PDB-9bcg: Myeloid cell leukemia-1 (Mcl-1) complexed with compound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bcg

タイトル

Myeloid cell leukemia-1 (Mcl-1) complexed with compound

要素

Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

キーワード

APOPTOSIS / Mcl-1 / drug discovery

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / BH3 domain binding / carbohydrate transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.898 Å

データ登録者

Zhao, B. / Fesik, S.W.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery of a Myeloid Cell Leukemia 1 (Mcl-1) Inhibitor That Demonstrates Potent In Vivo Activities in Mouse Models of Hematological and Solid Tumors.
著者: Tarr, J.C. / Salovich, J.M. / Aichinger, M. / Jeon, K. / Veerasamy, N. / Sensintaffar, J.L. / Arnhof, H. / Samwer, M. / Christov, P.P. / Kim, K. / Wunberg, T. / Schweifer, N. / Trapani, F. / ...

履歴

登録	2024年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年9月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bcg.cif.gz	231.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bcg.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bcg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9bcg_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9bcg_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9bcg_validation.xml.gz	26.2 KB	表示
CIF形式データ	9bcg_validation.cif.gz	40.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/9bcg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/9bcg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (7) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (7) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (6) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (8) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (7)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (7)
#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (6)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (8)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#138 - 2011年6月
グルカン分解酵素 (Glucansucrase)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#74 - 2006年2月
α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

ヘテロ分子

58.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.453, 136.858, 38.624
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-952- HOH

#1: タンパク質

Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L- ...

分子量: 57168.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, MCL1, BCL2L3 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q07820

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose

#3: 化合物

ChemComp-A1ALT / 7-[(4R,5S,6P)-7-chloro-10-[3-(4-chloro-3,5-dimethylphenoxy)propyl]-4-methyl-1-oxo-6-(1,3,5-trimethyl-1H-pyrazol-4-yl)-3,4-dihydropyrazino[1,2-a]indol-2(1H)-yl]-4,5-dimethoxy-1-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid

分子量: 772.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₄₃Cl₂N₅O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Bis-Tris, Magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年4月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.898→38.654 Å / Num. obs: 41247 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.142 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.613 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1991 / CC_1/2: 0.165 / CC star: 0.532 / R_pim(I) all: 0.326 / R_rim(I) all: 0.699 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.898→38.654 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 4.534 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2103	2058	4.992 %
R_work	0.1755	39167	-
all	0.177	-	-
obs	-	41225	96.496 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.961 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.135 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.573 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.438 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.898→38.654 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4003	0	77	591	4671

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	4210
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3921
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.475	1.819	5736
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.521	1.759	9055
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.877	5	525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.582	10.192	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.321	10	690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.014	10	186
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	628
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4974
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	929
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	926
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	3628
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	2153
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	443
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.138	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.172	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.254	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.948	2.153	2079
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.948	2.153	2079
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.082	3.861	2602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.082	3.862	2603
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.74	2.454	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.74	2.455	2132
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.466	4.349	3131
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.465	4.349	3132
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.812	27.373	19122
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.516	26.582	18464

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.898-1.947	0.303	138	0.325	2696	0.324	3116	0.925	0.914	90.9499	0.297
1.947-2	0.277	134	0.286	2686	0.286	2992	0.937	0.935	94.2513	0.254
2-2.058	0.307	146	0.258	2673	0.261	2954	0.928	0.947	95.4299	0.223
2.058-2.121	0.292	123	0.244	2602	0.246	2865	0.934	0.954	95.1134	0.207
2.121-2.191	0.293	137	0.228	2526	0.231	2769	0.934	0.96	96.1719	0.188
2.191-2.267	0.238	135	0.198	2470	0.2	2710	0.959	0.97	96.1255	0.162
2.267-2.353	0.275	119	0.191	2375	0.195	2575	0.951	0.973	96.8544	0.152
2.353-2.448	0.239	129	0.178	2321	0.181	2529	0.962	0.978	96.8762	0.144
2.448-2.557	0.215	126	0.168	2202	0.171	2400	0.969	0.982	97	0.137
2.557-2.681	0.201	106	0.156	2139	0.158	2304	0.972	0.984	97.4392	0.13
2.681-2.825	0.231	102	0.164	2033	0.167	2190	0.962	0.982	97.4886	0.138
2.825-2.996	0.224	108	0.16	1951	0.163	2102	0.968	0.983	97.9543	0.136
2.996-3.201	0.182	89	0.156	1842	0.157	1977	0.98	0.985	97.6732	0.136
3.201-3.456	0.177	92	0.154	1714	0.156	1834	0.979	0.985	98.4733	0.138
3.456-3.783	0.197	103	0.142	1573	0.145	1697	0.975	0.988	98.7625	0.134
3.783-4.224	0.137	72	0.123	1472	0.124	1565	0.99	0.99	98.6581	0.12
4.224-4.868	0.121	67	0.115	1315	0.115	1397	0.99	0.992	98.9263	0.115
4.868-5.938	0.161	65	0.133	1102	0.134	1180	0.984	0.99	98.8983	0.132
5.938-8.301	0.19	39	0.155	912	0.157	957	0.978	0.986	99.373	0.156
8.301-38.654	0.146	28	0.152	563	0.152	598	0.99	0.982	98.8294	0.162

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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