PDB-9bb0: D-Dopachrome Tautomerase with 4-Hydroxyphenylpyruvate Bound in Ca...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bb0

タイトル

D-Dopachrome Tautomerase with 4-Hydroxyphenylpyruvate Bound in Catalytic Site at Atomic (0.98 Angstrom) Resolution

要素

D-dopachrome decarboxylase

キーワード

CYTOKINE / tautomerase / keto-enol tautomerase / substrate / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome decarboxylase activity / dopachrome isomerase activity / melanin biosynthetic process / phenylpyruvate tautomerase activity / cytokine receptor binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.985 Å

データ登録者

Parkins, A. / Argueta, C. / Pantouris, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published / 年: 2025
タイトル: D-Dopachrome Tautomerase with 4-Hydroxyphenylpyruvate Bound in Catalytic Site at Atomic (0.98 Angstrom) Resolution
著者: Argueta, C. / Parkins, A. / Pantouris, G.

履歴

登録	2024年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月30日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bb0.cif.gz	163.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bb0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bb0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/9bb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/9bb0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: D-dopachrome decarboxylase

BBB: D-dopachrome decarboxylase

CCC: D-dopachrome decarboxylase

ヘテロ分子

38.3 kDa, 3 ポリマー
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1

AAA: D-dopachrome decarboxylase

ヘテロ分子

AAA: D-dopachrome decarboxylase

ヘテロ分子

AAA: D-dopachrome decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
37.9 kDa, 3 ポリマー
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2

BBB: D-dopachrome decarboxylase

ヘテロ分子

BBB: D-dopachrome decarboxylase

ヘテロ分子

BBB: D-dopachrome decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.1 kDa, 3 ポリマー
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3

CCC: D-dopachrome decarboxylase

ヘテロ分子

CCC: D-dopachrome decarboxylase

ヘテロ分子

CCC: D-dopachrome decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.9 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.765, 83.765, 40.535
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	143
Space group name H-M	P3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-468- HOH
2	1	AAA-470- HOH
3	1	BBB-460- HOH
4	1	BBB-462- HOH
5	1	CCC-443- HOH
6	1	CCC-446- HOH

#1: タンパク質	D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase II 分子量: 12593.526 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDT / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P30046, D-dopachrome decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-ENO / 3-(4-HYDROXY-PHENYL)PYRUVIC ACID / HPP / 4-ヒドロキシフェニルピルビン酸分子量: 180.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EN1 / (2E)-2-hydroxy-3-(4-hydroxyphenyl)prop-2-enoic acid / α,4-ジヒドロキシ-cis-けい皮酸分子量: 180.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₉H₈O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M Sodium Citrate pH 5.9, 28% PEG 4000 - soaked into 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M Sodium Citrate pH 5.9, 33% PEG 4000, 600mM 4-Hydroxyphenylpyruvate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.88557 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.88557 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.98→72.54 Å / Num. obs: 178449 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 9.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.04 / R_pim(I) all: 0.013 / R_rim(I) all: 0.042 / Χ²: 0.93 / Net I/σ(I): 23.1 / Num. measured all: 1686804
反射シェル	解像度: 0.98→1 Å / % possible obs: 84.8 % / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 1.24 / Num. measured all: 40904 / Num. unique obs: 7549 / CC_1/2: 0.548 / R_pim(I) all: 0.554 / R_rim(I) all: 1.368 / Χ²: 0.55 / Net I/σ(I) obs: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 0.985→72.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.977 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.004 / ESU R Free: 0.004 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1467	8881	4.98 %
R_work	0.1321	169470	-
all	0.133	-	-
obs	-	178351	99.086 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.706 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.014 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.014 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.029 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.985→72.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2635	0	33	496	3164

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2936
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	2795
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.671	1.65	4025
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.622	1.571	6467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.1	5	397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.192	21.908	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.539	15	466
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.591	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	392
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	2.784	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3454
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	658
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	613
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.218	0.2	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.11	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.106	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.193	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.28	0.2	177
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.357	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	10.737	1.102	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	10.744	1.101	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.867	1.585	1945
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.865	1.585	1946
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	19.313	1.509	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	19.306	1.509	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	13.378	2.077	2080
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	13.375	2.076	2081
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.216	15.233	3324
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.187	14.162	3189
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	39.724	3	5731
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.076	0.05	3713
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.085	0.05	3649
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.099	0.05	3648

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.985-1.011	0.192	623		11120	X-RAY DIFFRACTION	88.0813
1.011-1.038	0.137	630	0.128	12299	X-RAY DIFFRACTION	99.6378
1.038-1.068	0.115	669	0.109	12012	X-RAY DIFFRACTION	100
1.068-1.101	0.107	587	0.105	11605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.101-1.137	0.119	649	0.108	11212	X-RAY DIFFRACTION	100
1.137-1.177	0.123	610	0.118	10920	X-RAY DIFFRACTION	100
1.177-1.222	0.131	586	0.115	10478	X-RAY DIFFRACTION	100
1.222-1.271	0.135	547	0.117	10141	X-RAY DIFFRACTION	100
1.271-1.328	0.131	447	0.115	9801	X-RAY DIFFRACTION	99.9902
1.328-1.393	0.145	468	0.125	9312	X-RAY DIFFRACTION	100
1.393-1.468	0.143	440	0.131	8813	X-RAY DIFFRACTION	100
1.468-1.557	0.147	436	0.131	8398	X-RAY DIFFRACTION	99.9774
1.557-1.665	0.154	422	0.132	7848	X-RAY DIFFRACTION	100
1.665-1.798	0.155	330	0.135	7341	X-RAY DIFFRACTION	100
1.798-1.969	0.15	315	0.132	6757	X-RAY DIFFRACTION	100
1.969-2.202	0.147	346	0.128	6085	X-RAY DIFFRACTION	99.9534
2.202-2.542	0.162	245	0.135	5385	X-RAY DIFFRACTION	100
2.542-3.112	0.174	266	0.148	4502	X-RAY DIFFRACTION	100
3.112-4.397	0.131	166	0.13	3511	X-RAY DIFFRACTION	99.9456
4.397-72.5	0.194	99	0.186	1930	X-RAY DIFFRACTION	99.9507

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