PDB-9b98: Crystal structure of the human PAD2 protein bound to small molecule

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9b98

タイトル

Crystal structure of the human PAD2 protein bound to small molecule

要素

Protein-arginine deiminase type-2

キーワード

HYDROLASE / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase / histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / histone H4R3 arginine deiminase activity / histone H1R54 arginine deiminase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.003 Å

データ登録者

Byrnes, L.J. / Vajdos, F.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Discovery, Characterization, and Structure of a Cell Active PAD2 Inhibitor Acting through a Novel Allosteric Mechanism.
著者: Byrnes, L.J. / Choi, W.Y. / Balbo, P. / Banker, M.E. / Chang, J. / Chen, S. / Cheng, X. / Cong, Y. / Culp, J. / Di, H. / Griffor, M. / Hall, J. / Meng, X. / Morgan, B. / Mousseau, J.J. / ...

履歴

登録	2024年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9b98.cif.gz	152.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9b98.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9b98.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/9b98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/9b98	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9b96C 9b97C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

79.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
160 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	201.710, 52.780, 76.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.709, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protein-arginine deiminase type-2 / PAD-H19 / Peptidylarginine deiminase II / Protein-arginine deiminase type II 分子量: 78673.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI2, KIAA0994, PAD2, PDI2 / プラスミド: pFastBac 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): sF9 / 参照: UniProt: Q9Y2J8, protein-arginine deiminase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-A1AJC / (5P)-N,N-diethyl-2-fluoro-5-(2-[({1-[2-(methylamino)-2-oxoethyl]cyclohexyl}methyl)amino]-6-{methyl[1-(2-methyl-1-phenyl-1H-1,3-benzimidazole-5-carbonyl)piperidin-4-yl]amino}pyrimidin-4-yl)benzamide 分子量: 801.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₆H₅₆FN₉O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.69 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Magnesium acetate, 50mM MES pH5.5, 9-16% 2-methyl 2, 4-pentane diol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.003→97.088 Å / Num. obs: 26935 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.038 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 2.003→2.276 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.759 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1347 / CC_1/2: 0.617 / R_pim(I) all: 0.483 / R_rim(I) all: 0.903 / % possible all: 75.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.003→97.088 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 6.651 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.455 / ESU R Free: 0.291 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2575	1358	5.042 %
R_work	0.1857	25577	-
all	0.189	-	-
obs	-	26935	51.213 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.135 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	-0 Å²	-0.205 Å²
2-	-	0.259 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.055 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.003→97.088 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4805	0	72	146	5023

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	5028
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	4635
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.51	1.636	6787
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.516	1.571	10811
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.209	5	599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	18.017	10	30
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.487	10	854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.064	10	221
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	747
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5774
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	978
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.208	0.2	4801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	2355
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	2747
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.2	217
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.167	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.171	0.2	129
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.48	6.019	2419
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.471	6.02	2413
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.1	8.991	3000
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.099	8.992	3001
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.426	6.392	2609
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.425	6.392	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.262	9.425	3786
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.26	9.424	3787
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.552	76.478	5510
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.551	76.478	5511

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.003-2.055	0.924	2	0.396	41	0.418	3819	0.78	0.898	1.1259	0.367
2.055-2.112	0.34	12	0.34	153	0.34	3823	0.889	0.918	4.316	0.329
2.112-2.173	0.377	14	0.307	340	0.309	3644	0.86	0.926	9.7146	0.294
2.173-2.24	0.319	24	0.298	449	0.299	3525	0.92	0.934	13.4184	0.282
2.24-2.313	0.378	25	0.268	657	0.272	3466	0.919	0.95	19.6769	0.241
2.313-2.394	0.31	51	0.287	840	0.288	3338	0.948	0.946	26.6926	0.247
2.394-2.485	0.361	60	0.279	1193	0.283	3231	0.919	0.947	38.7806	0.246
2.485-2.586	0.332	82	0.267	1400	0.271	3101	0.93	0.952	47.791	0.22
2.586-2.701	0.348	94	0.258	1630	0.262	2937	0.919	0.956	58.6994	0.213
2.701-2.833	0.291	108	0.26	1865	0.262	2879	0.946	0.954	68.5307	0.208
2.833-2.986	0.328	128	0.239	2023	0.244	2711	0.928	0.961	79.3434	0.201
2.986-3.167	0.318	128	0.238	2192	0.242	2566	0.933	0.964	90.4131	0.2
3.167-3.385	0.295	103	0.226	2304	0.229	2427	0.936	0.968	99.1759	0.193
3.385-3.656	0.251	104	0.193	2134	0.196	2244	0.962	0.977	99.7326	0.175
3.656-4.004	0.228	118	0.165	1975	0.168	2108	0.966	0.984	99.2884	0.16
4.004-4.476	0.232	83	0.146	1779	0.149	1889	0.965	0.987	98.5707	0.148
4.476-5.166	0.194	79	0.13	1594	0.133	1684	0.981	0.99	99.3468	0.142
5.166-6.323	0.232	65	0.16	1334	0.164	1411	0.964	0.984	99.1495	0.178
6.323-8.923	0.232	46	0.156	1065	0.16	1125	0.966	0.984	98.7556	0.184
8.923-97.088	0.229	32	0.171	609	0.173	654	0.956	0.974	98.0122	0.25

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)