[日本語] English
万見
- PDB-9b8j: GP38-GnH-DS-Gc in the pre-fusion conformation -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b8j
タイトルGP38-GnH-DS-Gc in the pre-fusion conformation
要素
  • (Glycoprotein ...) x 2
  • ADI-36125 heavy chain
  • ADI-36125 light chain
  • ADI-46152 heavy chain
  • ADI-46152 light chain
  • GP38
キーワードVIRAL PROTEIN / GP38 / Gn / Gc / CCHFV / pre-fusion / heterotrimer / GP38-Gn-Gc / Gn-Gc / GP38/Gn/Gc / Gn/Gc / GP38-Gn / GP38/Gn
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Nairovirus M polyprotein-like / : / : / : / : / Nairovirus GP38 / Nairovirus, structural glycoprotein Gn / Nairovirus, mucin-like domain / Nairovirus NSm / Hantavirus glycoprotein Gc ...Nairovirus M polyprotein-like / : / : / : / : / Nairovirus GP38 / Nairovirus, structural glycoprotein Gn / Nairovirus, mucin-like domain / Nairovirus NSm / Hantavirus glycoprotein Gc / : / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain IbAr10200 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者McFadden, E. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI152246 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI142777 米国
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Engineering and structures of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus glycoprotein complexes.
著者: Elizabeth McFadden / Stephanie R Monticelli / Albert Wang / Ajit R Ramamohan / Thomas G Batchelor / Ana I Kuehne / Russell R Bakken / Alexandra L Tse / Kartik Chandran / Andrew S Herbert / Jason S McLellan /
要旨: Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV) is a tickborne virus that can cause severe disease in humans with case fatality rates of 10%-40%. Although structures of CCHFV glycoproteins GP38 and Gc ...Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV) is a tickborne virus that can cause severe disease in humans with case fatality rates of 10%-40%. Although structures of CCHFV glycoproteins GP38 and Gc have provided insights into viral entry and defined epitopes of neutralizing and protective antibodies, the structure of glycoprotein Gn and its interactions with GP38 and Gc have remained elusive. Here, we use structure-guided protein engineering to produce a stabilized GP38-Gn-Gc heterotrimeric glycoprotein complex (GP38-Gn-Gc). A cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of this complex provides the molecular basis for GP38's association on the viral surface, reveals the structure of Gn, and demonstrates that GP38-Gn restrains the Gc fusion loops in the prefusion conformation, facilitated by an N-linked glycan attached to Gn. Immunization with GP38-Gn-Gc conferred 40% protection against lethal IbAr10200 challenge in mice. These data define the architecture of a GP38-Gn-Gc protomer and provide a template for structure-guided vaccine antigen development.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Engineering, structure, and immunogenicity of a Crimean-Congo hemorrhagic fever virus pre-fusion heterotrimeric glycoprotein complex.
著者: Elizabeth McFadden / Stephanie R Monticelli / Albert Wang / Ajit R Ramamohan / Thomas G Batchelor / Ana I Kuehne / Russell R Bakken / Alexandra L Tse / Kartik Chandran / Andrew S Herbert / Jason S McLellan /
要旨: Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV) is a tick-borne virus that can cause severe disease in humans with case fatality rates of 10-40%. Although structures of CCHFV glycoproteins GP38 and Gc ...Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV) is a tick-borne virus that can cause severe disease in humans with case fatality rates of 10-40%. Although structures of CCHFV glycoproteins GP38 and Gc have provided insights into viral entry and defined epitopes of neutralizing and protective antibodies, the structure of glycoprotein Gn and its interactions with GP38 and Gc have remained elusive. Here, we used structure-guided protein engineering to produce a stabilized GP38-Gn-Gc heterotrimeric glycoprotein complex (GP38-Gn-Gc). A cryo-EM structure of this complex provides the molecular basis for GP38's association on the viral surface, reveals the structure of Gn, and demonstrates that GP38-Gn restrains the Gc fusion loops in the prefusion conformation, facilitated by an N-linked glycan attached to Gn. Immunization with GP38-Gn-Gc conferred 40% protection against lethal IbAr10200 challenge in mice. These data define the architecture of a GP38-Gn-Gc protomer and provide a template for structure-guided vaccine antigen development.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2024年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年2月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GP38
B: Glycoprotein N
D: Glycoprotein C
E: ADI-46152 heavy chain
F: ADI-46152 light chain
H: ADI-36125 heavy chain
L: ADI-36125 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,25310
ポリマ－255,8597
非ポリマー1,3943
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 GP38


分子量: 30216.844 Da / 分子数: 1 / 変異: Q496C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain IbAr10200 (ウイルス)
株: IbAr10200 / 遺伝子: GP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8JSZ3

-
Glycoprotein ... , 2種, 2分子 BD

#2: タンパク質 Glycoprotein N / M polyprotein


分子量: 10426.316 Da / 分子数: 1 / 変異: R516S, V562C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain IbAr10200 (ウイルス)
株: IbAr10200 / 遺伝子: GP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8JSZ3
#3: タンパク質 Glycoprotein C / Gc / 75 kDa protein / Glycoprotein G1


分子量: 59474.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain IbAr10200 (ウイルス)
株: IbAr10200 / 遺伝子: GP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8JSZ3

-
抗体 , 4種, 4分子 EFHL

#4: 抗体 ADI-46152 heavy chain


分子量: 52562.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 ADI-46152 light chain


分子量: 25709.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 抗体 ADI-36125 heavy chain


分子量: 51377.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#7: 抗体 ADI-36125 light chain


分子量: 26091.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 3分子

#8: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: GP38-GnH-DS-Gc in complex with ADI-46152 and ADI-36125 Fabs
タイプ: COMPLEX
詳細: Fab fragment generated by HRV3C cleavage of IgG, GP38-GnH-DS-Gc in a single chain polypeptide
Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Orthonairovirus haemorrhagiae (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 69 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 728031 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る