PDB-9bas: Structure of S1_15A, a lambda-carrageenan specific sulfatase, in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bas

タイトル

Structure of S1_15A, a lambda-carrageenan specific sulfatase, in complex with galactose-6-sulfate

要素

S1_15A sulfatase

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Sulfatase / carrageenan

機能・相同性

6-O-sulfo-beta-D-galactopyranose

機能・相同性情報

生物種

Pseudoalteromonas distincta (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.791 Å

データ登録者

Hettle, J.A. / Vickers, C. / Boraston, A.B.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of S1_15A, a lambda-carrageenan specific sulfatase, in complex with galactose-6-sulfate
著者: Hettle, J.A. / Vickers, C. / Boraston, A.B.

履歴

登録	2024年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bas.cif.gz	198.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bas.ent.gz	155.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bas.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9bas_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9bas_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9bas_validation.xml.gz	40.7 KB	表示
CIF形式データ	9bas_validation.cif.gz	55.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/9bas ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/9bas	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: S1_15A sulfatase

A: S1_15A sulfatase

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.866, 110.007, 71.791
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.25, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

S1_15A sulfatase

分子量: 57800.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudoalteromonas distincta (バクテリア)
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)

#2: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#3: 糖

ChemComp-G6S / 6-O-sulfo-beta-D-galactopyranose / D-GALACTOSE-6-SULFATE / 6-O-sulfo-beta-D-galactose / 6-O-sulfo-D-galactose / 6-O-sulfo-galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス6-O-硫酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₉S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.81 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 23.5% PEG 3350, 5% glycerol, 3% ethylene glycol, 0.2 M ammonium citrate dibasic (pH 5.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月20日 / 詳細: VariMaxTM-HF ArcSec Confocal Optical System
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→30 Å / Num. obs: 99922 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 1.79→1.83 Å / R_merge(I) obs: 0.368 / Num. unique obs: 3713 / CC_1/2: 0.892 / R_pim(I) all: 0.198

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.791→29.541 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.27 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	4944	5.06 %
R_work	0.1869	-	-
obs	0.1907	97657	97.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.791→29.541 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7423	0	34	219	7676

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7662
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.177	10401
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.378	2820
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1123
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1362

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7928-1.8237	0.2891	215	0.2533	3713	X-RAY DIFFRACTION	75
1.8237-1.8568	0.332	208	0.2481	4102	X-RAY DIFFRACTION	83
1.8568-1.8925	0.2751	228	0.233	4396	X-RAY DIFFRACTION	87
1.8925-1.9311	0.3076	222	0.2322	4529	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9311-1.973	0.2426	240	0.2174	4657	X-RAY DIFFRACTION	94
1.973-2.0189	0.2751	292	0.2055	4682	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0189-2.0693	0.282	232	0.2044	4719	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0693-2.1252	0.2474	194	0.2036	4823	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1252-2.1877	0.2687	267	0.2044	4708	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1877-2.2582	0.2502	259	0.2005	4728	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2582-2.3388	0.259	236	0.2021	4772	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3388-2.4322	0.2898	215	0.1991	4742	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4322-2.5427	0.2346	275	0.2005	4724	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5427-2.6765	0.2778	248	0.1973	4789	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6765-2.8437	0.2378	231	0.2034	4729	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8437-3.0625	0.2464	246	0.2008	4774	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0625-3.3693	0.2448	289	0.1876	4713	X-RAY DIFFRACTION	94
3.3693-3.8536	0.2005	241	0.1657	4775	X-RAY DIFFRACTION	95
3.8536-4.843	0.1709	260	0.1434	4795	X-RAY DIFFRACTION	95
4.843-19.5972	0.2016	280	0.1602	4801	X-RAY DIFFRACTION	94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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