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- PDB-9beu: Structure of GH110B in complex with a lambda-carrageenan oligosac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9beu
タイトルStructure of GH110B in complex with a lambda-carrageenan oligosaccharide
要素Glycoside hydrolase family 110
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Sulfatase / carrageenan
機能・相同性
機能・相同性情報


: / GLAA-B beta-barrel domain II / Right handed beta helix domain / Right handed beta helix region / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Glycoside hydrolase family 110
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudoalteromonas distincta (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hettle, J.A. / Vickers, C. / Boraston, A.B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of GH110B in complex with a lambda-carrageenan oligosaccharide
著者: Hettle, J.A. / Vickers, C. / Boraston, A.B.
履歴
登録2024年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 110
B: Glycoside hydrolase family 110
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,60179
ポリマ－139,6912
非ポリマー8,91077
水3,783210
1
A: Glycoside hydrolase family 110
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,17139
ポリマ－69,8461
非ポリマー4,32638
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycoside hydrolase family 110
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,43040
ポリマ－69,8461
非ポリマー4,58539
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)168.463, 128.350, 98.905
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.15, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 110 / GH110B


分子量: 69845.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudoalteromonas distincta (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8I3AZV9
#2: 多糖 alpha-D-galactopyranose-(1-3)-2-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2,6-di-O-sulfo-alpha-D- ...alpha-D-galactopyranose-(1-3)-2-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2,6-di-O-sulfo-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-2-O-sulfo-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 986.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
[][b-D-Galp2SO3]{[(3+1)][a-D-Galp2SO36SO3]{[(4+1)][b-D-Galp2SO3]{[(3+1)][a-D-Galp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 285分子

#3: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18 % PEG 3350, 0.725 M NaI, 2% Tacsimate, 2.5% glycerol, 0.1 M HEPES (pH 7.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 69196 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.479 / Num. unique obs: 3433 / CC1/2: 0.803 / Rpim(I) all: 0.332

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→29.963 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2443 3496 5.09 %
Rwork0.1969 --
obs0.1993 68675 98.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.963 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9140 0 230 210 9580
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089491
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99112849
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.4156635
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051650
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4004-2.43320.26771250.23642382X-RAY DIFFRACTION91
2.4332-2.4680.29731190.24342574X-RAY DIFFRACTION97
2.468-2.50480.28511370.23722555X-RAY DIFFRACTION97
2.5048-2.54390.2891400.24012558X-RAY DIFFRACTION98
2.5439-2.58560.29031330.24482641X-RAY DIFFRACTION99
2.5856-2.63020.29291350.24592589X-RAY DIFFRACTION99
2.6302-2.6780.30521410.23422605X-RAY DIFFRACTION100
2.678-2.72940.33791510.23882610X-RAY DIFFRACTION100
2.7294-2.78510.30931330.2532649X-RAY DIFFRACTION100
2.7851-2.84560.34491710.26322576X-RAY DIFFRACTION100
2.8456-2.91180.32871530.26742628X-RAY DIFFRACTION99
2.9118-2.98450.38051710.25842565X-RAY DIFFRACTION99
2.9845-3.06510.30631480.23612615X-RAY DIFFRACTION100
3.0651-3.15520.30741480.23952577X-RAY DIFFRACTION99
3.1552-3.2570.25031200.21442653X-RAY DIFFRACTION99
3.257-3.37320.27461460.20892623X-RAY DIFFRACTION100
3.3732-3.50810.20461250.18682635X-RAY DIFFRACTION100
3.5081-3.66750.21341330.17072676X-RAY DIFFRACTION99
3.6675-3.86050.20751520.16452585X-RAY DIFFRACTION100
3.8605-4.10180.18691430.16862611X-RAY DIFFRACTION99
4.1018-4.41750.17591300.15272647X-RAY DIFFRACTION99
4.4175-4.86040.16391070.13912620X-RAY DIFFRACTION99
4.8604-5.55980.21851480.16782655X-RAY DIFFRACTION99
5.5598-6.99010.23851480.20172649X-RAY DIFFRACTION100
6.9901-29.9630.22181390.19742701X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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