PDB-9bex: X-ray crystallography structural model of the immunoglobulin G1 (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bex

タイトル

X-ray crystallography structural model of the immunoglobulin G1 (IgG1) Fc D270C K326C variant

要素

Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / crystallizable fragment / disulfide

機能・相同性

機能・相同性情報

immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Shenoy, A. / Barb, A.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray crystallography structural model of the immunoglobulin G1 (IgG1) Fc D270C K326C variant
著者: Shenoy, A. / Barb, A.W.

履歴

登録	2024年4月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bex.cif.gz	112.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bex.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bex.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/9bex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/9bex	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

BBB: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

ヘテロ分子

55.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.023, 79.740, 142.478
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体

Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain NIE

分子量: 26088.605 Da / 分子数: 2 / 変異: D270C,K326C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX5

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1625.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DGlcpNAcb1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/5,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1b_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4-5/a4-b1_a6-i1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1_g4-h1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 10% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→30.502 Å / Num. obs: 46261 / % possible obs: 88.49 % / 冗長度: 2.2 % / CC_1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.07876 / R_pim(I) all: 0.06231 / R_rim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 9.27
反射シェル	解像度: 2.25→2.34 Å / 冗長度: 1.4 % / R_merge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 3716 / CC_1/2: 0.641 / CC star: 0.884 / R_pim(I) all: 0.3953 / R_rim(I) all: 0.5977 / % possible all: 52.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
HKL-2000		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→30.502 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / WR_factor R_free: 0.303 / WR_factor R_work: 0.243 / SU B: 9.984 / SU ML: 0.236 / Average fsc free: 0.8361 / Average fsc work: 0.8714 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.375 / ESU R Free: 0.285 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3017	1213	4.926 %
R_work	0.2422	23412	-
all	0.245	-	-
obs	-	24625	88.411 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.285 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.423 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.281 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.142 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→30.502 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3357	0	227	90	3674

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	3708
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.018	0.017	3240
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.655	1.744	5086
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.577	1.648	7633
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.286	5	429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.467	24.323	155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.904	15	552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.622	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3888
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	665
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	562
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	2817
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	1700
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.108	0.2	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.106	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.277	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.275	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.36	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.549	4.976	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.547	4.975	1717
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.426	7.446	2143
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.426	7.447	2144
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.73	5.427	1990
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.729	5.429	1991
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.518	8.025	2942
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.517	8.027	2943
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.048	58.208	3662
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.047	58.22	3656

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.25-2.308	0.393	34	0.335	864	0.337	2009	0.729	0.728	44.6989	0.329
2.308-2.371	0.423	77	0.343	1347	0.348	1972	0.694	0.723	72.211	0.323
2.371-2.439	0.347	82	0.308	1526	0.31	1910	0.807	0.827	84.1885	0.276
2.439-2.514	0.377	84	0.304	1618	0.307	1867	0.765	0.815	91.1623	0.271
2.514-2.596	0.409	100	0.293	1556	0.299	1788	0.761	0.823	92.6175	0.258
2.596-2.686	0.356	64	0.279	1567	0.282	1751	0.815	0.867	93.1468	0.241
2.686-2.787	0.363	76	0.246	1496	0.251	1701	0.835	0.893	92.4162	0.216
2.787-2.899	0.323	82	0.255	1424	0.258	1609	0.85	0.885	93.5985	0.226
2.899-3.027	0.39	81	0.255	1385	0.262	1568	0.797	0.865	93.4949	0.231
3.027-3.173	0.368	54	0.271	1364	0.275	1503	0.791	0.845	94.3446	0.253
3.173-3.343	0.338	68	0.275	1308	0.279	1439	0.862	0.887	95.622	0.261
3.343-3.543	0.296	67	0.273	1229	0.274	1363	0.903	0.924	95.0844	0.27
3.543-3.784	0.317	55	0.275	1174	0.277	1287	0.872	0.903	95.4934	0.275
3.784-4.082	0.314	69	0.235	1075	0.24	1196	0.891	0.923	95.6522	0.236
4.082-4.464	0.218	50	0.188	1033	0.19	1122	0.941	0.952	96.5241	0.206
4.464-4.977	0.176	57	0.157	926	0.158	1019	0.964	0.966	96.4671	0.177
4.977-5.722	0.236	31	0.183	838	0.185	894	0.964	0.968	97.2036	0.205
5.722-6.947	0.37	34	0.25	739	0.255	788	0.923	0.946	98.0965	0.279
6.947-9.579	0.24	32	0.19	585	0.193	636	0.952	0.961	97.0126	0.235
9.579-30.502	0.302	16	0.279	356	0.28	409	0.918	0.93	90.9535	0.347

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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