PDB-9b4l: Filament of Tau in complex with D-TLKIVWI, a D-peptide that disag...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9b4l

タイトル

Filament of Tau in complex with D-TLKIVWI, a D-peptide that disaggregates Alzheimer's Paired Helical Filaments, determined by Cryo-EM

要素

DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL
Microtubule-associated protein tau

キーワード

PROTEIN FIBRIL / Alzheimer's disease / Tau / fibril / cryo-EM / helix / UNKNOWN FUNCTION

機能・相同性

機能・相同性情報

plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / positive regulation of protein localization to synapse / main axon / phosphatidylinositol bisphosphate binding / regulation of long-term synaptic depression ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / positive regulation of protein localization to synapse / main axon / phosphatidylinositol bisphosphate binding / regulation of long-term synaptic depression / tubulin complex / negative regulation of tubulin deacetylation / generation of neurons / regulation of chromosome organization / rRNA metabolic process / axonal transport of mitochondrion / regulation of mitochondrial fission / axon development / central nervous system neuron development / intracellular distribution of mitochondria / regulation of microtubule polymerization / microtubule polymerization / lipoprotein particle binding / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / dynactin binding / negative regulation of mitochondrial membrane potential / apolipoprotein binding / glial cell projection / axolemma / protein polymerization / negative regulation of mitochondrial fission / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / positive regulation of axon extension / neurofibrillary tangle assembly / Activation of AMPK downstream of NMDARs / synapse assembly / regulation of cellular response to heat / supramolecular fiber organization / positive regulation of protein localization / regulation of calcium-mediated signaling / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / cytoplasmic microtubule organization / axon cytoplasm / positive regulation of microtubule polymerization / stress granule assembly / phosphatidylinositol binding / regulation of microtubule cytoskeleton organization / nuclear periphery / protein phosphatase 2A binding / positive regulation of superoxide anion generation / cellular response to reactive oxygen species / astrocyte activation / Hsp90 protein binding / microglial cell activation / cellular response to nerve growth factor stimulus / response to lead ion / synapse organization / PKR-mediated signaling / protein homooligomerization / regulation of synaptic plasticity / SH3 domain binding / memory / microtubule cytoskeleton organization / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron projection development / cell-cell signaling / single-stranded DNA binding / protein-folding chaperone binding / actin binding / cellular response to heat / microtubule cytoskeleton / cell body / growth cone / double-stranded DNA binding / microtubule binding / protein-macromolecule adaptor activity / dendritic spine / sequence-specific DNA binding / microtubule / amyloid fibril formation / learning or memory / neuron projection / regulation of autophagy / membrane raft / axon / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / dendrite / DNA damage response / protein kinase binding / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Hou, K. / Ge, P. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)	1R01AG070895	米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)	RF1AG065407	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DOE-FC02-02ERG	米国

引用

ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: How short peptides can disassemble ultra-stable tau fibrils extracted from Alzheimer's disease brain by a strain-relief mechanism.
著者: Ke Hou / Peng Ge / Michael R Sawaya / Joshua L Dolinsky / Yuan Yang / Yi Xiao Jiang / Liisa Lutter / David R Boyer / Xinyi Cheng / Justin Pi / Jeffrey Zhang / Jiahui Lu / Shixin Yang / ...
要旨: Reducing fibrous aggregates of protein tau is a possible strategy for halting progression of Alzheimer's disease (AD). Previously we found that the D-peptide D-TLKIVWC disassembles tau fibrils from ...

履歴

登録	2024年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9b4l.cif.gz	329.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9b4l.ent.gz	216.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9b4l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/9b4l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/9b4l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	44184MC 44181C 44182C 44183C 44185C 44186C 44187C 9b4iC 9b4jC 9b4kC 9b4mC 9b4nC 9b4oC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Microtubule-associated protein tau

B: Microtubule-associated protein tau

C: Microtubule-associated protein tau

D: Microtubule-associated protein tau

E: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

F: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

G: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

H: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

I: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

J: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

K: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

L: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

M: Microtubule-associated protein tau

N: Microtubule-associated protein tau

O: Microtubule-associated protein tau

P: Microtubule-associated protein tau

Q: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

R: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

S: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

T: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

U: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

V: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

W: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

X: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

Y: Microtubule-associated protein tau

Z: Microtubule-associated protein tau

0: Microtubule-associated protein tau

1: Microtubule-associated protein tau

2: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

3: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

4: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

5: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

6: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

7: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

8: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

9: DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL

ヘテロ分子

971 kDa, 36 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Microtubule-associated protein tau / Neurofibrillary tangle protein / Paired helical filament-tau / PHF-tau 分子量: 79041.617 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10636
#2: Polypeptide(D)	... DTH-DLE-DLY-DIL-DVA-DTR-DIL 分子量: 872.106 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-EDT / {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID / EDTA 分子量: 292.243 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₂O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素

ID	名称	タイプ	Entity ID	Parent-ID	由来
1	Tau PHF - D-TLKIVWI Complex	COMPLEX	#1-#2	0	MULTIPLE SOURCES
2	Tau PHF	COMPLEX	#1	1	NATURAL
3	D-TLKIVWI	COMPLEX	#2	1	SYNTHETIC

分子量

実験値: NO

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
2	2	Homo sapiens (ヒト)	9606
3	3	synthetic construct (人工物)	32630

緩衝液

pH: 7.4

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	20 mM	Tris	C₄H₁₁NO₃	1
2	100 mM	sodium chloride	NaCl	1

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	crYOLO		粒子像選択
2	SerialEM		画像取得
4	CTFFIND		CTF補正
7	PHENIX		モデルフィッティング
10	RELION	4	最終オイラー角割当
11	RELION	4	分類
12	RELION	4	３次元再構成
13	PHENIX		モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: -2.2 ° / 軸方向距離/サブユニット: 9.65 Å / らせん対称軸の対称性: C1

粒子像の選択

選択した粒子像数: 158000

3次元再構成

解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26975 / 対称性のタイプ: HELICAL

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / タイプ: experimental model

ID	PDB-ID	Accession code	Initial refinement model-ID	Source name	詳細
1	7NRV 7nrv	7NRV	1	PDB
2		D_1000282569		Other	From related PDB deposition

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.008	8778
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.906	11772
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	14.647	3312
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.061	1356
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.006	1440

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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