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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9bcb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human cellular retinol binding protein 3 in complex with C11 TopFluor MG | ||||||
要素 | Retinol-binding protein 5 | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / Cellular-retinol binding protein / retinol / retinoids / lipid transport | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 retinoid binding / retinal binding / retinol binding / fatty acid transport / fatty acid binding / extracellular exosome / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Golczak, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Interactom of cellular retinol binding protein 3. 著者: Golczak, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9bcb.cif.gz | 83.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9bcb.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 9bcb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/9bcb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/9bcb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16419.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBP5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE / 参照: UniProt: P82980 #2: 化合物 | ChemComp-A1ALJ / | 分子量: 506.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H41BF2N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.72 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.2 M sodium malonate, pH 5.0 and 20% PEG 3350 (w/v) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 85 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→19.6 Å / Num. obs: 47122 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 17.29 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.545 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2330 / CC1/2: 0.807 / Rpim(I) all: 0.535 / Rrim(I) all: 0.764 / Χ2: 1.02 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→19.6 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.13 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→19.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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