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- PDB-9be3: The pre-condensation state of the dimodular NRPS protein LgrA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9be3
タイトルThe pre-condensation state of the dimodular NRPS protein LgrA
要素Linear gramicidin synthase subunit A
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Nornribosomal peptide synthetase / Condensation / Peptide bond / Linear gramicidin
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / ligase activity / phosphopantetheine binding / antibiotic biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Non-ribosomal peptide synthase / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site ...Non-ribosomal peptide synthase / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-JQG / : / Linear gramicidin synthase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Brevibacillus parabrevis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Pistofidis, A. / Schmeing, T.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-178084 カナダ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Structures and mechanism of condensation in non-ribosomal peptide synthesis.
著者: Pistofidis, A. / Ma, P. / Li, Z. / Munro, K. / Houk, K.N. / Schmeing, T.M.
履歴
登録2024年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Linear gramicidin synthase subunit A
B: Linear gramicidin synthase subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)413,64112
ポリマ－411,8122
非ポリマー1,82910
水9,026501
1
A: Linear gramicidin synthase subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,0116
ポリマ－205,9061
非ポリマー1,1055
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Linear gramicidin synthase subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,6306
ポリマ－205,9061
非ポリマー7245
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)184.816, 427.905, 77.318
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Linear gramicidin synthase subunit A


分子量: 205906.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Complex built by the protein-ligation of the two modules that comprise the first subunit of linear gramicidin synthetase
由来: (組換発現) Brevibacillus parabrevis (バクテリア)
遺伝子: lgrA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70LM7

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非ポリマー , 5種, 511分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-JQG / (2~{R})-~{N}-[3-[2-[[(2~{S})-2-formamido-3-methyl-butanoyl]amino]ethylamino]-3-oxidanylidene-propyl]-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-[oxidanyl-bis(oxidanylidene)-$l^{6}-phosphanyl]oxy-butanamide


分子量: 467.431 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H32N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-A1AMO / N-[2-(glycylamino)ethyl]-N~3~-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alaninamide


分子量: 398.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H27N4O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.25 %
結晶化温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.0M sodium tartrate pH 7.0, 10mM Manganese Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→50 Å / Num. obs: 144224 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 58.31 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.997 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.198 / Χ2: 0.877 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.84→2.89 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.846 / Num. unique obs: 7058 / CC1/2: 0.336 / CC star: 0.709 / Rpim(I) all: 0.694 / Rrim(I) all: 1.666 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→48.74 Å / SU ML: 0.3684 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.7275
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2583 2963 2.19 %
Rwork0.2157 132617 -
obs0.2166 135580 98.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27737 0 107 501 28345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003228454
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.594838670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04424352
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065034
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.959810508
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.950.3391350.33766080X-RAY DIFFRACTION96.76
2.95-30.3571350.32016138X-RAY DIFFRACTION97.54
3-3.050.34121380.30066166X-RAY DIFFRACTION97.83
3.05-3.110.39231410.30076193X-RAY DIFFRACTION98.06
3.11-3.180.30681370.28476167X-RAY DIFFRACTION98.03
3.18-3.240.3441420.27236236X-RAY DIFFRACTION98.3
3.24-3.320.35261400.26096190X-RAY DIFFRACTION98.63
3.32-3.40.30731400.25596300X-RAY DIFFRACTION98.97
3.4-3.490.31351390.24646287X-RAY DIFFRACTION99.18
3.49-3.60.24061380.22796242X-RAY DIFFRACTION99.15
3.6-3.710.30781440.22236339X-RAY DIFFRACTION99.4
3.71-3.850.28351410.21126307X-RAY DIFFRACTION99.43
3.85-40.25241410.20216334X-RAY DIFFRACTION99.68
4-4.180.25491420.18576327X-RAY DIFFRACTION99.6
4.18-4.40.22131410.18276369X-RAY DIFFRACTION99.71
4.4-4.680.20141430.16976363X-RAY DIFFRACTION99.6
4.68-5.040.2051410.16876409X-RAY DIFFRACTION99.62
5.04-5.550.20041450.19626444X-RAY DIFFRACTION99.53
5.55-6.350.27061420.21956432X-RAY DIFFRACTION99.56
6.35-7.990.23941460.20796530X-RAY DIFFRACTION99.55
7.99-48.740.19791520.18476764X-RAY DIFFRACTION98.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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