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- PDB-9b4l: Filament of Tau in complex with D-TLKIVWI, a D-peptide that disag... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 9b4l
タイトルFilament of Tau in complex with D-TLKIVWI, a D-peptide that disaggregates Alzheimer's Paired Helical Filaments, determined by Cryo-EM
要素
  • DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
  • Microtubule-associated protein tau
キーワードPROTEIN FIBRIL / Alzheimer's disease / Tau / fibril / cryo-EM / helix / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / main axon / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / main axon / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding / negative regulation of tubulin deacetylation / generation of neurons / rRNA metabolic process / axonal transport of mitochondrion / regulation of chromosome organization / regulation of mitochondrial fission / axon development / central nervous system neuron development / intracellular distribution of mitochondria / regulation of microtubule polymerization / microtubule polymerization / lipoprotein particle binding / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / negative regulation of mitochondrial membrane potential / dynactin binding / apolipoprotein binding / axolemma / protein polymerization / glial cell projection / negative regulation of mitochondrial fission / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of axon extension / Activation of AMPK downstream of NMDARs / regulation of cellular response to heat / supramolecular fiber organization / synapse assembly / regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of protein localization / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / regulation of calcium-mediated signaling / cytoplasmic microtubule organization / positive regulation of microtubule polymerization / somatodendritic compartment / axon cytoplasm / stress granule assembly / phosphatidylinositol binding / regulation of microtubule cytoskeleton organization / nuclear periphery / protein phosphatase 2A binding / positive regulation of superoxide anion generation / cellular response to reactive oxygen species / astrocyte activation / Hsp90 protein binding / microglial cell activation / response to lead ion / cellular response to nerve growth factor stimulus / synapse organization / PKR-mediated signaling / protein homooligomerization / regulation of synaptic plasticity / SH3 domain binding / microtubule cytoskeleton organization / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / memory / neuron projection development / cell-cell signaling / single-stranded DNA binding / protein-folding chaperone binding / actin binding / cellular response to heat / microtubule cytoskeleton / cell body / double-stranded DNA binding / growth cone / protein-macromolecule adaptor activity / microtubule binding / dendritic spine / sequence-specific DNA binding / amyloid fibril formation / microtubule / learning or memory / neuron projection / regulation of autophagy / membrane raft / axon / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / dendrite / DNA damage response / protein kinase binding / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EDT / polypeptide(D) / Microtubule-associated protein tau
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hou, K. / Ge, P. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)1R01AG070895 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)RF1AG065407 米国
Department of Energy (DOE, United States)DOE-FC02-02ERG 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: How short peptides disassemble tau fibrils in Alzheimer's disease.
著者: Ke Hou / Peng Ge / Michael R Sawaya / Liisa Lutter / Joshua L Dolinsky / Yuan Yang / Yi Xiao Jiang / David R Boyer / Xinyi Cheng / Justin Pi / Jeffrey Zhang / Jiahui Lu / Romany Abskharon / ...著者: Ke Hou / Peng Ge / Michael R Sawaya / Liisa Lutter / Joshua L Dolinsky / Yuan Yang / Yi Xiao Jiang / David R Boyer / Xinyi Cheng / Justin Pi / Jeffrey Zhang / Jiahui Lu / Romany Abskharon / Shixin Yang / Zhiheng Yu / Juli Feigon / David S Eisenberg /
要旨: Reducing fibrous aggregates of the protein tau is a possible strategy for halting the progression of Alzheimer's disease (AD). Previously, we found that in vitro, the D-enantiomeric peptide (D- ...Reducing fibrous aggregates of the protein tau is a possible strategy for halting the progression of Alzheimer's disease (AD). Previously, we found that in vitro, the D-enantiomeric peptide (D-peptide) D-TLKIVWC disassembles ultra-stable tau fibrils extracted from the autopsied brains of individuals with AD (hereafter, these tau fibrils are referred to as AD-tau) into benign segments, with no energy source other than ambient thermal agitation. To consider D-peptide-mediated disassembly as a potential route to therapeutics for AD, it is essential to understand the mechanism and energy source of the disassembly action. Here, we show that the assembly of D-peptides into amyloid-like ('mock-amyloid') fibrils is essential for AD-tau disassembly. These mock-amyloid fibrils have a right-handed twist but are constrained to adopt a left-handed twist when templated in complex with AD-tau. The release of strain that accompanies the conversion of left-twisted to right-twisted, relaxed mock-amyloid produces a torque that is sufficient to break the local hydrogen bonding between tau molecules, and leads to the fragmentation of AD-tau. This strain-relief mechanism seems to operate in other examples of amyloid fibril disassembly, and could inform the development of first-in-class therapeutics for amyloid diseases.
履歴
登録2024年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年7月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microtubule-associated protein tau
B: Microtubule-associated protein tau
C: Microtubule-associated protein tau
D: Microtubule-associated protein tau
E: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
F: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
G: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
H: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
I: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
J: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
K: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
L: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
M: Microtubule-associated protein tau
N: Microtubule-associated protein tau
O: Microtubule-associated protein tau
P: Microtubule-associated protein tau
Q: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
R: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
S: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
T: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
U: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
V: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
W: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
X: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
Y: Microtubule-associated protein tau
Z: Microtubule-associated protein tau
0: Microtubule-associated protein tau
1: Microtubule-associated protein tau
2: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
3: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
4: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
5: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
6: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
7: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
8: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
9: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)971,18342
ポリマ－969,43036
非ポリマー1,7536
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Microtubule-associated protein tau / Neurofibrillary tangle protein / Paired helical filament-tau / PHF-tau


分子量: 79041.617 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10636
#2: Polypeptide(D) ...
DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL


分子量: 872.106 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-EDT / {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID / EDTA


分子量: 292.243 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Tau PHF - D-TLKIVWI ComplexCOMPLEX#1-#20MULTIPLE SOURCES
2Tau PHFCOMPLEX#11NATURAL
3D-TLKIVWICOMPLEX#21SYNTHETIC
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTrisC4H11NO31
2100 mMsodium chlorideNaCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFINDCTF補正
7PHENIXモデルフィッティング
10RELION4最終オイラー角割当
11RELION4分類
12RELION4３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -2.2 ° / 軸方向距離/サブユニット: 9.65 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 158000
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26975 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / タイプ: experimental model

IDPDB-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource name詳細
17NRV

7nrv

7NRV1PDB
2D_1000282569OtherFrom related PDB deposition
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0088778
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.90611772
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.6473312
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0611356
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061440

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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