PDB-9b97: Crystal structure of the human PAD2 protein bound to small molecule

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9b97

タイトル

Crystal structure of the human PAD2 protein bound to small molecule

要素

Protein-arginine deiminase type-2

キーワード

HYDROLASE / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase activity / Chromatin modifying enzymes / estrogen receptor signaling pathway / substantia nigra development / transcription initiation-coupled chromatin remodeling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Byrnes, L.J. / Vajdos, F.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Discovery, Characterization, and Structure of a Cell Active PAD2 Inhibitor Acting through a Novel Allosteric Mechanism.
著者: Byrnes, L.J. / Choi, W.Y. / Balbo, P. / Banker, M.E. / Chang, J. / Chen, S. / Cheng, X. / Cong, Y. / Culp, J. / Di, H. / Griffor, M. / Hall, J. / Meng, X. / Morgan, B. / Mousseau, J.J. / ...

履歴

登録	2024年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9b97.cif.gz	158 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9b97.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9b97.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9b97_validation.pdf.gz	688.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9b97_full_validation.pdf.gz	706.8 KB	表示
XML形式データ	9b97_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	9b97_validation.cif.gz	41 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/9b97 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/9b97	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9b96C 9b98C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

79.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
160 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	202.360, 52.490, 76.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.942, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-883- HOH
2	1	A-956- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Protein-arginine deiminase type-2 / PAD-H19 / Peptidylarginine deiminase II / Protein-arginine deiminase type II 分子量: 78673.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI2, KIAA0994, PAD2, PDI2 / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y2J8, protein-arginine deiminase

#1: タンパク質

Protein-arginine deiminase type-2 / PAD-H19 / Peptidylarginine deiminase II / Protein-arginine deiminase type II

分子量: 78673.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI2, KIAA0994, PAD2, PDI2 / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y2J8, protein-arginine deiminase

-
非ポリマー , 5種, 168分子

#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-A1AJB / (1P)-N~3'~-[(2S)-3-cyclohexyl-1-(methylamino)-1-oxopropan-2-yl]-N~3~,N~3~-diethyl-4-fluoro-5'-{[4-(4-phenylbutyl)piperazin-1-yl]methyl}[1,1'-biphenyl]-3,3'-dicarboxamide 分子量: 711.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₃H₅₈FN₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.49 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Magnesium acetate, 50mM MES pH5.5, 9-16% 2-methyl 2, 4-pentane diol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→97.289 Å / Num. obs: 25683 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 1.95→2.241 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.769 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1285 / CC_1/2: 0.528 / R_pim(I) all: 0.516 / R_rim(I) all: 0.93 / % possible all: 71.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→97.289 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 6.326 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.593 / ESU R Free: 0.32 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2674	1268	4.937 %
R_work	0.186	24415	-
all	0.19	-	-
obs	-	25683	45.236 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.275 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.092 Å²	-0 Å²	-0.165 Å²
2-	-	0.217 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.027 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→97.289 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4988	0	81	157	5226

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	5225
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	4841
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.404	1.638	7048
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.482	1.572	11294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.142	5	627
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	18.766	10	31
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.456	10	898
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.49	10	228
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	775
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5929
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	5064
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	2443
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	2894
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	223
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.05	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.252	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.167	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.138	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.069	6.129	2517
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.065	6.127	2513
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.863	9.157	3129
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.863	9.158	3130
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.888	6.361	2708
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.888	6.362	2709
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.677	9.394	3917
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.676	9.394	3918
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.501	78.984	5726
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.508	79.041	5705

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.95-2.001	0.208	2	0.379	50	0.375	4196	0.999	0.927	1.2393	0.357
2.001-2.055	0.392	7	0.358	124	0.36	4024	0.849	0.914	3.2555	0.342
2.055-2.115	0.347	14	0.304	230	0.307	3983	0.924	0.935	6.126	0.29
2.115-2.18	0.375	17	0.304	383	0.307	3829	0.87	0.928	10.4466	0.288
2.18-2.251	0.281	24	0.306	526	0.305	3701	0.95	0.928	14.8608	0.28
2.251-2.33	0.446	32	0.272	669	0.279	3626	0.844	0.948	19.3326	0.247
2.33-2.418	0.316	50	0.272	833	0.275	3458	0.93	0.949	25.535	0.243
2.418-2.517	0.382	56	0.273	1154	0.278	3342	0.908	0.947	36.2059	0.235
2.517-2.629	0.339	80	0.262	1441	0.266	3247	0.927	0.952	46.8432	0.221
2.629-2.757	0.341	88	0.25	1613	0.254	3067	0.926	0.958	55.4614	0.208
2.757-2.906	0.324	89	0.243	1885	0.247	2946	0.924	0.961	67.0061	0.201
2.906-3.082	0.304	105	0.231	2027	0.234	2769	0.949	0.965	76.9953	0.195
3.082-3.295	0.311	108	0.22	2211	0.225	2611	0.934	0.967	88.8165	0.188
3.295-3.558	0.234	134	0.207	2278	0.209	2427	0.967	0.973	99.382	0.185
3.558-3.898	0.253	97	0.174	2129	0.177	2244	0.96	0.982	99.1979	0.165
3.898-4.357	0.269	91	0.154	1945	0.159	2052	0.957	0.985	99.2203	0.154
4.357-5.029	0.235	104	0.132	1681	0.138	1798	0.97	0.989	99.277	0.148
5.029-6.155	0.237	78	0.161	1449	0.165	1542	0.974	0.985	99.0272	0.18
6.155-8.687	0.305	62	0.165	1137	0.172	1218	0.956	0.983	98.4401	0.196
8.687-97.289	0.195	30	0.169	650	0.171	695	0.979	0.976	97.8417	0.271

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