PDB-9bc9: Structure of KLHDC2 bound to SJ10278

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bc9

タイトル

Structure of KLHDC2 bound to SJ10278

要素

Kelch domain-containing protein 2

キーワード

LIGASE/INHIBITOR / Kelch domain / inhibitor / complex / KLHDC2 / LIGASE / LIGASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / nuclear membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / nuclear body / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Scott, D.C. / Dharuman, S. / Griffith, E. / Chai, S.C. / Ronnebaum, J. / King, M.T. / Tangallapally, R. / Lee, C. / Gee, C.T. / Lee, H.W. ...

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R01CA247365-04	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01-AI157312	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Principles of paralog-specific targeted protein degradation engaging the C-degron E3 KLHDC2.
著者: Scott, D.C. / Dharuman, S. / Griffith, E. / Chai, S.C. / Ronnebaum, J. / King, M.T. / Tangallapally, R. / Lee, C. / Gee, C.T. / Yang, L. / Li, Y. / Loudon, V.C. / Lee, H.W. / Ochoada, J. / ...

履歴

登録	2024年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bc9.cif.gz	271.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bc9.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bc9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/9bc9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/9bc9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9bcaC 9bccC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kelch domain-containing protein 2

B: Kelch domain-containing protein 2

ヘテロ分子

80.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Kelch domain-containing protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Kelch domain-containing protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.528, 87.877, 89.896
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.31, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Kelch domain-containing protein 2 / Hepatocellular carcinoma-associated antigen 33 / Host cell factor homolog LCP / Host cell factor- ...Hepatocellular carcinoma-associated antigen 33 / Host cell factor homolog LCP / Host cell factor-like protein 1 / HCLP-1 分子量: 39707.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLHDC2, HCA33 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2U9
#2: 化合物	ChemComp-A1APK / N-({2-[2-chloro-4-(methoxymethoxy)phenyl]-1,3-thiazol-4-yl}acetyl)glycine / SJ10278 分子量: 370.808 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₅ClN₂O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III) 分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH₁₈N₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.6 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 13-18% PEG3350, 0.2M NaSCN, 0.1 M Bis-Tris Propane, pH = 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 49105 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3 % / CC_1/2: 0.985 / CC star: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.08 / R_rim(I) all: 0.14 / Χ²: 2.568 / Net I/σ(I): 8.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.95-2.02	2.9	0.646	4926	0.464	0.796	0.446	0.789	1.178	98.3
2.02-2.1	3	0.513	4966	0.726	0.917	0.35	0.623	1.29	97.6
2.1-2.2	3	0.427	4980	0.787	0.939	0.291	0.519	1.565	99
2.2-2.31	3.1	0.36	4998	0.843	0.956	0.244	0.437	1.761	98.1
2.31-2.46	3	0.289	4926	0.902	0.974	0.199	0.353	2.131	97.3
2.46-2.65	2.8	0.22	4885	0.927	0.981	0.157	0.272	2.617	95.6
2.65-2.91	3.3	0.173	4928	0.967	0.992	0.115	0.209	2.873	98.1
2.91-3.33	3.1	0.115	4892	0.977	0.994	0.08	0.141	3.585	96.2
3.33-4.2	2.9	0.075	4748	0.987	0.997	0.055	0.094	4.354	92.8
4.2-50	2.9	0.059	4856	0.99	0.998	0.042	0.073	4.519	93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.91→39.23 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 30.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2613	2357	4.81 %
R_work	0.2144	-	-
obs	0.2166	49023	94.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→39.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5025	0	55	306	5386

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5253
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.723	7173
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.953	1776
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	735
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	916

