PDB-9bca: Structure of KLHDC2 bound to SJ46411

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bca

タイトル

Structure of KLHDC2 bound to SJ46411

要素

Kelch domain-containing protein 2

キーワード

LIGASE/INHIBITOR / Kelch domain / inhibitor / complex / KLHDC2 / LIGASE / LIGASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / nuclear membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / nuclear body / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Scott, D.C. / Dharuman, S. / Griffith, E. / Chai, S.C. / Ronnebaum, J. / King, M.T. / Tangallapally, R. / Lee, C. / Gee, C.T. / Lee, H.W. ...

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R01CA247365-04	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01-AI157312	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Principles of paralog-specific targeted protein degradation engaging the C-degron E3 KLHDC2.
著者: Scott, D.C. / Dharuman, S. / Griffith, E. / Chai, S.C. / Ronnebaum, J. / King, M.T. / Tangallapally, R. / Lee, C. / Gee, C.T. / Yang, L. / Li, Y. / Loudon, V.C. / Lee, H.W. / Ochoada, J. / ...

履歴

登録	2024年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bca.cif.gz	281.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bca.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bca.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/9bca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/9bca	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9bc9C 9bccC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kelch domain-containing protein 2

B: Kelch domain-containing protein 2

ヘテロ分子

80.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Kelch domain-containing protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Kelch domain-containing protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.528, 87.933, 89.241
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.44, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Kelch domain-containing protein 2 / Hepatocellular carcinoma-associated antigen 33 / Host cell factor homolog LCP / Host cell factor- ...Hepatocellular carcinoma-associated antigen 33 / Host cell factor homolog LCP / Host cell factor-like protein 1 / HCLP-1 分子量: 39764.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLHDC2, HCA33 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2U9
#2: 化合物	ChemComp-A1APS / N-{[2-(naphthalen-2-yl)-1,3-thiazol-4-yl]acetyl}glycine / SJ46411 分子量: 326.370 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₄N₂O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III) 分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH₁₈N₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.18 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 13-18% PEG3350, 0.2M NaSCN, 0.1 M Bis-Tris Propane, pH = 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 72950 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 14.55
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / Num. unique obs: 7280 / CC_1/2: 0.873

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→39.19 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2739	3551	4.88 %
R_work	0.2302	-	-
obs	0.2323	72817	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5212	0	53	475	5740

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5448
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.847	7419
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.384	1888
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	745
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	954

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.3458	143	0.3182	2634	X-RAY DIFFRACTION	96
1.72-1.75	0.3749	147	0.2962	2752	X-RAY DIFFRACTION	99
1.75-1.77	0.2864	128	0.2879	2765	X-RAY DIFFRACTION	99
1.77-1.8	0.3354	138	0.2704	2727	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8-1.83	0.3373	141	0.2631	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.86	0.2763	158	0.2531	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.9	0.3083	145	0.2486	2749	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9-1.93	0.307	164	0.2342	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.97	0.2644	125	0.236	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.02	0.249	121	0.2346	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.06	0.2511	159	0.2326	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.11	0.2751	158	0.2291	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.17	0.2876	175	0.2269	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.24	0.2568	159	0.2295	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.31	0.2997	185	0.2268	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.39	0.2974	129	0.2361	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.49	0.3184	140	0.2487	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.6	0.3013	114	0.2413	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.74	0.2854	142	0.2417	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.91	0.2798	117	0.2381	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.13	0.2832	136	0.2269	2826	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.45	0.27	141	0.2303	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.94	0.2635	138	0.2144	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
3.95-4.97	0.257	112	0.1999	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
4.97-39.19	0.2037	136	0.2144	2839	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.446	-0.0284	0.1447	0.2347	0.098	0.2637	-0.0256	0.2492	-0.0415	-0.0023	-0.0066	0.0347	0.033	-0.1137	0.018	0.1274	-0.0379	0.0239	0.1362	-0.0451	0.1185	9.8766	-4.3411	12.9619
2	0.2323	0.0156	0.2144	0.0131	-0.0324	0.2482	-0.1133	-0.0294	0.1033	0.0466	0.0804	0.0082	-0.1338	-0.0525	-0.0266	0.131	-0.0057	-0.0036	0.1102	0.0384	0.1757	13.8881	14.7307	18.9569
3	0.5904	0.1253	0.3403	0.5897	-0.0596	0.6462	-0.0938	-0.2041	-0.065	0.1068	0.062	-0.0185	-0.0273	-0.0633	-0.0003	0.1232	0.0115	0.0128	0.1378	0.0312	0.1224	15.3686	1.8868	30.6298
4	0.1366	0.1952	-0.1468	0.2846	-0.2459	0.2121	-0.0309	-0.0915	-0.0204	0.0923	-0.0263	-0.0319	-0.2875	0.0762	-0.063	0.1984	0.034	-0.0323	0.125	-0.0421	0.1797	14.1713	15.5473	-13.936
5	0.4683	0.1295	-0.2421	0.1504	-0.1217	0.5025	-0.1178	-0.2489	0.0061	0.0438	0.0427	0.0252	0.0323	-0.1499	-0.1972	0.1299	0.0442	-0.011	0.1936	0.0066	0.1363	6.6283	-0.9616	-13.212
6	0.1295	0.0562	-0.0609	0.0299	-0.0286	0.0332	-0.0922	-0.0296	-0.1048	0.0208	0.0871	-0.1319	0.109	0.0414	0.0012	0.1642	0.0603	0.0054	0.1133	0.0121	0.2437	21.8284	-13.6958	-15.9251
7	0.4597	0.0119	-0.1724	0.3863	-0.083	0.4861	-0.0866	0.1562	0.0293	-0.052	0.0566	-0.0143	-0.0131	-0.0389	-0	0.1305	-0.0203	-0.0113	0.1289	0.0131	0.1152	14.4495	1.0113	-30.5514
8	0.4489	-0.1109	-0.6302	0.0291	0.1531	0.8745	-0.0145	-0.1584	0.0131	0.0461	0.0676	-0.2281	-0.0174	0.3615	0.0662	0.1631	-0.0691	0.0343	0.0471	-0.0256	0.2236	23.6873	13.5656	-23.0456

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 26 through 148 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 149 through 189 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 190 through 360 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 26 through 82 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 83 through 174 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 175 through 194 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 195 through 344 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 345 through 360 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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