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万見
- PDB-9b7a: Crystal structure of peroxiredoxin 1 with RA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b7a
タイトルCrystal structure of peroxiredoxin 1 with RA
要素Peroxiredoxin-1
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte activation / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / natural killer cell activation / erythrocyte homeostasis / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / regulation of stress-activated MAPK cascade / natural killer cell mediated cytotoxicity / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models ...leukocyte activation / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / natural killer cell activation / erythrocyte homeostasis / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / regulation of stress-activated MAPK cascade / natural killer cell mediated cytotoxicity / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / Detoxification of Reactive Oxygen Species / canonical NF-kappaB signal transduction / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / skeletal system development / hydrogen peroxide catabolic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / peroxidase activity / melanosome / fibroblast proliferation / response to oxidative stress / cell population proliferation / cadherin binding / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ROA / Peroxiredoxin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Wu, Y. / Xu, H. / Luo, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82104064 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Inhibited peroxidase activity of peroxiredoxin 1 by palmitic acid exacerbates nonalcoholic steatohepatitis in male mice.
著者: Yin, W. / Xu, H. / Bai, Z. / Wu, Y. / Zhang, Y. / Liu, R. / Wang, Z. / Zhang, B. / Shen, J. / Zhang, H. / Chen, X. / Ma, D. / Shi, X. / Yan, L. / Zhang, C. / Jiang, H. / Chen, K. / Guo, D. / ...著者: Yin, W. / Xu, H. / Bai, Z. / Wu, Y. / Zhang, Y. / Liu, R. / Wang, Z. / Zhang, B. / Shen, J. / Zhang, H. / Chen, X. / Ma, D. / Shi, X. / Yan, L. / Zhang, C. / Jiang, H. / Chen, K. / Guo, D. / Niu, W. / Yin, H. / Zhang, W.J. / Luo, C. / Xie, X.
履歴
登録2024年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxiredoxin-1
B: Peroxiredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0343
ポリマ－38,6742
非ポリマー3601
水7,062392
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.762, 78.573, 82.689
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Peroxiredoxin-1 / Natural killer cell-enhancing factor A / NKEF-A / Proliferation-associated gene protein / PAG / ...Natural killer cell-enhancing factor A / NKEF-A / Proliferation-associated gene protein / PAG / Thioredoxin peroxidase 2 / Thioredoxin-dependent peroxide reductase 2 / Thioredoxin-dependent peroxiredoxin 1


分子量: 19337.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDX1, PAGA, PAGB, TDPX2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q06830, thioredoxin-dependent peroxiredoxin
#2: 化合物 ChemComp-ROA / (2R)-3-(3,4-dihydroxyphenyl)-2-{[(2E)-3-(3,4-dihydroxyphenyl)prop-2-enoyl]oxy}propanoic acid / Rosmarinic acid / 3-(3,4-ジヒドロキシフェニル)プロペン酸(R)-1-カルボキシ-2-(3,4-ジヒドロキシフェニル)エチル


分子量: 360.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H16O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.13 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% v/v Tacsimate pH 7.5, 0.1M MES pH 6.5, and 25% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→43.33 Å / Num. obs: 47617 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 27.75 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 18.64
反射 シェル解像度: 1.713→1.774 Å / Num. unique obs: 4637 / CC1/2: 0.939

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.71→43.33 Å / SU ML: 0.1718 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.7142
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1919 2377 5.01 %
Rwork0.1648 45021 -
obs0.1662 47398 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→43.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2626 0 26 393 3045
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00592719
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80543679
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0614397
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066481
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.16811597
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.71-1.750.26341390.22852585X-RAY DIFFRACTION98.66
1.75-1.790.26851480.21042583X-RAY DIFFRACTION99.71
1.79-1.830.28691550.20162598X-RAY DIFFRACTION99.82
1.83-1.870.20351300.18492637X-RAY DIFFRACTION99.86
1.87-1.920.21321550.18992569X-RAY DIFFRACTION100
1.92-1.980.22681580.1832597X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.040.24121380.1842630X-RAY DIFFRACTION99.93
2.04-2.120.23221360.18032653X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.20.21471370.17552619X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.30.2121360.18652642X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.420.20721240.17682649X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.580.22031290.1752673X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.770.19541480.17532633X-RAY DIFFRACTION100
2.77-3.050.20171260.17232694X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.50.20891210.16512702X-RAY DIFFRACTION100
3.5-4.40.14731540.13642718X-RAY DIFFRACTION100
4.4-43.330.16151430.14712839X-RAY DIFFRACTION99.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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