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- PDB-9b4p: Tetramer Formation of the BCL11A ZF0 Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b4p
タイトルTetramer Formation of the BCL11A ZF0 Domain
要素B-cell lymphoma/leukemia 11A
キーワードTRANSCRIPTION / Sickle cell disease / BCL11A / Tetramerization / hemoglobin / Transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of neuron remodeling / negative regulation of branching morphogenesis of a nerve / transcription regulatory region nucleic acid binding / negative regulation of dendrite extension / negative regulation of protein homooligomerization / negative regulation of collateral sprouting / regulation of dendrite development / negative regulation of dendrite development / negative regulation of axon extension / positive regulation of collateral sprouting ...negative regulation of neuron remodeling / negative regulation of branching morphogenesis of a nerve / transcription regulatory region nucleic acid binding / negative regulation of dendrite extension / negative regulation of protein homooligomerization / negative regulation of collateral sprouting / regulation of dendrite development / negative regulation of dendrite development / negative regulation of axon extension / positive regulation of collateral sprouting / cellular response to L-glutamate / ALK mutants bind TKIs / paraspeckles / SWI/SNF complex / protein sumoylation / transcription coregulator activity / positive regulation of neuron projection development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear matrix / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / negative regulation of neuron projection development / DNA-binding transcription factor binding / postsynapse / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / C2H2 zinc finger / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
B-cell lymphoma/leukemia 11A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Yin, M. / Tenglin, K. / Orkin, S.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: A tetramer of BCL11A is required for stable protein production and fetal hemoglobin silencing.
著者: Zheng, G. / Yin, M. / Mehta, S. / Chu, I.T. / Wang, S. / AlShaye, A. / Drainville, K. / Buyanbat, A. / Bienfait, F. / Tenglin, K. / Zhu, Q. / Orkin, S.H.
履歴
登録2024年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: B-cell lymphoma/leukemia 11A
C: B-cell lymphoma/leukemia 11A
A: B-cell lymphoma/leukemia 11A
D: B-cell lymphoma/leukemia 11A
E: B-cell lymphoma/leukemia 11A
F: B-cell lymphoma/leukemia 11A
G: B-cell lymphoma/leukemia 11A
H: B-cell lymphoma/leukemia 11A
I: B-cell lymphoma/leukemia 11A
J: B-cell lymphoma/leukemia 11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,06320
ポリマ－32,40910
非ポリマー65410
水32418
1
B: B-cell lymphoma/leukemia 11A
C: B-cell lymphoma/leukemia 11A
ヘテロ分子

B: B-cell lymphoma/leukemia 11A
C: B-cell lymphoma/leukemia 11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2258
ポリマ－12,9644
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
手法PISA
2
E: B-cell lymphoma/leukemia 11A
F: B-cell lymphoma/leukemia 11A
ヘテロ分子

A: B-cell lymphoma/leukemia 11A
D: B-cell lymphoma/leukemia 11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2258
ポリマ－12,9644
非ポリマー2624
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445-x-1/2,y-1/2,-z1
手法PISA
3
I: B-cell lymphoma/leukemia 11A
J: B-cell lymphoma/leukemia 11A
ヘテロ分子

G: B-cell lymphoma/leukemia 11A
H: B-cell lymphoma/leukemia 11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2258
ポリマ－12,9644
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556-x+1/2,y+1/2,-z+11
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.404, 58.311, 70.087
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 134.122, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-201-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
B-cell lymphoma/leukemia 11A / BCL-11A / B-cell CLL/lymphoma 11A / COUP-TF-interacting protein 1 / Ecotropic viral integration ...BCL-11A / B-cell CLL/lymphoma 11A / COUP-TF-interacting protein 1 / Ecotropic viral integration site 9 protein homolog / EVI-9 / Zinc finger protein 856


分子量: 3240.883 Da / 分子数: 10 / 断片: ZF0 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL11A, CTIP1, EVI9, KIAA1809, ZNF856 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H165
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.87 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.3
詳細: 0.2M potassium nitrate, 0.1M Tris-HCl pH 7.3, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.558→50.31 Å / Num. obs: 31144 / % possible obs: 97.32 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 64.5 Å2 / CC1/2: 0.985 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1415 / Rpim(I) all: 0.09056 / Rrim(I) all: 0.1686 / Net I/σ(I): 5.28
反射 シェル解像度: 2.558→2.649 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.6798 / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / Num. unique obs: 955 / CC1/2: 0.637 / CC star: 0.882 / Rpim(I) all: 0.4307 / Rrim(I) all: 0.8074 / % possible all: 98.56

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.56→50.31 Å / SU ML: 0.5851 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 44.8783 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2941 767 4.44 %
Rwork0.278 16506 -
obs0.2789 17273 93.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 74.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→50.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2224 0 10 18 2252
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00612254
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02273002
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491339
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059379
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.3327868
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.56-2.750.40191660.4023398X-RAY DIFFRACTION95.75
2.75-3.030.41091060.37623384X-RAY DIFFRACTION94.91
3.03-3.470.46161560.37183317X-RAY DIFFRACTION94.3
3.47-4.370.3471340.2743223X-RAY DIFFRACTION90.83
4.37-50.310.22572050.21243184X-RAY DIFFRACTION91.62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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