PDB-9bb8: Crystal structure of human alpha parvalbumin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bb8

タイトル

Crystal structure of human alpha parvalbumin

要素

Parvalbumin alpha

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / parvalbumin / calcium binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

inhibitory chemical synaptic transmission / Transcriptional Regulation by MECP2 / excitatory chemical synaptic transmission / gene expression / axon / synapse / calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.722 Å

データ登録者

O'Malley, A. / Chruszcz, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Comparative studies of seafood and reptile alpha- and beta-parvalbumins.
著者: O'Malley, A. / Ray, J.M. / Kitlas, P. / Ruethers, T. / Kapingidza, A.B. / Cierpicki, T. / Lopata, A. / Kowal, K. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2024年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bb8.cif.gz	71.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bb8.ent.gz	40.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bb8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/9bb8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/9bb8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9b26C 9barC 9bcfC 1rtpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Parvalbumin alpha

ヘテロ分子

13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.112, 83.112, 31.192
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Parvalbumin alpha 分子量: 13815.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PVALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20472
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.91 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3.4 M sodium malonate, pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.72→37.169 Å / Num. obs: 3079 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.112 / R_sym value: 0.096 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.72→2.77 Å / R_merge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 157 / CC_1/2: 0.767 / R_pim(I) all: 0.264 / R_rim(I) all: 0.546 / R_sym value: 0.471 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1RTP

1rtp

解像度: 2.722→37.169 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 30.62 / SU ML: 0.309 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.386 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2551	145	4.723 %
R_work	0.2054	2925	-
all	0.208	-	-
obs	-	3070	95.639 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.844 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.452 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.452 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.904 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.722→37.169 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	831	0	2	18	851

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	842
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	801
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.375	1.828	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.491	1.807	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.177	5	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.564	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.852	10	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	10.777	10	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	950
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	166
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.221	0.2	725
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	436
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	430
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.29	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.103	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.299	3.042	439
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.297	3.042	439
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.105	5.472	547
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.104	5.471	548
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.77	3.213	403
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.768	3.214	404
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.985	5.87	575
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.982	5.869	576
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.237	36.504	3643
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.227	36.491	3639

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.722-2.793	0.376	10	0.282	209	0.287	227	0.889	0.941	96.4758	0.25
2.793-2.869	0.243	12	0.265	216	0.264	229	0.94	0.951	99.5633	0.238
2.869-2.951	0.265	9	0.244	201	0.245	210	0.917	0.953	100	0.216
2.951-3.042	0.256	13	0.239	193	0.241	208	0.966	0.962	99.0385	0.209
3.042-3.141	0.431	10	0.263	189	0.27	209	0.865	0.948	95.2153	0.236
3.141-3.25	0.334	11	0.24	176	0.245	198	0.932	0.964	94.4444	0.215
3.25-3.372	0.258	6	0.222	180	0.223	191	0.953	0.969	97.3822	0.201
3.372-3.508	0.381	5	0.208	180	0.214	188	0.882	0.975	98.4043	0.196
3.508-3.663	0.4	6	0.195	164	0.202	174	0.854	0.975	97.7011	0.189
3.663-3.84	0.318	8	0.187	165	0.194	176	0.964	0.978	98.2955	0.158
3.84-4.045	0.296	7	0.183	154	0.188	165	0.937	0.979	97.5758	0.168
4.045-4.287	0.232	10	0.172	139	0.176	156	0.966	0.983	95.5128	0.155
4.287-4.579	0.089	5	0.18	128	0.175	148	0.998	0.981	89.8649	0.162
4.579-4.939	0.099	8	0.142	122	0.139	141	0.991	0.986	92.1986	0.135
4.939-5.401	0.243	10	0.205	112	0.209	128	0.97	0.968	95.3125	0.18
5.401-6.023	1.285	4	0.222	111	0.241	123	0.786	0.969	93.4959	0.198
6.023-6.924	0.328	3	0.189	92	0.194	109	0.994	0.978	87.156	0.174
6.924-8.408	0.043	2	0.191	83	0.188	95	0.999	0.979	89.4737	0.196
8.408-11.598	0.09	4	0.163	65	0.157	79	0.992	0.984	87.3418	0.175
11.598-37.169	0.13	2	0.218	46	0.214	54	0.993	0.978	88.8889	0.229

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 3.958 Å / Origin y: 21.781 Å / Origin z: 5.02 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0596 Å²	0.058 Å²	0.0032 Å²	-	0.111 Å²	0.0073 Å²	-	-	0.0179 Å²
L	2.7791 °²	-0.0371 °²	-1.1441 °²	-	3.6616 °²	-0.1107 °²	-	-	3.4958 °²
S	-0.0631 Å °	0.124 Å °	-0.084 Å °	0.0638 Å °	-0.0079 Å °	-0.06 Å °	0.1248 Å °	-0.0105 Å °	0.0711 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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