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万見
- PDB-9b9g: Structure of the PI4KA complex bound to Calcineurin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b9g
タイトルStructure of the PI4KA complex bound to Calcineurin
要素
  • Calcineurin subunit B type 1
  • Hyccin
  • Phosphatidylinositol 4-kinase alpha
  • Protein phosphatase 3 catalytic subunit alpha
  • Tetratricopeptide repeat protein 7B
キーワードSIGNALING PROTEIN / PI4KIIIa complex / PI4KA / TTC7B / FAM126A / CNA / CNB / Calcineurin
機能・相同性
機能・相同性情報


reorganization of cellular membranes to establish viral sites of replication / Synthesis of PIPs at the ER membrane / negative regulation of angiotensin-activated signaling pathway / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / regulation of cell proliferation involved in kidney morphogenesis / positive regulation of glomerulus development / negative regulation of calcium ion import across plasma membrane / negative regulation of signaling / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / 1-phosphatidylinositol 4-kinase ...reorganization of cellular membranes to establish viral sites of replication / Synthesis of PIPs at the ER membrane / negative regulation of angiotensin-activated signaling pathway / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / regulation of cell proliferation involved in kidney morphogenesis / positive regulation of glomerulus development / negative regulation of calcium ion import across plasma membrane / negative regulation of signaling / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / positive regulation of saliva secretion / Schwann cell migration / calcineurin complex / positive regulation of connective tissue replacement / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / negative regulation of dendrite morphogenesis / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / protein serine/threonine phosphatase complex / peptidyl-serine dephosphorylation / renal filtration / lung epithelial cell differentiation / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / calcineurin-NFAT signaling cascade / host-mediated perturbation of viral process / Golgi-associated vesicle membrane / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / skeletal muscle tissue regeneration / myelination in peripheral nervous system / transition between fast and slow fiber / phosphatidylinositol biosynthetic process / positive regulation of osteoclast differentiation / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / regulation of synaptic vesicle cycle / dephosphorylation / extrinsic component of plasma membrane / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / branching involved in blood vessel morphogenesis / dendrite morphogenesis / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatidylinositol-mediated signaling / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / parallel fiber to Purkinje cell synapse / protein serine/threonine phosphatase activity / calcineurin-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of endocytosis / Calcineurin activates NFAT / DARPP-32 events / epithelial to mesenchymal transition / Activation of BAD and translocation to mitochondria / epidermis development / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / multicellular organismal response to stress / positive regulation of osteoblast differentiation / phosphatase binding / protein dephosphorylation / keratinocyte differentiation / skeletal muscle fiber development / myelination / FCERI mediated Ca+2 mobilization / positive regulation of cell adhesion / T cell activation / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / excitatory postsynaptic potential / protein localization to plasma membrane / wound healing / G1/S transition of mitotic cell cycle / modulation of chemical synaptic transmission / sarcolemma / Schaffer collateral - CA1 synapse / Z disc / response to calcium ion / protein import into nucleus / calcium ion transport / heart development / ATPase binding / actin cytoskeleton organization / Ca2+ pathway / dendritic spine / calmodulin binding / postsynapse / protein dimerization activity / neuron projection / positive regulation of cell migration / cadherin binding / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / focal adhesion / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / glutamatergic synapse / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
PI4-kinase, N-terminal / PI4-kinase N-terminal region / Hyccin / Tetratricopeptide repeat protein 7, N-terminal / Hyccin / Tetratricopeptide repeat protein 7 N-terminal / : / PP2B, metallophosphatase domain / PP2B / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 ...PI4-kinase, N-terminal / PI4-kinase N-terminal region / Hyccin / Tetratricopeptide repeat protein 7, N-terminal / Hyccin / Tetratricopeptide repeat protein 7 N-terminal / : / PP2B, metallophosphatase domain / PP2B / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / Tetratricopeptide repeat / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Tetratricopeptide repeat / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol 4-kinase alpha / Calcineurin subunit B type 1 / Protein phosphatase 3 catalytic subunit alpha / Tetratricopeptide repeat protein 7B / Hyccin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Shaw, A.L. / Suresh, S. / Yip, C.K. / Burke, J.E.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)NSERC-2020-04241 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2018-03951 カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structure of calcineurin bound to PI4KA reveals dual interface in both PI4KA and FAM126A.
著者: Alexandria L Shaw / Sushant Suresh / Matthew A H Parson / Noah J Harris / Meredith L Jenkins / Calvin K Yip / John E Burke /
要旨: Phosphatidylinositol 4-kinase alpha (PI4KA) maintains the phosphatidylinositol 4-phosphate (PI4P) and phosphatidylserine pools of the plasma membrane. A key regulator of PI4KA is its association into ...Phosphatidylinositol 4-kinase alpha (PI4KA) maintains the phosphatidylinositol 4-phosphate (PI4P) and phosphatidylserine pools of the plasma membrane. A key regulator of PI4KA is its association into a complex with TTC7 and FAM126 proteins. This complex can be regulated by the CNAβ1 isoform of the phosphatase calcineurin. We previously identified that CNAβ1 directly binds to FAM126A. Here, we report a cryoelectron microscopic (cryo-EM) structure of a truncated PI4KA complex bound to calcineurin, revealing a unique direct interaction between PI4KA and calcineurin. Hydrogen deuterium exchange mass spectrometry (HDX-MS) and computational analysis show that calcineurin forms a complex with an evolutionarily conserved IKISVT sequence in PI4KA's horn domain. We also characterized conserved LTLT and PSISIT calcineurin binding sequences in the C terminus of FAM126A. These dual sites in PI4KA and FAM126A are both in close proximity to phosphorylation sites in the PI4KA complex, suggesting key roles of calcineurin-regulated phosphosites in PI4KA regulation. This work reveals novel insight into how calcineurin can regulate PI4KA activity.
履歴
登録2024年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年5月28日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4-kinase alpha
B: Phosphatidylinositol 4-kinase alpha
D: Tetratricopeptide repeat protein 7B
E: Hyccin
F: Tetratricopeptide repeat protein 7B
G: Hyccin
H: Calcineurin subunit B type 1
I: Protein phosphatase 3 catalytic subunit alpha
J: Calcineurin subunit B type 1
K: Protein phosphatase 3 catalytic subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)912,80318
ポリマ－912,48310
非ポリマー3218
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Eluted with a volume consistent with a dimer of heteropentamers
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 5種, 10分子 ABDFEGHJIK

