PDB-9b8d: Structure of Legionella pneumophila Ceg10

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9b8d

タイトル

Structure of Legionella pneumophila Ceg10

要素

Ceg10

キーワード

HYDROLASE / Bacterial / Effector / Pathogen

機能・相同性

PHOSPHATE ION / Type IV secretion protein Dot

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Tomchick, D.R. / Heisler, D.B. / Alto, N.M.

資金援助

米国, 6件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	1R35GM137978-0	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	1R21AI169558-01	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI083359	米国
Robert A. Welch Foundation	I-1704	米国
Burroughs Wellcome Fund	1011019	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	T32 AI007520	米国

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2024
タイトル: Exploiting bacterial effector proteins to uncover evolutionarily conserved antiviral host machinery.
著者: Embry, A. / Baggett, N.S. / Heisler, D.B. / White, A. / de Jong, M.F. / Kocsis, B.L. / Tomchick, D.R. / Alto, N.M. / Gammon, D.B.

履歴

登録	2024年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9b8d.cif.gz	172.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9b8d.ent.gz	113.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9b8d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/9b8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/9b8d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9b8eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ceg10

ヘテロ分子

27.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.947, 112.322, 55.189
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Ceg10 分子量: 26808.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: C3927_00720 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AA44XLE0
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.49 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 1.5 M sodium phosphate monobasic, 0.5 M potassium phosphate dibasic, 10 mM sodium phosphate dibasic/citrate, 25% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97911 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月4日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97911 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.71→50 Å / Num. obs: 28293 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 12.71 Å² / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.058 / Χ²: 0.919 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 180331

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.71-1.74	4.1	0.582	906	0.742	0.923	0.283	0.653	0.941	62.6
1.74-1.77	4.5	0.547	1291	0.851	0.959	0.255	0.607	0.864	87.5
1.77-1.81	4.7	0.517	1283	0.906	0.975	0.241	0.574	0.87	90.2
1.81-1.84	5	0.383	1353	0.957	0.989	0.173	0.423	0.922	93.1
1.84-1.88	5.2	0.386	1385	0.959	0.989	0.171	0.424	0.864	95.8
1.88-1.93	5.6	0.319	1439	0.972	0.993	0.14	0.35	0.994	97
1.93-1.97	5.4	0.255	1413	0.983	0.996	0.113	0.28	0.904	98.8
1.97-2.03	6.1	0.22	1451	0.989	0.997	0.093	0.239	0.916	99
2.03-2.09	6.7	0.182	1446	0.995	0.999	0.074	0.197	1.015	99.2
2.09-2.15	7	0.153	1456	0.997	0.999	0.061	0.164	0.885	99.7
2.15-2.23	7.1	0.116	1440	0.997	0.999	0.046	0.125	0.895	99.9
2.23-2.32	7.1	0.114	1473	0.997	0.999	0.046	0.123	1.041	99.9
2.32-2.43	6.7	0.084	1468	0.997	0.999	0.034	0.091	0.92	99.7
2.43-2.55	7.5	0.078	1467	0.997	0.999	0.03	0.084	0.885	100
2.55-2.71	7.5	0.065	1468	0.997	0.999	0.026	0.07	0.893	100
2.71-2.92	7.4	0.056	1484	0.997	0.999	0.022	0.061	0.9	100
2.92-3.22	6.9	0.047	1490	0.997	0.999	0.019	0.051	0.925	99.8
3.22-3.68	7.6	0.041	1477	0.998	1	0.016	0.044	0.978	99.9
3.68-4.64	6.9	0.038	1511	0.998	1	0.016	0.041	0.899	99.9
4.64-50	7	0.039	1592	0.997	0.999	0.016	0.042	0.849	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.72→42.92 Å / SU ML: 0.1951 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.3114
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2542	1991	8.75 %
R_work	0.2198	20761	-
obs	0.2228	22752	79.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→42.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1789	0	21	70	1880

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0066	1871
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7608	2534
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0415	283
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0069	327
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.4211	690

