[日本語] English
万見
- PDB-9bdo: Crystal structure of anti-abTCR NANOBODY VHH -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bdo
タイトルCrystal structure of anti-abTCR NANOBODY VHH
要素TCE01 NANOBODY VHH
キーワードANTITUMOR PROTEIN / NANOBODY / VHH / antibody / TCR
機能・相同性ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.948 Å
データ登録者Qiu, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Identification and non-clinical characterization of SAR444200, a novel anti-GPC3 NANOBODY T cell engager, for the treatment of GPC3+ solid tumors
著者: Meoni, P. / Vintem, A.P. / Cortez-Retamozo, V. / Jacobs, J. / de Tavernier, E. / Fiorentini, P. / Van Hoorick, D. / Batchelor, J.D. / Svidritskiy, E. / Qiu, Y. / Dejonckheere, E. / Li, A. / ...著者: Meoni, P. / Vintem, A.P. / Cortez-Retamozo, V. / Jacobs, J. / de Tavernier, E. / Fiorentini, P. / Van Hoorick, D. / Batchelor, J.D. / Svidritskiy, E. / Qiu, Y. / Dejonckheere, E. / Li, A. / Pao, L.I. / Buyse, M.A.
履歴
登録2024年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TCE01 NANOBODY VHH
B: TCE01 NANOBODY VHH
C: TCE01 NANOBODY VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,77510
ポリマ－39,1853
非ポリマー5907
水2,792155
1
A: TCE01 NANOBODY VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2543
ポリマ－13,0621
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TCE01 NANOBODY VHH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0621
ポリマ－13,0621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: TCE01 NANOBODY VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4606
ポリマ－13,0621
非ポリマー3985
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.949, 70.725, 54.403
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.86, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: 抗体 TCE01 NANOBODY VHH


分子量: 13061.505 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.18 M Li2SO4, 10 mM trimethylTMamine, 90 mM NaAc (pH 4.4), and 27% (w/v) PEG8000.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.0334 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.948→57.12 Å / Num. obs: 26641 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.731 / Num. unique obs: 1953 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (19-MAR-2020)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.948→57.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU R Cruickshank DPI: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.181 / SU Rfree Blow DPI: 0.154 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.156
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2415 1296 4.87 %RANDOM
Rwork0.2113 ---
obs0.2127 26611 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.1569 Å20 Å29.4206 Å2
2---12.8068 Å20 Å2
3---5.6499 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.948→57.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2718 0 35 155 2908
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082812HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg13809HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d934SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes475HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2812HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.48
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion344SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2299SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.95→1.96 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 -5.07 %
Rwork0.2215 506 -
all0.222 533 -
obs--88.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.58021.68591.69432.62790.54633.3214-0.071-0.06010.203-0.15230.08160.2707-0.0703-0.3032-0.0106-0.0943-0.0284-0.03590.00290.0461-0.052524.88658.937912.4403
26.9407-0.50765.03832.2025-0.38217.20740.34440.7479-0.3826-0.34260.06020.02450.53910.7622-0.4046-0.03760.0349-0.0789-0.0272-0.0854-0.1118-4.339126.091913.3038
37.86491.33292.03232.22880.09363.6289-0.0443-0.07580.17080.0708-0.1103-0.0297-0.1640.10590.1547-0.0805-0.0385-0.0123-0.01510.0228-0.12262.6119-8.258613.4234
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る