PDB-9bcc: Structure of KLHDC2 bound to SJ46418

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bcc

タイトル

Structure of KLHDC2 bound to SJ46418

要素

Kelch domain-containing protein 2

キーワード

LIGASE/INHIBITOR / Kelch domain / inhibitor / complex / KLHDC2 / LIGASE / LIGASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / nuclear membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / nuclear body / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Scott, D.C. / Dharuman, S. / Griffith, E. / Chai, S.C. / Ronnebaum, J. / King, M.T. / Tangallapally, R. / Lee, C. / Gee, C.T. / Lee, H.W. ...

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R01CA247365-04	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01-AI157312	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Principles of paralog-specific targeted protein degradation engaging the C-degron E3 KLHDC2.
著者: Scott, D.C. / Dharuman, S. / Griffith, E. / Chai, S.C. / Ronnebaum, J. / King, M.T. / Tangallapally, R. / Lee, C. / Gee, C.T. / Yang, L. / Li, Y. / Loudon, V.C. / Lee, H.W. / Ochoada, J. / ...

履歴

登録	2024年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bcc.cif.gz	283.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bcc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bcc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/9bcc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/9bcc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9bc9C 9bcaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kelch domain-containing protein 2

B: Kelch domain-containing protein 2

ヘテロ分子

80.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Kelch domain-containing protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Kelch domain-containing protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.565, 88.292, 89.265
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.32, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Kelch domain-containing protein 2 / Hepatocellular carcinoma-associated antigen 33 / Host cell factor homolog LCP / Host cell factor- ...Hepatocellular carcinoma-associated antigen 33 / Host cell factor homolog LCP / Host cell factor-like protein 1 / HCLP-1 分子量: 39764.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLHDC2, HCA33 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2U9
#2: 化合物	ChemComp-A1APT / N-({2-[8-(2-methoxyethoxy)naphthalen-2-yl]-1,3-thiazol-4-yl}acetyl)glycine / SJ46418 分子量: 400.448 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₀N₂O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III) 分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH₁₈N₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 531 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.51 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 13-18% PEG3350, 0.2M NaSCN, 0.1 M Bis-Tris Propane, pH = 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9201 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 73315 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.102 / Χ²: 1.336 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 267252

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.76	3.4	0.377	7260	0.815	0.948	0.234	0.445	0.366	99
1.76-1.83	3.3	0.305	7269	0.87	0.965	0.195	0.363	0.465	99.9
1.83-1.91	3.6	0.246	7336	0.912	0.977	0.148	0.288	0.59	99.8
1.91-2.02	3.6	0.196	7354	0.936	0.983	0.118	0.23	0.911	99.9
2.02-2.14	3.6	0.158	7292	0.954	0.988	0.096	0.186	1.197	99.8
2.14-2.31	3.9	0.136	7328	0.969	0.992	0.079	0.158	1.476	99.8
2.31-2.54	3.9	0.116	7321	0.974	0.993	0.067	0.134	1.77	99.7
2.54-2.91	3.8	0.094	7297	0.981	0.995	0.055	0.109	2.054	99.5
2.91-3.66	3.5	0.069	7390	0.988	0.997	0.042	0.081	2.349	99.7
3.66-50	3.9	0.054	7468	0.993	0.998	0.031	0.063	1.87	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→39.32 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 22.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2397	3579	4.89 %
R_work	0.2044	-	-
obs	0.206	73166	99.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5238	0	63	531	5832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5486
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.823	7467
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.273	1910
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	745
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	958

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.3309	145	0.2921	2400	X-RAY DIFFRACTION	90
1.72-1.74	0.2863	141	0.2643	2618	X-RAY DIFFRACTION	99
1.74-1.77	0.3101	121	0.2466	2694	X-RAY DIFFRACTION	99
1.77-1.8	0.2657	136	0.2378	2672	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8-1.82	0.2466	130	0.2257	2675	X-RAY DIFFRACTION	99
1.82-1.85	0.2607	160	0.2154	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.89	0.267	140	0.2136	2625	X-RAY DIFFRACTION	99
1.89-1.92	0.2537	153	0.2015	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.96	0.2052	125	0.2047	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2	0.2632	117	0.1962	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.04	0.2272	148	0.2031	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.09	0.2171	158	0.2071	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.14	0.2577	145	0.2024	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.2	0.2487	173	0.1946	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.26	0.2163	147	0.1957	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.34	0.2574	170	0.1981	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.42	0.2458	133	0.2065	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.52	0.3064	130	0.2144	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.63	0.2369	116	0.2187	2724	X-RAY DIFFRACTION	99
2.63-2.77	0.26	131	0.2112	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.94	0.2536	123	0.214	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.17	0.2406	123	0.2043	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.49	0.2456	147	0.2025	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.99	0.2298	126	0.1888	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.99-5.03	0.1911	105	0.1786	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
5.03-39.32	0.2033	136	0.2046	2766	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4221	-0.0626	-0.337	0.2496	-0.0718	0.5364	-0.0054	0.1785	0.0215	-0.0072	-0.0258	-0.0419	-0.0461	0.1377	-0.0339	0.0872	-0.0465	-0.0184	0.0914	0.0314	0.092	12.2925	4.7416	12.9595
2	0.1616	-0.0923	-0.181	0.0865	0.1687	0.2279	-0.0689	-0.0101	-0.2162	-0.022	-0.0241	0.0235	0.0788	0.1385	-0.0341	0.0956	-0.0094	-0.0013	0.0445	-0.0526	0.165	8.3502	-14.354	19.0831
3	0.8689	-0.1545	-0.3798	0.4887	0.0963	0.7319	-0.0667	-0.1968	0.04	0.0958	0.057	0.0161	-0.0077	0.0522	-0.011	0.0924	-0.0049	-0.0082	0.0962	-0.0224	0.0856	7.0288	-1.4086	30.6766
4	0.1254	-0.0615	0.2777	0.1338	0.0361	0.622	-0.0226	-0.1716	-0.0561	0.0244	-0.0039	0.0446	0.0873	0.1338	-0.0278	0.1033	0.0496	0.0176	0.1037	0.0321	0.0916	12.1349	-7.8106	-11.9959
5	0.2283	0.1023	0.1048	0.2098	-0.2544	0.3938	-0.1751	0.1281	-0.0282	0.0464	0.1093	0.1562	-0.1231	0.0955	-0.0114	0.0665	0.0533	0.0019	0.0115	-0.0201	0.1434	8.1738	11.3974	-17.6637
6	0.9915	0.1661	0.3319	0.3392	0.0761	0.8626	-0.0786	0.166	-0.0344	-0.0577	0.0762	0.0184	-0.0082	0.039	-0	0.0913	-0.004	0.0077	0.0735	-0.0033	0.0823	7.6467	-0.0133	-30.2903
7	0.1218	0.0208	0.1766	0.004	0.0343	0.1457	-0.1254	0.0592	-0.2803	-0.012	0.0056	0.2622	0.2319	-0.2983	0.0003	0.1952	-0.0125	0.0011	0.1399	0.0121	0.188	-1.581	-13.0193	-23.1446

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 26 through 148 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 149 through 189 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 190 through 360 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 26 through 148 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 149 through 189 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 190 through 344 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 345 through 360 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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