PDB-9b86: FetB apo from Porphyromonas gingivalis without heme group

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9b86

タイトル

FetB apo from Porphyromonas gingivalis without heme group

要素

Heme-binding protein FetB

キーワード

OXYGEN STORAGE / FetB / heme / metal binding / apo

機能・相同性

Anaerobic cobalt chelatase / Cobalt chelatase (CbiK) / sirohydrochlorin cobaltochelatase activity / anaerobic cobalamin biosynthetic process / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / metal ion binding / Heme-binding protein FetB

機能・相同性情報

生物種

Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Ataide, S.F. / Kwan, A. / Phonok, Y. / Gao, J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: FetB apo from Porphyromonas gingivalis without heme group
著者: Ataide, S.F. / Kwan, A. / Phonok, Y. / Gao, J.

履歴

登録	2024年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9b86.cif.gz	70.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9b86.ent.gz	49.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9b86.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/9b86 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/9b86	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Heme-binding protein FetB

ヘテロ分子

33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.631, 49.817, 98.912
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Heme-binding protein FetB 分子量: 32754.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) 遺伝子: fetB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RMI6
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.75 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 150 mM MgCl2 24% PEG4000 Bis-Tris pH 6.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.94644 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.94644 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→48.63 Å / Num. obs: 32713 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	解像度: 1.6→3.44 Å / Num. unique obs: 32654 / CC_1/2: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→34.8 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2254	1593	4.88 %
R_work	0.2024	-	-
obs	0.2036	32648	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→34.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2050	0	11	181	2242

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2093
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.889	2825
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.195	282
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	316
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	362

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.65	0.2992	135	0.2728	2740	X-RAY DIFFRACTION	98
1.65-1.71	0.303	153	0.2727	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.77	0.318	146	0.2796	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.86	0.306	133	0.2491	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.95	0.2914	148	0.2311	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.08	0.2487	123	0.2262	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.24	0.2602	139	0.2174	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.46	0.2434	137	0.2111	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.82	0.2377	152	0.2121	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.55	0.2321	160	0.1887	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-34.8	0.1728	167	0.1715	2995	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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