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- PDB-9ba1: Solution NMR structure of the human LETM1 F-EF-hand domain in the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ba1
タイトルSolution NMR structure of the human LETM1 F-EF-hand domain in the presence of calcium
要素Mitochondrial proton/calcium exchanger protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / EF-hand / F-EF-hand / LETM1 / mitochondrial
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium export from the mitochondrion / calcium:proton antiporter activity / mitochondrial potassium ion transmembrane transport / negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / inner mitochondrial membrane organization / Mitochondrial calcium ion transport / Complex III assembly / mitochondrial calcium ion homeostasis ...calcium export from the mitochondrion / calcium:proton antiporter activity / mitochondrial potassium ion transmembrane transport / negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / inner mitochondrial membrane organization / Mitochondrial calcium ion transport / Complex III assembly / mitochondrial calcium ion homeostasis / cristae formation / protein hexamerization / RHOG GTPase cycle / mitochondrion organization / protein homooligomerization / calcium ion transport / ribosome binding / mitochondrial inner membrane / calcium ion binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
LETM1-like, ribosome-binding domain / LETM1/MDM38-like / LETM1-like, RBD / Letm1 ribosome-binding (RBD) domain profile. / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial proton/calcium exchanger protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lin, Q.T. / Stathopulos, P.B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)07171 カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: An AI-informed NMR structure reveals an extraordinary LETM1 F-EF-hand domain that functions as a two-way regulator of mitochondrial calcium.
著者: Lin, Q.T. / Colussi, D.M. / Lake, T. / Stathopulos, P.B.
履歴
登録2024年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial proton/calcium exchanger protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8222
ポリマ－6,7821
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, BS-3 crosslinking, NMR relaxation study, 1H-15N-HSQC dilution experiment
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Mitochondrial proton/calcium exchanger protein / Electroneutral mitochondrial K(+)/H(+)exchanger / KHE / Leucine zipper-EF-hand-containing ...Electroneutral mitochondrial K(+)/H(+)exchanger / KHE / Leucine zipper-EF-hand-containing transmembrane protein 1


分子量: 6781.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LETM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95202
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
191isotropic13D 1H-15N NOESY
122isotropic13D CBCA(CO)NH
132isotropic13D HN(CA)CB
182isotropic13D H(CCO)NH
142isotropic13D HNCO
253isotropic12D 1H-13C HSQC
263isotropic13D (H)CCH-TOCSY
273isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM [U-99% 15N] Human leucine zipper EF-hand containing transmembrane protein-1 (LETM1) residues 643-699, 20 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 10 mM CHAPS, 30 mM calcium chloride, 90% H2O/10% D2Osample_190% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Human leucine zipper EF-hand containing transmembrane protein-1 (LETM1) residues 643-699, 20 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 10 mM CHAPS, 30 mM calcium chloride, 90% H2O/10% D2Osample_290% H2O/10% D2O
solution31 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Human leucine zipper EF-hand containing transmembrane protein-1 (LETM1) residues 643-699, 20 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 10 mM CHAPS, 30 mM calcium chloride, 100% D2Osample_3100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMHuman leucine zipper EF-hand containing transmembrane protein-1 (LETM1) residues 643-699[U-99% 15N]1
20 mMTRISnatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
10 mMCHAPSnatural abundance1
30 mMcalcium chloridenatural abundance1
1 mMHuman leucine zipper EF-hand containing transmembrane protein-1 (LETM1) residues 643-699[U-99% 13C; U-99% 15N]2
20 mMTRISnatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
10 mMCHAPSnatural abundance2
30 mMcalcium chloridenatural abundance2
1 mMHuman leucine zipper EF-hand containing transmembrane protein-1 (LETM1) residues 643-699[U-99% 13C; U-99% 15N]3
20 mMTRISnatural abundance3
50 mMsodium chloridenatural abundance3
10 mMCHAPSnatural abundance3
30 mMcalcium chloridenatural abundance3
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1140 mMcondition_17.81 atm308.15 K
2140 mMcondition_28.2 pD1 atm308.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARA1.9.1b12Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
NMRPipe10.9Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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