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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9b9v | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the ZBTB9 BTB domain filament | ||||||
要素 | Zinc finger and BTB domain-containing protein 9 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / BTB domain / transcription factor / ZBTB protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.1 Å | ||||||
データ登録者 | Park, J. / Hunkeler, M. / Fischer, E.S. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024 タイトル: Polymerization of ZBTB transcription factors regulates chromatin occupancy. 著者: Paul M C Park / Jiho Park / Jared Brown / Moritz Hunkeler / Shourya S Roy Burman / Katherine A Donovan / Hojong Yoon / Radosław P Nowak / Mikołaj Słabicki / Benjamin L Ebert / Eric S Fischer / 要旨: BCL6, an oncogenic transcription factor (TF), forms polymers in the presence of a small-molecule molecular glue that stabilizes a complementary interface between homodimers of BCL6's broad-complex, ...BCL6, an oncogenic transcription factor (TF), forms polymers in the presence of a small-molecule molecular glue that stabilizes a complementary interface between homodimers of BCL6's broad-complex, tramtrack, and bric-à-brac (BTB) domain. The BTB domains of other proteins, including a large class of TFs, have similar architectures and symmetries, raising the possibility that additional BTB proteins self-assemble into higher-order structures. Here, we surveyed 189 human BTB proteins with a cellular fluorescent reporter assay and identified 18 ZBTB TFs that show evidence of polymerization. Through biochemical and cryoelectron microscopy (cryo-EM) studies, we demonstrate that these ZBTB TFs polymerize into filaments. We found that BTB-domain-mediated polymerization of ZBTB TFs enhances chromatin occupancy within regions containing homotypic clusters of TF binding sites, leading to repression of target genes. Our results reveal a role of higher-order structures in regulating ZBTB TFs and suggest an underappreciated role for TF polymerization in modulating gene expression. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9b9v.cif.gz | 676.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9b9v.ent.gz | 471.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9b9v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/9b9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/9b9v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 44391MC 9b9rC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19387.961 Da / 分子数: 14 / 断片: BTB domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZBTB9 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96C00 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ZBTB9 BTB domain filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株: High Five | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 50 mM HEPES/NaOH pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM CHAPSO, 1 mM TCEP | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.95 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Elution fractions from Strep-tag affinity chromatography were dialyzed overnight against 50 mM HEPES/NaOH pH 7.4, 200 mM NaCl, 1 mM TCEP and concentrated by centrifugation. | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Grids were glow-discharged for 60 s at 15-20 mA and 39 Pa グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 283 K 詳細: Grids were vitrified using a Leica EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C with 10 s pre-blot, 3 s blot, 3 s post-blot. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 36000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 4.5 sec. / 電子線照射量: 50.1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1137 詳細: 1 movie (45 frames) was acquired per hole and stage position. |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286 / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 101.9 ° / 軸方向距離/サブユニット: 36.1 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2022676 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 8.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 147135 / アルゴリズム: FOURIER SPACE 詳細: Asymmetric helical refinement followed by local refinement led to the final reconstruction. The helical symmetry values represent the angular rotation and axial rise for two dimers at the ...詳細: Asymmetric helical refinement followed by local refinement led to the final reconstruction. The helical symmetry values represent the angular rotation and axial rise for two dimers at the core of the map, where the local resolution was the highest. These values, however, were not applied during helical refinement as they did not improve the quality of the final reconstruction. 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 762 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / 詳細: Real-space refinement without local grid search | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 177.76 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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