[日本語] English
万見
- PDB-9bf9: Human LAG-3-HLA-DR1 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bf9
タイトルHuman LAG-3-HLA-DR1 complex
要素
  • (HLA class II histocompatibility ...) x 2
  • Lymphocyte activation gene 3 protein
  • Membrane protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immune receptor complex Class II Human Leucocyte Antigen Lymphocyte activation Gene-3 IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of protein M / plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of regulatory T cell differentiation / SARS-CoV-2 modulates autophagy / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity ...Maturation of protein M / plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of regulatory T cell differentiation / SARS-CoV-2 modulates autophagy / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / MHC class II protein binding / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of interleukin-2 production / natural killer cell mediated cytotoxicity / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / host cell Golgi membrane / polysaccharide binding / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / regulation of immune response / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / T cell receptor binding / antigen binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / MHC class II antigen presentation / protein sequestering activity / T cell activation / trans-Golgi network membrane / VEGFR2 mediated vascular permeability / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell activation / cognition / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / endocytic vesicle membrane / late endosome membrane / transmembrane signaling receptor activity / Downstream TCR signaling / PIP3 activates AKT signaling / TRAF3-dependent IRF activation pathway / early endosome membrane / adaptive immune response / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / Attachment and Entry / lysosome / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / immune response / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / innate immune response / viral envelope / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / cell surface / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
M matrix/glycoprotein, SARS-CoV-like / M matrix/glycoprotein, coronavirus / Coronavirus M matrix/glycoprotein / Coronavirus membrane (Cov-M) protein profile. / Interleukin-1 receptor family / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain ...M matrix/glycoprotein, SARS-CoV-like / M matrix/glycoprotein, coronavirus / Coronavirus M matrix/glycoprotein / Coronavirus membrane (Cov-M) protein profile. / Interleukin-1 receptor family / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / Membrane protein / Lymphocyte activation gene 3 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Petersen, J. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)ARC LP190101290 オーストラリア
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of the human LAG-3-HLA-DR1-peptide complex.
著者: Petersen, J. / Llerena, C. / Golzarroshan, B. / Faoro, C. / Triebel, F. / Rossjohn, J.
履歴
登録2024年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain
G: Membrane protein
D: Lymphocyte activation gene 3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,21910
ポリマ－92,6934
非ポリマー1,5266
水00
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain
G: Membrane protein
D: Lymphocyte activation gene 3 protein
ヘテロ分子

A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain
G: Membrane protein
D: Lymphocyte activation gene 3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,43920
ポリマ－185,3868
非ポリマー3,05312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.714, 148.067, 85.586
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

-
要素

-
HLA class II histocompatibility ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 21919.594 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-206 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HLA-DRA1*0101 with terminal / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F (GNTI-) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain / HLA-DRB1 protein / MHC class II antigen


分子量: 24033.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F (GNTI-) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: D7RIG0

-
タンパク質・ペプチド / タンパク質 , 2種, 2分子 GD

#3: タンパク質・ペプチド Membrane protein / M / E1 glycoprotein / Matrix glycoprotein / Membrane glycoprotein


分子量: 1401.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK293F (GNTI-) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC5
#4: タンパク質 Lymphocyte activation gene 3 protein / LAG-3


分子量: 45338.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAG3, FDC / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18627

-
糖 , 2種, 2分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.62 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22% PEG 8000, 0.16M Li2SO4, 0.1M HEPES pH 7.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→81.56 Å / Num. obs: 32890 / % possible obs: 99.72 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 132.4 Å2 / Rpim(I) all: 0.07283 / Net I/σ(I): 14.52
反射 シェル解像度: 3.4→3.522 Å / 冗長度: 8.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / Num. unique obs: 1716 / Rpim(I) all: 0.6499 / % possible all: 99.13

