PDB-9b8e: Structure of S-nitrosylated Legionella pneumophila Ceg10.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9b8e

タイトル

Structure of S-nitrosylated Legionella pneumophila Ceg10.

要素

Ceg10

キーワード

HYDROLASE / Bacterial / effector / pathogen

機能・相同性

ACETATE ION / Type IV secretion protein Dot

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Tomchick, D.R. / Heisler, D.B. / Alto, N.M.

資金援助

米国, 6件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	1R35GM137978-01	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	1R21AI169558-01A1	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI083359	米国
Robert A. Welch Foundation	I-1704	米国
Burroughs Wellcome Fund	1011019	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	T32 AI007520	米国

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2024
タイトル: Exploiting bacterial effector proteins to uncover evolutionarily conserved antiviral host machinery.
著者: Embry, A. / Baggett, N.S. / Heisler, D.B. / White, A. / de Jong, M.F. / Kocsis, B.L. / Tomchick, D.R. / Alto, N.M. / Gammon, D.B.

履歴

登録	2024年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9b8e.cif.gz	346 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9b8e.ent.gz	234.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9b8e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9b8e_validation.pdf.gz	461 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9b8e_full_validation.pdf.gz	463.6 KB	表示
XML形式データ	9b8e_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	9b8e_validation.cif.gz	31.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/9b8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/9b8e	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9b8dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ceg10

B: Ceg10

ヘテロ分子

54.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Ceg10

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ceg10

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	103.416, 115.836, 40.878
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Ceg10 分子量: 26837.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cys159 is nitrosylated. 由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: C3927_00720 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AA44XLE0

-
非ポリマー , 5種, 355分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.1 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG 1,000, 0.1 M Tris, 25% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97911 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97911 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 97458 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.9 % / B_iso Wilson estimate: 13.24 Å² / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.061 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 8.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.4-1.42	8.4	0.887	4828	0.776	0.935	0.319	0.944	0.942	99.9
1.42-1.45	8.5	0.719	4817	0.832	0.953	0.258	0.765	0.944	99.9
1.45-1.48	8.6	0.599	4804	0.868	0.964	0.213	0.637	0.947	99.9
1.48-1.51	8.7	0.467	4821	0.916	0.978	0.165	0.496	0.988	99.7
1.51-1.54	8.2	0.4	4795	0.934	0.983	0.146	0.427	0.979	99.8
1.54-1.58	8.8	0.336	4836	0.958	0.989	0.118	0.357	0.979	99.9
1.58-1.62	9.3	0.301	4815	0.967	0.991	0.103	0.319	1	99.9
1.62-1.66	9.2	0.253	4836	0.978	0.994	0.086	0.267	1.001	100
1.66-1.71	9.1	0.21	4868	0.982	0.995	0.073	0.223	1.002	100
1.71-1.76	8.9	0.174	4804	0.987	0.997	0.061	0.185	1.016	99.8
1.76-1.83	8.3	0.136	4819	0.99	0.997	0.05	0.146	0.985	99.7
1.83-1.9	9.1	0.112	4846	0.994	0.998	0.039	0.119	1.016	99.8
1.9-1.99	9.4	0.091	4886	0.996	0.999	0.031	0.096	0.991	100
1.99-2.09	9.3	0.074	4857	0.997	0.999	0.025	0.078	0.971	99.9
2.09-2.22	9.1	0.06	4903	0.997	0.999	0.021	0.064	0.973	99.8
2.22-2.39	8.5	0.052	4871	0.997	0.999	0.019	0.055	0.968	99.5
2.39-2.63	9.5	0.045	4926	0.998	1	0.015	0.047	0.92	100
2.63-3.02	9.3	0.04	4943	0.999	1	0.014	0.043	0.912	100
3.02-3.8	8.7	0.035	4969	0.999	1	0.012	0.037	0.943	99.3
3.8-50	8.8	0.033	5214	0.999	1	0.011	0.035	0.925	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→47.22 Å / SU ML: 0.1426 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.9588
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1836	2000	2.11 %
R_work	0.1645	92912	-
obs	0.1649	94912	97.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→47.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3639	0	34	345	4018

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0077	3830
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9066	5187
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0715	579
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0097	673
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8741	1423

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.43	0.287	104	0.2688	4839	X-RAY DIFFRACTION	71.75
1.43-1.47	0.24	135	0.2222	6271	X-RAY DIFFRACTION	93.15
1.47-1.52	0.2162	143	0.1898	6656	X-RAY DIFFRACTION	98.35
1.52-1.57	0.2285	145	0.1826	6733	X-RAY DIFFRACTION	99.54
1.57-1.62	0.1999	145	0.1659	6731	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.62-1.69	0.1874	146	0.169	6753	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.69-1.76	0.19	145	0.176	6755	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.76-1.86	0.2098	146	0.1642	6775	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.86-1.97	0.1653	147	0.1548	6806	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.97-2.13	0.1781	145	0.1491	6794	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.13-2.34	0.1738	147	0.1452	6805	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.34-2.68	0.1672	149	0.1482	6893	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.68-3.37	0.169	148	0.1641	6919	X-RAY DIFFRACTION	99.52
3.37-47.22	0.1813	155	0.168	7182	X-RAY DIFFRACTION	99.43

