PDB-9b96: Crystal structure of the human PAD2 protein bound to inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9b96

タイトル

Crystal structure of the human PAD2 protein bound to inhibitor

要素

Protein-arginine deiminase type-2

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase activity / Chromatin modifying enzymes / estrogen receptor signaling pathway / substantia nigra development / transcription initiation-coupled chromatin remodeling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Byrnes, L.J. / Vajdos, F.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Discovery, Characterization, and Structure of a Cell Active PAD2 Inhibitor Acting through a Novel Allosteric Mechanism.
著者: Byrnes, L.J. / Choi, W.Y. / Balbo, P. / Banker, M.E. / Chang, J. / Chen, S. / Cheng, X. / Cong, Y. / Culp, J. / Di, H. / Griffor, M. / Hall, J. / Meng, X. / Morgan, B. / Mousseau, J.J. / ...

履歴

登録	2024年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9b96.cif.gz	166.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9b96.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9b96.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9b96_validation.pdf.gz	799.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9b96_full_validation.pdf.gz	809.8 KB	表示
XML形式データ	9b96_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	9b96_validation.cif.gz	48.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/9b96 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/9b96	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9b97C 9b98C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

79.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
160 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	202.260, 50.730, 75.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.077, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protein-arginine deiminase type-2 / PAD-H19 / Peptidylarginine deiminase II / Protein-arginine deiminase type II 分子量: 78673.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI2, KIAA0994, PAD2, PDI2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y2J8, protein-arginine deiminase
#2: 化合物	ChemComp-A1AJA / 1-({(2P)-1-{(1R)-1-(2-bromophenyl)-3-[5-(methanesulfonamido)-2-methylanilino]-3-oxopropyl}-2-[3-(4-chlorophenoxy)phenyl]-1H-1,3-benzimidazol-6-yl}methyl)-N-methyl-D-prolinamide 分子量: 870.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₃H₄₂BrClN₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.29 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Magnesium acetate, 50mM MES pH5.5, 9-16% 2-methyl 2, 4-pentane diol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→97.659 Å / Num. obs: 61124 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 1.64→1.801 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.864 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3056 / CC_1/2: 0.514 / R_pim(I) all: 0.555 / % possible all: 75.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.64→97.649 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 2.58 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.125 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2114	2970	4.859 %
R_work	0.1721	58153	-
all	0.174	-	-
obs	-	61123	67.133 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.335 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	-0 Å²	-0.016 Å²
2-	-	0.039 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.009 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→97.649 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5038	0	69	471	5578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	5286
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4856
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.461	1.635	7149
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.514	1.567	11330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.563	5	642
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	17.361	10	31
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.62	10	909
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.588	10	231
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	782
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6124
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	868
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	4591
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	2498
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	2857
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.227	0.2	455
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.319	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.17	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.227	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.129	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.597	2.604	2552
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.597	2.602	2550
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.976	3.877	3181
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.976	3.879	3182
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.578	3.092	2734
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.577	3.093	2735
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.567	4.441	3963
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.566	4.442	3964
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.109	44.099	5900
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.014	42.009	5755

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.64-1.682	0.282	8	0.298	214	0.298	6713	0.941	0.949	3.307	0.288
1.682-1.729	0.373	32	0.317	851	0.319	6500	0.923	0.937	13.5846	0.307
1.729-1.779	0.328	67	0.298	1234	0.299	6324	0.932	0.941	20.5724	0.284
1.779-1.833	0.28	96	0.27	1664	0.27	6157	0.954	0.954	28.5854	0.244
1.833-1.894	0.267	125	0.248	2308	0.249	6000	0.957	0.961	40.55	0.213
1.894-1.96	0.269	162	0.243	3209	0.244	5769	0.947	0.961	58.433	0.205
1.96-2.034	0.258	233	0.234	4076	0.236	5580	0.956	0.963	77.2222	0.187
2.034-2.117	0.255	223	0.219	4539	0.221	5422	0.955	0.967	87.8274	0.178
2.117-2.211	0.238	232	0.207	4657	0.209	5141	0.963	0.971	95.0982	0.168
2.211-2.319	0.225	253	0.189	4651	0.191	4922	0.967	0.978	99.6343	0.154
2.319-2.444	0.212	234	0.18	4446	0.181	4689	0.974	0.98	99.8081	0.148
2.444-2.592	0.234	217	0.167	4231	0.17	4468	0.967	0.983	99.5524	0.139
2.592-2.771	0.221	199	0.165	3953	0.167	4171	0.971	0.984	99.5445	0.141
2.771-2.993	0.193	190	0.157	3698	0.159	3919	0.977	0.985	99.209	0.141
2.993-3.278	0.183	159	0.16	3419	0.161	3599	0.979	0.985	99.4165	0.15
3.278-3.665	0.202	177	0.158	3054	0.16	3263	0.975	0.986	99.0193	0.157
3.665-4.231	0.173	125	0.141	2742	0.142	2910	0.983	0.988	98.5223	0.148
4.231-5.179	0.157	103	0.125	2339	0.126	2458	0.988	0.991	99.3491	0.14
5.179-7.314	0.23	80	0.176	1837	0.178	1937	0.968	0.985	98.9675	0.195
7.314-97.649	0.232	55	0.179	1031	0.182	1106	0.946	0.971	98.1917	0.226

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