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→81.56 Å / SU ML: 0.4954 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 28.1828
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2531 3375 10.26 %
Rwork0.2059 29514 -
obs0.2106 32889 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 146.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→81.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4768 0 97 0 4865
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00244993
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47346795
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043739
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058884
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.75141847
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.450.41651380.37481214X-RAY DIFFRACTION98.4
3.45-3.50.36471510.33841210X-RAY DIFFRACTION98.55
3.5-3.550.35991260.321234X-RAY DIFFRACTION100
3.56-3.610.31831420.31631244X-RAY DIFFRACTION100
3.61-3.680.33421580.29461205X-RAY DIFFRACTION100
3.68-3.740.3011690.28821219X-RAY DIFFRACTION100
3.74-3.810.36751130.27841241X-RAY DIFFRACTION100
3.81-3.890.29331360.25831232X-RAY DIFFRACTION97.99
3.89-3.980.2891480.23131173X-RAY DIFFRACTION98.51
3.98-4.070.26711560.22891246X-RAY DIFFRACTION99.93
4.07-4.170.23421310.2011239X-RAY DIFFRACTION100
4.17-4.280.21531800.17641204X-RAY DIFFRACTION99.93
4.28-4.410.27941240.18471230X-RAY DIFFRACTION100
4.41-4.550.22881510.171230X-RAY DIFFRACTION100
4.55-4.710.20281420.15791223X-RAY DIFFRACTION100
4.72-4.90.23341320.16221275X-RAY DIFFRACTION100
4.91-5.130.26741260.16571227X-RAY DIFFRACTION100
5.13-5.40.20851390.17641248X-RAY DIFFRACTION100
5.4-5.740.24691390.19961234X-RAY DIFFRACTION100
5.74-6.180.25811350.2131240X-RAY DIFFRACTION100
6.18-6.80.26861490.22651219X-RAY DIFFRACTION99.93
6.8-7.780.20321220.19721249X-RAY DIFFRACTION100
7.78-9.80.20271510.16921241X-RAY DIFFRACTION100
9.81-81.560.28021170.20891237X-RAY DIFFRACTION99.19
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.616518665810.209487773946-3.412621813398.79504003137-0.5271092311045.389030965780.3094373954871.23853492703-0.7830286735691.407128340060.599230757466-1.009377793240.3834351565190.0452801741347-0.3666639091491.155978010240.17146229046-0.3808672549481.648503245630.233306058651.15810526976-30.085165972417.8246779796-14.72368862
23.173020213762.509889968772.067089402314.06743494154-0.1403979893682.950289964550.02595969736481.036997681850.08649981945681.250517421470.04095798949090.754383236215-0.813727622677-0.450845885682-0.4692159890751.339345782530.03396112796330.128276917850.9800482234610.2259026328340.792781889825-38.290040860612.0931471869-13.1298071164
32.70079421196-1.489371091012.184077569718.443840866373.716956985198.49340984152-0.437851587650.743610440441-0.6442465122410.06963751916311.02877180284-1.541709806261.58185631387-0.143715054581-0.4076166112171.53108635857-0.121362533657-0.3128060881871.51337045011-0.1075819708661.51580472764-30.76516075135.88606056624-21.8977112065
42.01252154631-4.38745611227-1.99656672278.660101339513.662289138725.1919021563-0.137247772539-2.014744140030.06642321170730.2470962078230.9398514973780.2185281141370.386334110154-0.981485781439-0.4617022878331.59062802991-0.230968865825-0.2055254589041.440277563680.5361177309951.45856517715-38.107571920310.263053378-1.83603131423
54.25208667593-0.544926620306-3.662200918463.99629059720.6792755817626.25021887797-0.6140455731140.150226156401-0.3666605398920.7773134786220.5767499423110.6175191624421.91370312846-0.5947094858990.03322985316730.746566328365-0.00913893115006-0.2008361910221.387861433380.1995883342061.27933509386-45.518597698822.1278547541-25.1659723498
64.10127493915-3.21099953735-1.524514611235.01505187454-1.646977610483.77701486473-0.116299354928-0.5559086346520.1275568580910.3453498838170.8073714725090.35070782873-0.235472466581-0.386709734596-0.5891086409830.558926706107-0.0554273026699-0.02612706522491.267100947950.2471676285081.01762230146-45.80160352417.6358102479-25.2815826578
77.226799603361.87522100559-0.91429237445.369968461041.167933230715.26459832445-0.7251900949830.548549047916-1.41348993542-0.8082833409310.5031460706281.68075425652-0.894469801596-1.05603641327-0.5781361300830.888640123029-0.0813843468858-0.3838234454551.46789848953-0.07043894593881.47949964798-47.692249213615.6698186926-38.1940640992
83.713352566310.39220404059-2.306969556793.312206562492.760488575156.59672916649-0.382948263371.292653268650.0442588779925-0.116154870929-0.7346046122931.56913029059-0.489498072785-3.47998784581.022133808410.752620531527-0.08249519581710.1005514939311.939861184710.1741996791831.73655724939-55.156983150421.151420438-23.850873679
90.998354472783-2.55128477054-2.190517590918.974327165445.203627652544.888395484051.61106908145-0.2648453645781.17827451135-2.957770911990.882340323062-0.549024416684-0.949043983581-0.15677293097-2.702431691581.51981985965-0.005245288402840.03438666305652.13438071270.06328870677611.51935586273-51.271129718925.0285117137-40.7794152182
