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- PDB-9be2: Structure of the E. coli nucleic associated protein, YejK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9be2
タイトルStructure of the E. coli nucleic associated protein, YejK
要素Nucleoid-associated protein YejK
キーワードDNA BINDING PROTEIN / NAP / nucleoid associated protein / YejK / NdpA / DNA binding clamp / non-sequence specific
機能・相同性Nucleoid-associated protein NdpA / 37-kD nucleoid-associated bacterial protein / nucleoid / cytoplasm / Nucleoid-associated protein YejK
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.56 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM130290 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Structure of the E. coli nucleoid-associated protein YejK reveals a novel DNA binding clamp.
著者: Schumacher, M.A. / Singh, R.R. / Salinas, R.
履歴
登録2024年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoid-associated protein YejK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1461
ポリマ－38,1461
非ポリマー00
水00
1
A: Nucleoid-associated protein YejK

A: Nucleoid-associated protein YejK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2912
ポリマ－76,2912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_455-x-1,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.124, 85.124, 113.797
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 Nucleoid-associated protein YejK


分子量: 38145.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: yejK, ndpA, ACU57_09230, AM464_02260, BGM66_000319, BJI68_13225, CA593_16275, CG692_11175, CTR35_000614, DTL43_23020, E4K51_00810, E6D34_12665, EIZ93_06850, FOI11_002000, FOI11_18045, ...遺伝子: yejK, ndpA, ACU57_09230, AM464_02260, BGM66_000319, BJI68_13225, CA593_16275, CG692_11175, CTR35_000614, DTL43_23020, E4K51_00810, E6D34_12665, EIZ93_06850, FOI11_002000, FOI11_18045, FV293_14640, FWK02_21355, G3V95_00395, GNW61_03255, GP965_18575, GP975_13725, GP979_05715, GQM21_07135, GRW05_06855, GRW56_16205, HMV95_16595, HMV95_25930, HVY77_09130, HX136_08035, J0541_002066, NCTC9073_01553, NCTC9706_04977, NCTC9962_03944, SAMEA3752557_00507
発現宿主: Escherichia (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A024L1K9

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.48 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.8 M sodium/potassium phosphate, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.56→42.56 Å / Num. obs: 4762 / % possible obs: 88.2 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.031 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 3.56→4.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 478 / CC1/2: 0.886 / Rpim(I) all: 0.0698 / Rsym value: 1.89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
SCALAデータスケーリング
XDSデータ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.56→42.56 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 35.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2965 477 10.02 %
Rwork0.2723 --
obs0.2745 4759 88.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.56→42.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2625 0 0 0 2625
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3835
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.435977
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07407
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009480
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.56-4.070.37271580.37641424X-RAY DIFFRACTION91
4.08-5.130.31681580.29481417X-RAY DIFFRACTION89
5.13-42.560.2661610.23331441X-RAY DIFFRACTION84
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -25.7341 Å / Origin y: 19.2245 Å / Origin z: 4.6917 Å
111213212223313233
T0.9916 Å2-0.263 Å20.0197 Å2-0.955 Å2-0.0036 Å2--0.8441 Å2
L0.9362 °20.3666 °20.7508 °2-4.0897 °20.577 °2--3.7128 °2
S0.0695 Å °-0.0015 Å °0.151 Å °0.0668 Å °-0.1099 Å °-0.452 Å °-0.613 Å °0.7426 Å °0.0197 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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