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.72-1.76	0.2779	69	0.243	722	X-RAY DIFFRACTION	39.31
1.76-1.81	0.2933	81	0.225	844	X-RAY DIFFRACTION	45.95
1.81-1.86	0.2755	94	0.2232	984	X-RAY DIFFRACTION	52.71
1.86-1.92	0.277	105	0.2285	1090	X-RAY DIFFRACTION	59.1
1.92-1.99	0.2519	114	0.2264	1197	X-RAY DIFFRACTION	64.87
1.99-2.07	0.236	130	0.2332	1353	X-RAY DIFFRACTION	72.98
2.07-2.17	0.2893	147	0.2332	1531	X-RAY DIFFRACTION	82.54
2.17-2.28	0.2589	161	0.2357	1675	X-RAY DIFFRACTION	89.6
2.28-2.42	0.279	174	0.2397	1818	X-RAY DIFFRACTION	97.03
2.42-2.61	0.2588	180	0.2322	1874	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.61-2.87	0.2619	179	0.241	1871	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.29	0.276	182	0.2308	1896	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.29-4.14	0.2404	184	0.1969	1910	X-RAY DIFFRACTION	99.95
4.15-42.92	0.2168	191	0.1903	1996	X-RAY DIFFRACTION	99.73

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.826591656027	0.798508885408	0.608783425765	1.2684469274	0.215730890666	0.728126385027	0.0157599740417	0.142056933955	-0.0354257404659	-0.35714209814	0.0391181010943	-0.44399310089	0.219000482655	0.369540445007	-0.125206023985	0.343578519337	0.152172799984	0.147866977894	0.47097024976	-0.0797278348506	0.433073815405	35.5944073761	18.7616934444	3.17168025119
2	0.689413457173	-0.228044684	-0.0977328789307	0.836791075056	-0.578734635929	1.50311096642	0.0767942718623	0.0101344304085	-0.0120703161535	-0.0799902606689	0.0776166985112	-0.010911455913	0.149713346637	0.00894237378742	0.130471413781	0.018542730008	0.0220594799183	-0.0139686317364	0.0747273848708	0.0046967606792	0.0529669367397	21.9182146616	23.3511488838	16.0472696261
3	0.716970717939	0.131543426035	-0.429841323131	2.57264057175	0.17676013998	1.8601910395	0.0233226758848	0.12272914334	-0.198017985584	-0.334527837037	0.0407328657614	-0.244260780882	0.638206934328	0.122190164341	-0.044533200927	0.327541434407	0.0716801177641	-0.0308794991785	0.0800730824306	-0.0127784305174	0.082609156643	25.1787245151	12.0600023182	9.78689136446
4	0.880848294295	0.154183077452	-0.537088995558	2.36189626868	-1.9314380583	2.71533783688	-0.0789904821073	0.103733407925	-0.127772102516	-0.399295083657	0.1581287292	0.151380419379	0.580067085342	-0.197550412378	-0.0868670289682	0.535640702779	-0.0260411922937	-0.041995701025	0.137352086413	0.00788603201731	0.134825740196	19.7686073578	5.18481568281	18.3754154071
5	1.99128330156	-0.852908918022	-1.24782438204	6.59125701353	-3.36356330188	4.15057282835	-0.101708484213	-0.231603681517	-0.169264189391	0.20882917759	-0.065961979711	-0.1271865127	0.0605088097607	0.185398910761	0.191914985006	0.463298513506	-0.098823892187	-0.0707855552111	0.202943372244	0.0694105343049	0.178197702182	16.5582099986	5.10654131609	25.7554135606
6	0.0956029831504	-0.000104430371338	-0.0612936832093	0.526301709479	-0.293630045418	0.251099327409	0.0389030602387	-0.0674414133559	0.0266485008312	-0.108517058957	0.0219873289763	0.280104652001	0.0334901349837	-0.477770558476	-0.132726917217	0.205253391257	0.00949366750006	-0.102032053459	0.544672299988	0.0928697584167	0.329380455686	7.68056585798	20.2607136081	14.1372269573

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 58 through 86 )	58 - 86	1 - 29
2	2	chain 'A' and (resid 87 through 158 )	87 - 158	30 - 101
3	3	chain 'A' and (resid 159 through 231 )	159 - 231	102 - 174
4	4	chain 'A' and (resid 232 through 246 )	232 - 246	175 - 189
5	5	chain 'A' and (resid 247 through 264 )	247 - 264	190 - 201
6	6	chain 'A' and (resid 265 through 283 )	265 - 283	202 - 220

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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