104.653713509160.08247853559673.576445025963.802185819480.6617751296642.772876566650.0374394282047-0.5735948788960.08316651939950.9687824555330.327425428751-0.6850524043580.08510898488290.421996180133-0.2851947040221.130628242330.207403703641-0.2128437447061.26753835792-0.03399689772860.827149811444-27.087250419519.5838463802-8.00098675286
115.06138936897-0.0965042792864-1.396259904596.00249964135-1.151986098065.42242611944-0.0007065727020931.190264900680.31557334791-1.15491626990.00735870191439-0.320356890052-0.3026023504140.127137716081-0.07384745169360.7089785257190.01351670490670.04332418842111.65355752905-0.07775819403170.969899447998-31.783521618932.2431604841-44.2340079826
127.86085458199-2.97787293397-5.091688342146.05270764294.684820444344.84944422069-0.943495594322-2.29012373338-1.730323003320.655043477080.217223077161.70270502272.246120348271.044605628250.6509486138820.9190103349160.124750107307-0.2183931666980.9441799221780.2778318207330.954168131233-26.88405847179.06215402676-6.11888543101
132.011243255370.793038643536-1.81837663575.07411495597-2.592161014073.246805118840.9349208206470.9600493416391.70319540962-0.0132928413762-0.7067581138220.336955465664-0.5692298439361.21929201636-0.5029143234040.755002726767-0.1451832058620.1287894250971.280098705090.04707209115470.795531449745-48.512931924653.500303051-23.104487347
142.236642834681.959087380831.240993030972.74636408211-0.5410080361413.23745194485-0.201560675796-0.821820036511-0.96373636999-0.477390251266-0.638793893374-0.467229230506-0.4564477758680.220612927356-0.0939698685530.3794258668980.3761107792480.09275004838031.52906714706-0.1878211092710.951031235443-55.769479421839.3560915983-35.3384244652
152.79683612648-0.07242556896824.895073871543.131024067270.1516613374698.60437672383-0.1571012563750.207795319785-0.0004928592783730.176476619298-0.850561558137-0.321580174482-2.32137896939-0.296992859412-1.603375624840.9946678430170.161276664430.5642854563730.837774837750.09836629662540.994250796882-38.063895759152.512115659-35.5212294832
162.94081581382-1.478641833320.1120303282664.755216297371.873896018956.664746891070.34803803790.0815738360231-0.112981202303-0.537108846296-0.242730395367-0.293526016473-0.122123116368-0.0604808651717-0.2999373397470.3558765110950.0670791299142-0.004328993331481.08149108310.1074538440480.607680633483-47.620703113142.7599177086-29.8532416513
177.654160171570.190057736046-2.20402218235.568171007344.545245656256.8076183074-0.2064419899270.602373823814-0.7671549347911.53319784192-0.326972777224-0.4104782504431.287462301630.9367100875810.8138304218341.55570390196-0.086880746562-0.1017880770351.03700865730.3489848953131.09589650351-44.76367199765.5626054539-2.98374674384
184.65447537204-3.771044900724.167959353615.25076406838-1.295441733045.881852339550.326010465374-1.18788393065-1.860925485870.09834815464240.6075657199720.6011680052161.424738990310.150976717308-1.994487289731.92949472058-0.1586223664530.1377939877861.445789832840.1159195077231.35882681109-56.491478302256.59191925691.06987726986
194.336924390341.156165464792.68930311592.187465611154.321685710248.58168142178-0.976908445341-1.26654627397-1.587529691782.381829662830.803749557740.859089972374-0.3178483894020.5202622196390.4687026753821.84553273434-0.0521999241860.2935500150691.235765836790.213486645870.920532105086-55.187658676168.84444930951.85032315303
201.636906272510.6165562220041.451473661820.233542245470.5467154310131.289110097480.0645915378385-1.10187710879-0.9654898048640.870605024160.4186293609120.2836076430291.06931497464-0.539849574723-1.147112432352.809212702110.50779452890.4553258161081.174787488330.4259261573741.15084196723-49.107244326160.85512827469.69349369744
217.12401282223-0.68125453216-2.685422111523.390684747382.328469900682.462742528911.084765148270.908398720196-0.333345226016-0.2370602672660.0164958104620.855282323255-0.418781331228-0.675314496297-0.744269280430.778288505499-0.279065898962-0.06223600599990.5658938478510.08303287816730.724133027371-51.161851130358.1083598135-9.27813810548
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 14 )AA3 - 141 - 12
22chain 'A' and (resid 15 through 26 )AA15 - 2613 - 24
33chain 'A' and (resid 27 through 55 )AA27 - 5525 - 53
44chain 'A' and (resid 56 through 76 )AA56 - 7654 - 74
55chain 'A' and (resid 77 through 102 )AA77 - 10275 - 100
66chain 'A' and (resid 103 through 146 )AA103 - 146101 - 144
77chain 'A' and (resid 147 through 160 )AA147 - 160145 - 158
88chain 'A' and (resid 161 through 173 )AA161 - 173159 - 171
99chain 'A' and (resid 174 through 184 )AA174 - 184172 - 182
1010chain 'B' and (resid 0 through 97 )BB0 - 971 - 98
1111chain 'B' and (resid 98 through 190 )BB98 - 19099 - 191
1212chain 'G' and (resid 1 through 13 )GC1 - 131 - 13
1313chain 'D' and (resid 6 through 20 )DD6 - 201 - 15
1414chain 'D' and (resid 21 through 44 )DD21 - 4416 - 39
1515chain 'D' and (resid 45 through 82 )DD45 - 8240 - 57
1616chain 'D' and (resid 83 through 145 )DD83 - 14558 - 120
1717chain 'D' and (resid 146 through 176 )DD146 - 176121 - 151
1818chain 'D' and (resid 177 through 191 )DD177 - 191152 - 166
1919chain 'D' and (resid 192 through 206 )DD192 - 206167 - 181
2020chain 'D' and (resid 207 through 217 )DD207 - 217182 - 192
2121chain 'D' and (resid 218 through 235 )DD218 - 235193 - 210

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る