985	0.988	99.7579	0.175
4.605-5.637	0.177	221	0.144	4667	0.145	4908	0.985	0.991	99.5925	0.172
5.637-7.957	0.241	178	0.19	3705	0.193	3883	0.971	0.984	100	0.22
7.957-91.445	0.243	132	0.205	2123	0.207	2258	0.968	0.976	99.8671	0.275

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関連情報:EMDBヘッダ

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