PDB-9b2y: Kynurenine monooxygenase from Pseudomonas fluorescens complexed w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9b2y

タイトル

Kynurenine monooxygenase from Pseudomonas fluorescens complexed with 4-chlorophenylacetyltetrazole

要素

Kynurenine 3-monooxygenase

キーワード

FLAVOPROTEIN/INHIBITOR / inhibition / bioisostere / monooxygenase / tryptophan metabolism / FLAVOPROTEIN / FLAVOPROTEIN-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

kynurenine 3-monooxygenase / kynurenine 3-monooxygenase activity / kynurenine metabolic process / anthranilate metabolic process / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / quinolinate biosynthetic process / L-tryptophan catabolic process / NAD+ metabolic process / NAD+ biosynthetic process / FAD binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Phillips, R.S. / Ma, W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Kynurenine monooxygenase from Pseudomonas fluorescens complexed with 4-chlorophenylacetyltetrazole
著者: Phillips, R.S. / Ma, W.

履歴

登録	2024年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9b2y.cif.gz	376 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9b2y.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9b2y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9b2y_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9b2y_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9b2y_validation.xml.gz	41.1 KB	表示
CIF形式データ	9b2y_validation.cif.gz	54.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/9b2y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/9b2y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kynurenine 3-monooxygenase

B: Kynurenine 3-monooxygenase

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Kynurenine 3-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Kynurenine 3-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.410, 51.660, 134.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.86, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Kynurenine 3-monooxygenase / PfKMO / Kynurenine 3-hydroxylase 分子量: 50739.520 Da / 分子数: 2 / 変異: C252S,C461S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: kmo, qbsG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84HF5, kynurenine 3-monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-A1AI5 / 1-(3-chlorophenyl)-2-(2H-tetrazol-5-yl)ethan-1-one 分子量: 222.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₇ClN₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 12%-14% PEG8k, 0.11M - 0.13M calcium acetate, 14% glycerol, 0.08M sodium cacodylate pH6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→43.68 Å / Num. obs: 104865 / % possible obs: 93.68 % / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 50.67 Å² Data reduction details: The depositor states that the number cited as the number of reflections (104865) must have come from the data file before application of the resolution cutoff. CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 6.09
反射シェル	解像度: 2.05→2.1 Å / Num. unique obs: 7765 / CC_1/2: 0.176

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→43.68 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2459	2022	3.67 %
R_work	0.2054	-	-
obs	0.2069	55104	93.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→43.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7104	0	0	249	7353

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.755	2827
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1109
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1337

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.1	0.4538	138	0.4147	3659	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1-2.16	0.3846	152	0.3728	3842	X-RAY DIFFRACTION	96
2.16-2.22	0.3713	137	0.3431	3864	X-RAY DIFFRACTION	96
2.22-2.29	0.4042	146	0.3431	3840	X-RAY DIFFRACTION	96
2.29-2.38	0.3856	148	0.3105	3831	X-RAY DIFFRACTION	95
2.38-2.47	0.3017	148	0.2655	3876	X-RAY DIFFRACTION	95
2.47-2.58	0.3332	142	0.2529	3797	X-RAY DIFFRACTION	95
2.58-2.72	0.2479	151	0.2468	3787	X-RAY DIFFRACTION	94
2.72-2.89	0.2713	137	0.2439	3724	X-RAY DIFFRACTION	92
2.89-3.11	0.252	144	0.2248	3845	X-RAY DIFFRACTION	96
3.11-3.43	0.267	147	0.2051	3844	X-RAY DIFFRACTION	95
3.43-3.92	0.2464	142	0.1718	3795	X-RAY DIFFRACTION	93
3.92-4.94	0.173	142	0.1494	3640	X-RAY DIFFRACTION	89
4.94-43.68	0.2054	148	0.1701	3738	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2884	-0.8258	-0.5639	3.7137	1.1744	1.5999	-0.0549	-0.0478	-0.0121	-0.0964	0.0195	-0.1947	-0.0766	0.0902	0.0259	0.3254	-0.0109	-0.0419	0.4625	0.0504	0.4012	-3.9285	-4.7875	-64.0912
2	2.1576	-0.8883	-0.9876	1.5293	0.3597	1.3696	-0.1768	-0.3698	-0.3392	0.3135	0.105	0.2102	0.0556	0.102	0.0886	0.4198	-0.01	-0.0239	0.5035	0.0763	0.4896	-12.7438	-4.8646	-49.4811
3	0.5717	-0.8446	-0.3011	3.1099	2.0841	3.0375	-0.083	-0.2689	0.2417	0.3339	0.0592	-0.1076	-0.42	0.1903	0.0026	0.6345	-0.0363	-0.0787	0.7439	0.0077	0.6574	3.1503	6.7204	-43.5604
4	0.0634	-0.1142	0.3808	3.4564	-0.5173	2.2006	-0.0814	-0.2295	-0.0403	0.0177	0.0506	0.0702	0.0711	0.0616	0.0287	0.3379	0.0105	-0.0429	0.4035	-0.0124	0.3489	19.5687	13.7687	-0.9379
5	6.9926	1.7165	-4.9213	4.3053	-2.8161	8.1808	0.3113	0.1251	0.5726	-0.0006	-0.2006	-0.0274	-0.7293	-0.0974	-0.1936	0.4637	-0.0133	-0.0575	0.3058	-0.0593	0.3934	26.8676	35.0187	-11.2035
6	2.0592	1.1248	0.2358	4.0771	0.5512	2.0395	-0.0128	-0.0085	-0.3256	0.2129	0.0049	-0.1866	0.152	-0.0799	0.0447	0.3325	0.0284	-0.0495	0.4718	-0.0165	0.4677	17.8925	7.836	-3.178
7	2.1987	0.1775	-0.5476	0.7948	-0.1136	1.4966	-0.118	0.2459	-0.2138	-0.3293	0.0584	-0.0827	0.0331	-0.0594	0.0545	0.4665	-0.0055	-0.0103	0.3552	-0.046	0.3655	32.313	18.2269	-22.0202
8	4.0667	0.2008	-1.0231	1.4215	-0.565	2.2187	0.015	0.2004	0.21	-0.2086	0.0003	0.0903	-0.2448	-0.0065	-0.0539	0.5194	-0.0065	-0.1078	0.5328	0.0152	0.5216	11.1954	20.998	-14.7391
9	2.7302	-1.2297	1.0197	9.0007	-5.2292	7.3507	-0.3119	0.4938	0.2549	-0.4937	-0.0678	-0.4803	-0.3137	-0.0369	0.2951	0.7658	0.1061	-0.0852	0.7711	-0.0183	0.7221	15.9109	39.9767	-26.2673
10	2.6642	-0.4093	-0.0043	8.7986	-4.9011	2.743	0.415	1.5328	1.2178	-0.5808	0.1675	0.4197	-1.7055	-1.1454	-0.3297	1.2523	0.2246	-0.2384	1.1868	0.0877	0.808	11.6945	49.5865	-32.2715

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 81 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 286 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 287 through 457 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 7 through 58 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 59 through 105 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 106 through 170 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 171 through 305 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 306 through 373 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 374 through 432 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 433 through 457 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)