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万見
- PDB-9bee: alphaB-crystallin N-terminal IXI variant in a fibril state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bee
タイトルalphaB-crystallin N-terminal IXI variant in a fibril state
要素(Alpha-crystallin B chain) x 2
キーワードCHAPERONE / small heat-shock protein fibril proteostasis cataract
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of programmed cell death / tubulin complex assembly / cardiac myofibril / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye ...microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of programmed cell death / tubulin complex assembly / cardiac myofibril / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye / muscle organ development / actin filament bundle / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / HSF1-dependent transactivation / negative regulation of protein-containing complex assembly / stress-activated MAPK cascade / muscle contraction / synaptic membrane / cellular response to gamma radiation / negative regulation of cell growth / response to hydrogen peroxide / Z disc / unfolded protein binding / protein folding / response to estradiol / amyloid-beta binding / response to heat / protein refolding / microtubule binding / dendritic spine / perikaryon / response to hypoxia / lysosome / protein stabilization / axon / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / structural molecule activity / cell surface / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-crystallin B chain, ACD domain / : / Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-crystallin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者McFarland, R. / Reichow, S.L.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R01EY030987 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM124779 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)F31EY033230 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129547 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Dynamic fibrillar assembly of αB-crystallin induced by perturbation of the conserved NT-IXI motif resolved by cryo-EM.
著者: Russell McFarland / Rozhan Noroozi / Adam P Miller / Steve L Reichow /
要旨: αB-crystallin is an archetypical member of the small heat shock proteins (sHSPs) vital for cellular proteostasis and mitigating protein misfolding diseases. Gaining insights into the principles ...αB-crystallin is an archetypical member of the small heat shock proteins (sHSPs) vital for cellular proteostasis and mitigating protein misfolding diseases. Gaining insights into the principles defining their molecular organization and chaperone function have been hindered by intrinsic dynamic properties and limited high-resolution structural analysis. To disentangle the mechanistic underpinnings of these dynamical properties, we ablate a conserved IXI-motif located within the N-terminal (NT) domain of human αB-crystallin implicated in subunit exchange dynamics and client sequestration. This results in a profound structural transformation, from highly polydispersed caged-like native assemblies into an elongated fibril state amenable to high-resolution cryo-EM analysis. The reversible nature of this variant facilitates interrogation of functional effects due to perturbation of the NT-IXI motif in both the native-like oligomer and fibril states. Together, our investigations unveil several features thought to be key mechanistic attributes to sHSPs and point to a critical significance of the NT-IXI motif in αB-crystallin assembly, polydispersity, and chaperone activity.
履歴
登録2024年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Alpha-crystallin B chain
A: Alpha-crystallin B chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0512
ポリマ－22,0512
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Alpha-crystallin B chain / Alpha(B)-crystallin / Heat shock protein beta-5 / HspB5 / Heat shock protein family B member 5 / ...Alpha(B)-crystallin / Heat shock protein beta-5 / HspB5 / Heat shock protein family B member 5 / Renal carcinoma antigen NY-REN-27 / Rosenthal fiber component


分子量: 9944.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRYAB, CRYA2, HSPB5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02511
#2: タンパク質 Alpha-crystallin B chain / Alpha(B)-crystallin / Heat shock protein beta-5 / HspB5 / Heat shock protein family B member 5 / ...Alpha(B)-crystallin / Heat shock protein beta-5 / HspB5 / Heat shock protein family B member 5 / Renal carcinoma antigen NY-REN-27 / Rosenthal fiber component


分子量: 12106.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 7 residues are modeled as unknown as they are identifiable in the EM volume with 1 being able to be assigned an identity with intermediate confidence. We cannot clearly identify which ...詳細: 7 residues are modeled as unknown as they are identifiable in the EM volume with 1 being able to be assigned an identity with intermediate confidence. We cannot clearly identify which protomer the bound peptide corresponds to though it is believed to play a key role in the oligomerization. We have opted to include the peptide as part of Chain A with numbering based on our best approximation from related protein species and mass spec data published by others. The residues are labelled as unknown to reflect our low confidence of the identity of the peptide.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationN
配列の詳細The complete sample sequence is MDAAAHHPWIRRPFFPFHSPSRLFDQFFGEHLLESDLFPTSTSLSPFYLRPPSFLRAPSW ...The complete sample sequence is MDAAAHHPWIRRPFFPFHSPSRLFDQFFGEHLLESDLFPTSTSLSPFYLRPPSFLRAPSW FDTGLSEMRLEKDRFSVNLDVKHFSPEELKVKVLGDVIEVHGKHEERQDEHGFISREFHR KYRIPADVDPLTITSSLSSDGVLTVNGPRKQVSGPERTIPITREEKPAVTAAPKK

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Asymmetric dimer of alphaB-crystallin filament state formed by an N-terminal IXI variant
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 40.3 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2100 mMSodium ChlorideNaCl1
31 mMEDTAC10H16N2O81
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.3 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10654

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFINDCTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
13PHENIXモデル精密化
14Cootモデル精密化
15ISOLDEモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 31.6 ° / 軸方向距離/サブユニット: 39.9 Å / らせん対称軸の対称性: D2
粒子像の選択選択した粒子像数: 2201394
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1393386 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 2WJ7

2wj7


Accession code: 2WJ7 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0131574
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.8312125
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.954606
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.099240
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.019281

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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