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万見
- PDB-9bcz: Chicken 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bcz
タイトルChicken 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase zeta-1 (PLCZ1) in complex with calcium and phosphorylated threonine
要素1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase zeta-1
キーワードHYDROLASE / Phospholipase-C / lipid-metabolism / calcium-binding / oocyte-activation / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cytosolic calcium ion concentration involved in egg activation / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / phosphoinositide phospholipase C / sperm head / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / phosphatidylinositol phospholipase C activity / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / pronucleus / lipid catabolic process / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding ...positive regulation of cytosolic calcium ion concentration involved in egg activation / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / phosphoinositide phospholipase C / sperm head / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / phosphatidylinositol phospholipase C activity / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / pronucleus / lipid catabolic process / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / calcium ion transport / intracellular signal transduction / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Phosphoinositide-specific phospholipase C, EF-hand-like domain / Phosphoinositide-specific phospholipase C, efhand-like / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X ...Phosphoinositide-specific phospholipase C, EF-hand-like domain / Phosphoinositide-specific phospholipase C, efhand-like / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase zeta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Edwards, M.M. / Dong, A. / Theo-Emegano, N. / Seitova, A. / Loppnau, P. / Leung, R. / Li, H. / Ilyassov, O. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. ...Edwards, M.M. / Dong, A. / Theo-Emegano, N. / Seitova, A. / Loppnau, P. / Leung, R. / Li, H. / Ilyassov, O. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Structural Genomics Consortium / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-033527 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Chicken 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase zeta-1 (PLCZ1) in complex with calcium and phosphorylated threonine
著者: Edwards, M.M. / Dong, A. / Theo-Emegano, N. / Seitova, A. / Loppnau, P. / Leung, R. / Li, H. / Ilyassov, O. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Structural Genomics Consortium
履歴
登録2024年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase zeta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,35114
ポリマ－73,6611
非ポリマー69113
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering, Size exclusion chromatography Multi-angle light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)122.182, 85.539, 98.433
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.04, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase zeta-1 / Phosphoinositide phospholipase C-zeta-1 / Phospholipase C-zeta-1 / PLC-zeta-1


分子量: 73660.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: PLCZ1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q2VRL0, phosphoinositide phospholipase C

-
非ポリマー , 7種, 169分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.2962.6
265735
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M NaHEPES, MOPs acidic pH 7.5, 20% PEG 550 MME & 10% PEG 20,000, 0.2 M Monosaccharides

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.95307 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95307 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 60478 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.178 / Χ2: 1.072 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.034.30.92724090.6630.8930.4431.0310.79175.8
2.03-2.074.60.85725210.7160.9130.3960.9470.8478.2
2.07-2.114.90.8325450.750.9260.3740.9130.8581.3
2.11-2.155.10.73126910.8020.9440.3220.8010.86684.9
2.15-2.25.30.65428340.8520.9590.2840.7150.87588.5
2.2-2.255.50.62829680.8690.9640.2690.6850.88493.1
2.25-2.315.70.55730300.8960.9720.2390.6080.87196
2.31-2.375.80.4931060.9190.9790.210.5340.87898.1
2.37-2.445.90.45731600.9270.9810.20.50.89299.2
2.44-2.525.80.40731870.9270.9810.1840.4480.89199.7
2.52-2.616.50.34431750.9610.990.1460.3740.9499.7
2.61-2.716.30.331610.9630.990.130.3280.95399.7
2.71-2.846.70.25231800.9720.9930.1060.2730.99599.7
2.84-2.997.10.20532210.9850.9960.0820.2211.02999.9
2.99-3.177.10.16831620.9870.9970.0680.1811.16299.9
3.17-3.426.90.1332150.9910.9980.0530.1411.283100
3.42-3.766.80.10232000.9930.9980.0420.111.453100
3.76-4.316.40.07832160.9950.9990.0330.0851.513100
4.31-5.435.60.06432210.9940.9990.030.0711.43399.9
5.43-506.70.05832760.9970.9990.0240.0631.38299.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0415精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→49.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.784 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20412 2998 5 %RANDOM
Rwork0.17287 ---
obs0.17439 57477 94.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.353 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å2-0 Å2-1.91 Å2
2---1.77 Å2-0 Å2
3---2.75 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.99→49.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4818 0 45 156 5019
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0125063
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164713
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5811.6576860
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5071.57410889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0995635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.501525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.47510857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2757
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025908
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021182
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7482.7312466
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7362.7312466
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0784.8983091
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0784.93092
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8753.132597
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8593.1282595
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other65.5313758
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.6727.195556
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.65127.185529
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.992→2.044 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 155 -
Rwork0.264 3039 -
obs--67.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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