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- PDB-9b49: K459Q variant of P. indica phosphate transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b49
タイトルK459Q variant of P. indica phosphate transporter
要素Phosphate transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Major facilitator / phosphate transport / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Sugar transport proteins signature 1. / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Phosphate transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Serendipita indica (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Gupta, M. / Finer-Moore, J. / Stroud, R.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM24485 米国
引用
ジャーナル: To be published
タイトル: Roles of PiPT residues in phosphate binding and transport tested by mutagenesis
著者: Gupta, M. / Finer-Moore, J. / Nelson, A. / Kumar, H. / Johri, A. / Stroud, R.M.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of a eukaryotic phosphate transporter.
著者: Pedersen, B.P. / Kumar, H. / Waight, A.B. / Risenmay, A.J. / Roe-Zurz, Z. / Chau, B.H. / Schlessinger, A. / Bonomi, M. / Harries, W. / Sali, A. / Johri, A.K. / Stroud, R.M.
#2: ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Key computational findings reveal proton transfer as driving the functional cycle in the phosphate transporter PiPT.
著者: Liu, Y. / Li, C. / Gupta, M. / Verma, N. / Johri, A.K. / Stroud, R.M. / Voth, G.A.
履歴
登録2024年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphate transporter
B: Phosphate transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,4918
ポリマ－117,0752
非ポリマー1,4166
水00
1
A: Phosphate transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2454
ポリマ－58,5381
非ポリマー7083
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphate transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2454
ポリマ－58,5381
非ポリマー7083
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)173.670, 173.670, 172.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 30 through 99 or resid 104...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 30 through 149 or resid 151...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11PROPROPHEPHEAA30 - 9932 - 101
d_12VALVALASPASPAA104 - 149106 - 151
d_13PROPROTHRTHRAA151 - 231153 - 233
d_14LYSLYSARGARGAA294 - 518296 - 520
d_15PO4PO4PO4PO4AC601
d_16BNGBNGBNGBNGAD602
d_17BNGBNGBNGBNGAE603
d_21PROPROASPASPBB30 - 14932 - 151
d_22PROPROTHRTHRBB151 - 231153 - 233
d_23LYSLYSARGARGBB294 - 518296 - 520
d_24PO4PO4PO4PO4BF601
d_25BNGBNGBNGBNGBG602
d_26BNGBNGBNGBNGBH603

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.272157313823, 0.962174392326, 0.0122815017066), (0.962252752537, 0.272132596789, 0.00367287349574), (0.000191747871954, 0.0128175082071, -0.999917833982)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.272157313823, 0.962174392326, 0.0122815017066), (0.962252752537, 0.272132596789, 0.00367287349574), (0.000191747871954, 0.0128175082071, -0.999917833982)
ベクター: -72.5347247899, 69.1799702514, 83.3055715025)

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要素

#1: タンパク質 Phosphate transporter


分子量: 58537.617 Da / 分子数: 2 / 変異: K459Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serendipita indica (菌類) / プラスミド: 83nu
詳細 (発現宿主): based on PRS423-Gal1 with expression tags on N- and C-termini
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): DSY-5 / 参照: UniProt: A8N031
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 糖
ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 27% (W/V) pentaerythritol propoxylate, 5% polyethylene glycol 400,.2M KCl, .1M sodium citrate pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月5日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→48 Å / Num. obs: 35004 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1305 / Rpim(I) all: 0.0917 / Rrim(I) all: 0.1604 / Net I/σ(I): 6.21
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 2.64 / Mean I/σ(I) obs: 0.41 / Num. unique obs: 3528 / CC1/2: 0.0895 / CC star: 0.405 / Rpim(I) all: 1.86 / Rrim(I) all: 3.2 / % possible all: 67.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→47.86 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.26 / 位相誤差: 43.8949
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: refined against a least-squares twin target using NCS restraints
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2404 1714 5.09 %
Rwork0.2155 31946 -
obs0.2377 33660 95.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 126.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→47.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6572 0 94 0 6666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00256839
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59719276
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03751071
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00411143
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.692933
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 4.31407262478 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.190.2711910.30021753X-RAY DIFFRACTION60.28
3.19-3.290.30851340.29112543X-RAY DIFFRACTION86.32
3.29-3.410.34511420.2942747X-RAY DIFFRACTION94.37
3.41-3.550.27431460.29412775X-RAY DIFFRACTION94.94
3.55-3.710.3781480.30232794X-RAY DIFFRACTION94.84
3.71-3.910.32921440.30622743X-RAY DIFFRACTION94.39
3.91-4.150.27921480.28962776X-RAY DIFFRACTION94.91
4.15-4.470.27821490.27312778X-RAY DIFFRACTION94.81
4.47-4.920.2811460.2412755X-RAY DIFFRACTION94.51
4.92-5.630.28241420.22772757X-RAY DIFFRACTION94.39
5.63-7.080.21981450.20442781X-RAY DIFFRACTION94.95
7.09-47.860.21391400.17222783X-RAY DIFFRACTION94.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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