PDB-9bcf: Chimeric protein of crocodile allergen Cro p 1.0101 and GFP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bcf

タイトル

Chimeric protein of crocodile allergen Cro p 1.0101 and GFP

要素

Parvalbumin, Green fluorescent protein chimera

キーワード

ALLERGEN / allergy

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Crocodylus porosus (ワニ)

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

O'Malley, A. / Ruethers, T. / Lopata, A.L. / Chruszcz, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Comparative studies of seafood and reptile alpha- and beta-parvalbumins.
著者: O'Malley, A. / Ray, J.M. / Kitlas, P. / Ruethers, T. / Kapingidza, A.B. / Cierpicki, T. / Lopata, A. / Kowal, K. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2024年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bcf.cif.gz	328.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bcf.ent.gz	271.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bcf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/9bcf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/9bcf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9b26C 9barC 9bb8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Parvalbumin, Green fluorescent protein chimera

B: Parvalbumin, Green fluorescent protein chimera

C: Parvalbumin, Green fluorescent protein chimera

ヘテロ分子

119 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Parvalbumin, Green fluorescent protein chimera

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Parvalbumin, Green fluorescent protein chimera

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Parvalbumin, Green fluorescent protein chimera

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.778, 158.778, 123.498
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Parvalbumin, Green fluorescent protein chimera 分子量: 39706.328 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Crocodylus porosus (ワニ), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: LOC109314825, gfp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7M4EAX1, UniProt: A0A059PIQ0
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 40% v/v PEG 300

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→40 Å / Num. obs: 26890 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.131 / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 17.8
反射シェル	解像度: 3.2→3.26 Å / R_merge(I) obs: 1.213 / Num. unique obs: 1321 / CC_1/2: 0.78 / R_pim(I) all: 0.367 / R_rim(I) all: 1.46 / R_sym value: 1.213

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.2→39.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 41.194 / SU ML: 0.311 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.112 / ESU R Free: 0.383 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2382	1280	4.8 %	RANDOM
R_work	0.19881	-	-	-
obs	0.20078	25312	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 110.838 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.2→39.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6154	0	2	27	6183

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	6288
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	5747
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.26	1.826	8532
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.734	1.767	13266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.616	5	784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.414	5	42
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.954	10	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	948
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7380
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1378
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.005	6.621	3154
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.005	6.621	3154
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.856	11.888	3932
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.855	11.889	3933
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.99	6.923	3134
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.99	6.924	3135
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.493	12.57	4601
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.961	80.53	26475
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.959	80.52	26473
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	97	-
R_work	0.294	1807	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.377	-0.3985	-0.2325	3.5695	0.2249	2.9593	0.4216	0.4329	1.3	-0.2478	-0.5417	0.4713	-1.0563	-0.3208	0.1202	0.8488	0.2795	-0.0122	0.356	0.0069	0.4144	55.682	28.531	-34.998
2	1.421	1.5093	-0.2101	3.1266	-0.0894	1.337	-0.0068	-0.0318	-0.0514	-0.0335	-0.0692	0.0965	-0.0212	-0.2208	0.076	0.3725	-0.0561	-0.025	0.4178	-0.0305	0.0218	65.146	-5.277	-28.869
3	2.0993	0.9678	-0.2113	2.5651	0.089	3.4225	0.0086	-0.4765	-0.6321	0.1662	-0.1107	-0.6821	0.3556	0.9144	0.1021	0.4495	-0.2642	-0.0316	0.8401	0.3362	0.449	59.909	-55.092	-16.287

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	113 - 340
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 343
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	113 - 340

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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