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.23482273781	-0.394864911072	-0.773054113565	1.36735459008	0.766420225875	2.78622114749	-0.0114989420601	0.176348290101	0.0302225822425	-0.0417885840298	-0.0138054372068	0.0501470097069	0.0140935666132	-0.168799282393	0.0262523664736	0.0474015272977	-0.0447778872993	-0.00132546069779	0.0737014094533	0.0135654876949	0.0699975330211	-19.7114644328	29.0197329337	-7.75790154505
2	8.03220519044	3.70539353281	-0.0517904951481	3.24283003794	0.789379412155	2.02833383962	0.106194362763	-0.237818537102	0.636769307864	0.0732182859119	-0.0272460285279	0.215062108489	-0.251372388921	-0.00166511253563	-0.0564175809025	0.15569422424	0.00163576622542	0.0184992630101	0.0745843289405	-0.016384569648	0.106725889709	-14.8491755139	43.5683707699	10.7361684381
3	2.91473029152	0.257026758648	-0.724731716597	1.30220258853	0.191404442168	1.63616036819	0.0564656754612	-0.0353165541129	-0.0145509720997	0.0907614253233	0.012261201523	-0.0671744154786	-0.0491792263118	0.105954452136	-0.0546790205778	0.067829185658	-0.0173516362302	-0.00854832526095	0.0717616695519	0.001348244402	0.0658849906557	-8.58381593513	35.1068672042	4.40901826546
4	3.40906327461	0.791442278389	0.347838287883	0.89903267804	0.358722525911	3.02922404522	0.0114596929574	0.119974153407	-0.00563167217147	-0.0378664012509	0.0750139555995	-0.116452518061	-0.0798352428477	0.132431484887	-0.0656985863285	0.0694174553555	-0.0184548205244	0.00576980686627	0.0692879528551	-0.00776273244001	0.06876067504	-8.94874553212	33.2019926025	-8.03018529216
5	8.74042586618	-0.787396626629	-4.26238870534	7.30457437999	-0.294169939274	8.66835104133	0.0418522139789	0.123657616798	0.359114533709	-0.150942452093	0.0274505306027	-0.406834933243	-0.327151262891	0.194608123166	-0.080900538108	0.129408081787	-0.0266420419806	-0.00563671501878	0.113915642232	0.00864261514129	0.0604184837605	-11.4315593806	35.6510867797	-20.452607022
6	5.7220865548	0.474033891501	3.44831260478	3.28865047104	0.0470076576779	4.24692803841	-0.12433487321	0.426550641674	0.609963180427	-0.160944425029	-0.0716460834312	0.179768477216	-0.486826475465	0.0117887346519	0.21307312406	0.150741671903	0.0195573776096	0.0363543033294	0.125608017173	0.0328291505767	0.111065308489	-12.622596749	42.8715722511	-10.8600490245
7	8.31976887629	0.873989221911	1.29733280548	4.17708279753	0.163814994445	7.53792538379	-0.170992826246	0.581720941228	0.385588229983	-0.201167589584	0.123055226613	0.0246744024788	-0.458243950798	0.334699011256	0.0110791674644	0.131301777365	-0.101052811577	0.00632960213825	0.209879925977	0.0203698202643	0.170554648508	4.2167323941	43.7298516563	-4.01956884092
8	3.31452764944	4.19079033276	0.79701796785	7.27471375376	1.33452046234	1.81908159311	0.302241255029	-0.452437108606	-0.594038077106	0.487500701853	0.0149326329402	0.219507376414	0.318979993817	-0.262553971481	-0.293596309273	0.191583233775	-0.0169019763335	-0.0703960351736	0.33355666087	0.0868875733421	0.419056055887	-0.917624025768	28.4074297072	7.46710521218
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18	2.73146930248	1.66252863371	-0.206822415545	7.66538926146	4.69044886225	4.20715349011	-0.0534645874239	0.695989990452	-0.240696243583	0.0904449214884	0.589941360423	-1.25286540201	0.140918317922	0.357091477534	-0.481752812517	0.446710956074	0.0362020016643	0.187112277485	0.356959503014	-0.0293527358784	0.433439538547	-11.0735720132	9.44860235091	-14.8774911178

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 57 through 115 )	A	A	57 - 115	1 - 59
2	2	chain 'A' and (resid 116 through 139 )	A	A	116 - 139	60 - 83
3	3	chain 'A' and (resid 140 through 175 )	A	A	140 - 175	84 - 119
4	4	chain 'A' and (resid 176 through 212 )	A	A	176 - 212	120 - 156
5	5	chain 'A' and (resid 213 through 225 )	A	A	213 - 225	157 - 169
6	6	chain 'A' and (resid 226 through 238 )	A	A	226 - 238	170 - 182
7	7	chain 'A' and (resid 239 through 264 )	A	A	239 - 264	183 - 202
8	8	chain 'A' and (resid 265 through 284 )	A	A	265 - 284	203 - 222
9	9	chain 'B' and (resid 57 through 86 )	B	G	57 - 86	1 - 30
10	10	chain 'B' and (resid 87 through 105 )	B	G	87 - 105	31 - 49
11	11	chain 'B' and (resid 106 through 115 )	B	G	106 - 115	50 - 59
12	12	chain 'B' and (resid 116 through 158 )	B	G	116 - 158	60 - 102
13	13	chain 'B' and (resid 159 through 212 )	B	G	159 - 212	103 - 156
14	14	chain 'B' and (resid 213 through 225 )	B	G	213 - 225	157 - 169
15	15	chain 'B' and (resid 226 through 238 )	B	G	226 - 238	170 - 182
16	16	chain 'B' and (resid 239 through 258 )	B	G	239 - 258	183 - 199
17	17	chain 'B' and (resid 259 through 272 )	B	G	259 - 272	200 - 213
18	18	chain 'B' and (resid 273 through 284 )	B	G	273 - 284	214 - 225

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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