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万見
- PDB-9b3g: Human Notch-1 EGFs 21-23 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b3g
タイトルHuman Notch-1 EGFs 21-23
要素Neurogenic locus notch homolog protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Notch / EGF / Calcium-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective LFNG causes SCDO3 / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis / Notch signaling pathway involved in regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell differentiation in spinal cord / venous endothelial cell differentiation / retinal cone cell differentiation / arterial endothelial cell differentiation ...Defective LFNG causes SCDO3 / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis / Notch signaling pathway involved in regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell differentiation in spinal cord / venous endothelial cell differentiation / retinal cone cell differentiation / arterial endothelial cell differentiation / epithelial cell fate commitment / negative regulation of pro-B cell differentiation / Pre-NOTCH Processing in the Endoplasmic Reticulum / negative regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / mitral valve formation / cell migration involved in endocardial cushion formation / negative regulation of photoreceptor cell differentiation / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / regulation of somitogenesis / endocardium morphogenesis / foregut morphogenesis / distal tubule development / inhibition of neuroepithelial cell differentiation / MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex / regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / cardiac chamber formation / auditory receptor cell fate commitment / positive regulation of aorta morphogenesis / negative regulation of endothelial cell chemotaxis / atrioventricular node development / positive regulation of transcription of Notch receptor target / neuroendocrine cell differentiation / cellular response to tumor cell / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / collecting duct development / compartment pattern specification / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / regulation of extracellular matrix assembly / T-helper 17 type immune response / endocardial cell differentiation / chemical synaptic transmission, postsynaptic / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / cardiac ventricle morphogenesis / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / mesenchymal cell development / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / epidermal cell fate specification / negative regulation of myotube differentiation / coronary vein morphogenesis / cardiac left ventricle morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / left/right axis specification / negative regulation of catalytic activity / glomerular mesangial cell development / somatic stem cell division / negative regulation of cell adhesion molecule production / endocardium development / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of endothelial cell differentiation / interleukin-17-mediated signaling pathway / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / Pre-NOTCH Processing in Golgi / cardiac epithelial to mesenchymal transition / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / neuronal stem cell population maintenance / negative regulation of collagen biosynthetic process / cardiac muscle cell myoblast differentiation / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / tissue regeneration / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of astrocyte differentiation / pulmonary valve morphogenesis / regulation of stem cell proliferation / luteolysis / heart trabecula morphogenesis / calcium-ion regulated exocytosis / prostate gland epithelium morphogenesis / negative regulation of biomineral tissue development / endoderm development / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of myoblast differentiation / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / positive regulation of BMP signaling pathway / tube formation / positive regulation of keratinocyte differentiation / transcription regulator activator activity / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / negative regulation of stem cell differentiation / astrocyte differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / cardiac muscle tissue morphogenesis / sprouting angiogenesis
類似検索 - 分子機能
Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / : / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD ...Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / : / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP / Notch-like domain superfamily / LNR domain / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / : / Calcium-binding EGF domain / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Ankyrin repeat / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Neurogenic locus notch homolog protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Johnson, S. / Sheppard, D. / Handford, P.A. / Lea, S.M.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R009317/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/V008935/1 英国
Wellcome Trust100298 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural and functional studies of the EGF20-27 region reveal new features of the human Notch receptor important for optimal activation.
著者: Bo, Z. / Rowntree, T. / Johnson, S. / Nurmahdi, H. / Suckling, R.J. / Hill, J. / Korona, B. / Weisshuhn, P.C. / Sheppard, D. / Meng, Y. / Liang, S. / Lowe, E.D. / Lea, S.M. / Redfield, C. / Handford, P.A.
履歴
登録2024年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurogenic locus notch homolog protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8052
ポリマ－12,6681
非ポリマー1371
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.920, 41.920, 61.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
Space group name HallP4w
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch 1 / hN1 / Translocation-associated notch protein TAN-1


分子量: 12668.015 Da / 分子数: 1 / 断片: Human Notch1 EGF domains 21-23 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOTCH1, TAN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46531
#2: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.03 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium acetate 0.1 M BIS-Tris pH 5.5 25% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→41.92 Å / Num. obs: 15359 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 25.81 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.022 / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1109 / CC1/2: 0.834

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
AutoSol1.18.2_3874位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→41.92 Å / SU ML: 0.1806 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.8951
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2183 767 4.99 %
Rwork0.195 27740 -
obs0.1961 15331 96.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→41.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数828 0 1 93 922
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005861
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68381174
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0468123
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054163
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.056313
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.610.36541390.31532759X-RAY DIFFRACTION96.28
1.61-1.670.28071560.28382775X-RAY DIFFRACTION97.25
1.67-1.750.27311480.25142794X-RAY DIFFRACTION96.52
1.75-1.840.25081660.24452741X-RAY DIFFRACTION96.71
1.84-1.950.29311320.242719X-RAY DIFFRACTION94.97
1.95-2.10.26371570.21922722X-RAY DIFFRACTION95.36
2.1-2.310.22761570.22662779X-RAY DIFFRACTION96.29
2.32-2.650.20991430.2042833X-RAY DIFFRACTION98.54
2.65-3.340.2371340.20182808X-RAY DIFFRACTION98.2
3.34-41.920.16931260.15282810X-RAY DIFFRACTION96.64
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.76196682487-2.64354550929-0.8453839589433.38158254530.2105064060615.842506457980.0211254947806-0.4763358404441.09730200299-0.08112636906860.04033979067780.742806138661-1.03105412285-0.635933914181-0.06300681533360.3939595567590.0875904190605-0.0196205481760.376442977505-0.05225724247350.731888805558-20.580520821733.170469241726.6796681577
29.40512735549-4.78405693159-0.5768962799230.24312272568-0.0486964652231-0.3413782198250.0680602536419-0.2462469195610.3884974956210.0144690469166-0.00497333503789-0.07130062841370.0158946870132-0.0668060339026-0.04517962271830.2899834115950.020863349629-0.03996086233050.392774807288-0.0805552059960.5779367827338.5409263798321.273272943524.654273649
36.502659241710.739399896177-0.3733854901616.41704525387-0.8267391143559.72051669268-0.332958940657-0.566441999365-0.4599628629340.1076188283210.1853733454880.07571905623010.530404311840.3820404791430.130415530180.3148086158230.08559753931370.04462362999030.3151080630480.003987110078380.21737209017133.36278848137.3555510169326.251758859
44.09755111158-4.111548347090.3272712547349.558697335650.6629058481144.892719847570.724993849508-0.285239893566-0.6691163578570.177409856026-0.370895987872-0.6585997721261.879849008670.726186245417-0.2745620374220.871737636230.218664887551-0.07568712232750.6166730500280.1224753620210.41377279794535.42405391760.83304118115232.5840629608
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 794 through 821 )794 - 8211 - 28
22chain 'A' and (resid 822 through 876 )822 - 87629 - 83
33chain 'A' and (resid 877 through 895 )877 - 89584 - 102
44chain 'A' and (resid 896 through 906 )896 - 906103 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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