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- PDB-9b8u: Crystal structure of CRX-Ret4 oligonucleotide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b8u
タイトルCrystal structure of CRX-Ret4 oligonucleotide complex
要素
  • Cone-rod homeobox protein
  • DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*GP*CP*TP*CP*CP*TP*G)-3')
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Homeodomain / Transcription factor / vision / rhodopsin promoter / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


leucine zipper domain binding / DNA-binding transcription activator activity / visual perception / animal organ morphogenesis / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / nervous system development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific ...leucine zipper domain binding / DNA-binding transcription activator activity / visual perception / animal organ morphogenesis / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / nervous system development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor Otx, C-terminal / Otx1 transcription factor / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / : / DNA / DNA (> 10) / Cone-rod homeobox protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Srivastava, D. / Artemyev, N.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)1R01EY034455-01 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Molecular basis of CRX/DNA recognition and stoichiometry at the Ret4 response element.
著者: Srivastava, D. / Gowribidanur-Chinnaswamy, P. / Gaur, P. / Spies, M. / Swaroop, A. / Artemyev, N.O.
履歴
登録2024年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cone-rod homeobox protein
B: Cone-rod homeobox protein
C: Cone-rod homeobox protein
D: Cone-rod homeobox protein
E: DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*GP*CP*TP*CP*CP*TP*G)-3')
G: DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*G)-3')
H: DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*GP*CP*TP*CP*CP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,74320
ポリマ－64,8198
非ポリマー92412
水99155
1
A: Cone-rod homeobox protein
B: Cone-rod homeobox protein
E: DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*GP*CP*TP*CP*CP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,06411
ポリマ－32,4094
非ポリマー6557
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6430 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area14450 Å2
手法PISA
2
C: Cone-rod homeobox protein
D: Cone-rod homeobox protein
G: DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*G)-3')
H: DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*GP*CP*TP*CP*CP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6799
ポリマ－32,4094
非ポリマー2695
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area14320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.597, 75.494, 97.229
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.248, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Cone-rod homeobox protein


分子量: 9780.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRX, CORD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43186

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DNA鎖 , 2種, 4分子 EGFH

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*G)-3')


分子量: 6618.272 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*GP*CP*TP*CP*CP*TP*G)-3')


分子量: 6231.013 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 6種, 67分子

#4: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 80 mM KCl, 40 mM cacodylate pH 6.0, 55% MPD, 12 mM Spermine tetrahydrochloride
PH範囲: 6.o-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→57.4 Å / Num. obs: 15350 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 75.18 Å2 / CC1/2: 0.952 / Rmerge(I) obs: 0.265 / Rpim(I) all: 0.112 / Rrim(I) all: 0.289 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.9→3.12 Å / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.976 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 2466 / CC1/2: 0.869 / Rpim(I) all: 0.389 / Rrim(I) all: 1.051 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→54.67 Å / SU ML: 0.4646 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.0951
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2492 746 9.98 %
Rwork0.2492 13733 -
obs0.253 15256 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 72.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→54.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2136 1640 47 55 3878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00344048
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56295786
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0309630
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038467
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.74141731
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.990.40571260.30821214X-RAY DIFFRACTION98.31
2.99-3.10.32861370.30111238X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.220.34471470.27431254X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.370.33321410.22871239X-RAY DIFFRACTION99.64
3.37-3.550.28711370.22851249X-RAY DIFFRACTION100
3.55-3.770.30551310.24631248X-RAY DIFFRACTION99.86
3.77-4.060.3111380.23781258X-RAY DIFFRACTION99.36
4.06-4.470.28381410.22671231X-RAY DIFFRACTION98.42
4.47-5.120.25241440.24441274X-RAY DIFFRACTION99.93
5.12-6.440.3041350.2711245X-RAY DIFFRACTION99.42
6.45-54.670.2421460.251283X-RAY DIFFRACTION98.96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.4241604531 Å / Origin y: -35.6416699061 Å / Origin z: -23.7659494485 Å
111213212223313233
T0.489691423062 Å2-0.00753694524377 Å20.00632530259153 Å2-0.429607318501 Å20.0073257296278 Å2--0.455230669317 Å2
L0.428165027483 °2-0.507842901199 °2-0.427500081088 °2-0.0278944741128 °20.807404488457 °2--0.594402437163 °2
S0.0232280040758 Å °0.0512730103587 Å °-0.0720269657922 Å °-0.0329903186479 Å °-0.0796449827691 Å °0.0109379613143 Å °-0.0761516851597 Å °-0.0783682363149 Å °-0.00141920902511 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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