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.91-1.95	0.4034	69	0.3578	1668	X-RAY DIFFRACTION	57
1.95-1.99	0.3673	152	0.3241	2833	X-RAY DIFFRACTION	98
1.99-2.04	0.3598	157	0.3133	2821	X-RAY DIFFRACTION	97
2.04-2.09	0.2755	147	0.2945	2818	X-RAY DIFFRACTION	98
2.09-2.15	0.2943	134	0.2778	2905	X-RAY DIFFRACTION	99
2.15-2.21	0.3353	162	0.2662	2843	X-RAY DIFFRACTION	99
2.21-2.28	0.3018	149	0.2668	2829	X-RAY DIFFRACTION	98
2.28-2.36	0.3512	136	0.2554	2847	X-RAY DIFFRACTION	98
2.36-2.46	0.323	159	0.2592	2782	X-RAY DIFFRACTION	96
2.46-2.57	0.3071	139	0.242	2760	X-RAY DIFFRACTION	95
2.57-2.7	0.3226	129	0.2403	2852	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7-2.87	0.2363	139	0.2321	2856	X-RAY DIFFRACTION	98
2.87-3.09	0.2864	140	0.2075	2824	X-RAY DIFFRACTION	97
3.09-3.41	0.2373	152	0.1951	2762	X-RAY DIFFRACTION	95
3.41-3.9	0.2109	129	0.1767	2731	X-RAY DIFFRACTION	93
3.9-4.91	0.1724	125	0.1539	2612	X-RAY DIFFRACTION	89
4.91-39.23	0.2472	139	0.1855	2923	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7315	-0.3149	-0.2565	0.3883	0.1853	0.6736	0.0097	0.1253	-0.0131	-0.071	-0.0262	0.0727	-0.0749	0.1903	0	0.2407	-0.0469	-0.0241	0.3178	-0.0208	0.2094	13.0913	18.2273	13.8403
2	0.2415	0.1224	0.3438	0.1702	0.1214	0.8325	0.1245	0.0976	-0.8448	-0.3052	0.1475	0.6001	0.0802	-0.1227	0.0411	0.3276	-0.0055	-0.0188	0.2851	0.0273	0.5719	2.8116	-4.2566	15.6946
3	0.0165	0.0374	-0.0635	0.1161	-0.0067	0.1888	-0.2283	0.0999	-0.2222	-0.1786	0.1887	-0.0735	0.0841	0.3053	-0.0005	0.252	-0.0172	0.0137	0.4151	0.0225	0.3571	14.8135	2.8415	16.5572
4	1.0805	0.1037	-0.646	0.75	0.0643	0.7912	-0.0761	-0.4256	-0.0443	0.0423	0.0725	0.023	-0.0607	-0.0261	0.0024	0.2042	0.002	-0.0114	0.2401	-0.0053	0.211	5.3322	14.6029	31.3077
5	0.4337	-0.2792	0.4548	0.9879	0.356	0.5371	-0.0454	-0.4721	0.0494	0.0993	0.05	-0.0458	0.2222	0.0828	0.0002	0.2589	0.0469	0.0152	0.3217	0.0197	0.1927	10.8752	5.7441	-13.3166
6	1.0108	0.2994	0.3189	0.4464	-0.1939	0.7877	-0.0393	-0.3488	0.4213	0.173	-0.0188	0.0394	-0.0437	0.3096	-0.1178	0.2224	0.0048	-0.0074	0.2952	-0.0956	0.2354	16.6477	19.0708	-16.4433
7	0.3043	0.116	0.0117	0.2739	-0.0073	0.1161	-0.0338	-0.137	0.4299	0.2447	0.1789	0.2068	-0.1577	-0.0209	0.0009	0.3022	0.048	0.048	0.3103	-0.1497	0.4945	0.5959	29.3995	-17.8676
8	1.3453	0.0369	0.2911	0.6563	-0.0088	1.0662	-0.055	0.1826	0.0414	-0.0852	0.0435	0.0315	0.0455	0.0412	0	0.1948	0.0161	-0.0074	0.2836	-0.0417	0.2008	6.7753	13.0432	-30.6986

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 27 through 164 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 165 through 184 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 185 through 206 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 207 through 359 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 28 through 122 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 123 through 174 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 175 through 194 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 195 through 359 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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