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4-kinase alpha / PI4-kinase alpha / PI4K-alpha / PtdIns-4-kinase alpha / Phosphatidylinositol 4-Kinase III alpha


分子量: 237102.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PI4KA, PIK4, PIK4CA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P42356, 1-phosphatidylinositol 4-kinase
#2: タンパク質 Tetratricopeptide repeat protein 7B / TPR repeat protein 7B / Tetratricopeptide repeat protein 7-like-1 / TPR repeat protein 7-like-1


分子量: 94294.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTC7B, TTC7L1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q86TV6
#3: タンパク質 Hyccin / Down-regulated by CTNNB1 protein A


分子量: 34638.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Truncated construct (1-308) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HYCC1, DRCTNNB1A, FAM126A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BYI3
#4: タンパク質 Calcineurin subunit B type 1 / Protein phosphatase 2B regulatory subunit 1 / Protein phosphatase 3 regulatory subunit B alpha isoform 1


分子量: 19322.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP3R1, CNA2, CNB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P63098
#5: タンパク質 Protein phosphatase 3 catalytic subunit alpha / CAM-PRP catalytic subunit / Calcineurin A alpha / Calmodulin-dependent calcineurin A subunit alpha ...CAM-PRP catalytic subunit / Calcineurin A alpha / Calmodulin-dependent calcineurin A subunit alpha isoform / CNA alpha / Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit alpha isoform


分子量: 70883.242 Da / 分子数: 2 / Mutation: L236P,D238N / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Truncated Calcineurin A alpha (2-391) L236P D238N,Truncated Calcineurin A alpha (2-391) L236P D238N
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP3CA, CALNA, CNA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: Q08209, protein-serine/threonine phosphatase

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非ポリマー , 1種, 8分子

#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PI4KA complex bound to Calcineurin / タイプ: COMPLEX / 詳細: Stabilized with BS3 crosslinker / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7
詳細: Freshly prepared gel filtration buffer, filtered through 0.22um filter and degassed
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMImidazoleC3H4N21
2150 mMSodium ChlorideNaCl1
35 %GlycerolC3H8O31
40.5 mMTris(2-carboxyethyl)phosphineTCEP1
試料濃度: 0.77 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Sample was treated with BS3 crosslinker then gel filtered to isolate protein peak consistent with a dimer of pentamers.
試料支持詳細: Glow discharged using the Pelco EasiGlow. 15mA Current.
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: Blot force -5, blot time 1 s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10121
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARCv.4.2.1粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARCv4.2.1CTF補正
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARCv4.2.1初期オイラー角割当
11cryoSPARCv4.2.1最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1181312
詳細: Particles were picked using the cryoSPARC template picker
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 235760 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
16BQ1

6bq1

16BQ11PDBexperimental model
26NUC

6nuc

16NUC2PDBexperimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00349716
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.72267262
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.9766662
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0427575
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0048519

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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