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- PDB-9b2b: Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain in Complex with a C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b2b
タイトルEstrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain in Complex with a Complete Estrogen Receptor Antagonists that Favors Tetramer Formation
要素Estrogen receptor
キーワードTRANSCRIPTION / estrogen receptor / antiestrogen / alpha helical bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / mammary gland branching involved in pregnancy / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / estrogen receptor signaling pathway / protein localization to chromatin / steroid binding / 14-3-3 protein binding / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / negative regulation of miRNA transcription / ESR-mediated signaling / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / nuclear estrogen receptor binding / transcription coregulator binding / transcription corepressor binding / stem cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / cellular response to estradiol stimulus / euchromatin / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / transcription coactivator binding / male gonad development / nuclear receptor activity / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of fibroblast proliferation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / fibroblast proliferation / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / calmodulin binding / Extra-nuclear estrogen signaling / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Estrogen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Fink, E.C. / Chawla, R. / Wells, K.S. / Barratt, S. / Myles, D.C. / Pena, G. / Robello, B.W. / Ng, R. / Fanning, S.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA279341 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain in Complex with a Complete Estrogen Receptor Antagonists that Favors Tetramer Formation
著者: Fanning, S.W.
履歴
登録2024年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
C: Estrogen receptor
D: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,2968
ポリマ-116,1324
非ポリマー2,1644
7,188399
1
A: Estrogen receptor
ヘテロ分子

C: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1484
ポリマ-58,0662
非ポリマー1,0822
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455x-1/2,y+1/2,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area19990 Å2
手法PISA
2
B: Estrogen receptor
D: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1484
ポリマ-58,0662
非ポリマー1,0822
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area20290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.097, 57.419, 174.803
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.16, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 29033.018 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: 化合物
ChemComp-A1AI0 / 2-chloro-3-{[{[1-(2-fluorophenyl)cyclopentyl]methyl}(4-{[1-(3-fluoropropyl)azetidin-3-yl]oxy}phenyl)amino]methyl}phenol


分子量: 541.072 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C31H35ClF2N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: MAR CCD 300 mm / 検出器: CCD / 日付: 2022年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 53471 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 464
反射 シェル解像度: 2.08→2.14 Å / Num. unique obs: 2832 / CC1/2: 0.633 / Rpim(I) all: 0.865

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.08→49.19 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 42.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3182 2608 4.88 %
Rwork0.2592 --
obs0.262 53471 88.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→49.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7093 0 76 399 7568
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087331
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9979918
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.955972
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491168
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061213
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.08-2.110.3852720.29151246X-RAY DIFFRACTION42
2.11-2.150.30811420.28392586X-RAY DIFFRACTION87
2.15-2.20.29221160.29112637X-RAY DIFFRACTION88
2.2-2.250.31491360.2782730X-RAY DIFFRACTION91
2.25-2.30.32871490.26462739X-RAY DIFFRACTION92
2.3-2.360.27641420.26412854X-RAY DIFFRACTION95
2.36-2.420.311670.26372858X-RAY DIFFRACTION96
2.42-2.490.35411650.27582901X-RAY DIFFRACTION96
2.49-2.570.32471650.26022906X-RAY DIFFRACTION98
2.57-2.660.27921400.262949X-RAY DIFFRACTION97
2.66-2.770.33741570.26632888X-RAY DIFFRACTION97
2.77-2.90.29061550.24532876X-RAY DIFFRACTION96
2.9-3.050.35351440.25552856X-RAY DIFFRACTION95
3.05-3.240.32821490.25912852X-RAY DIFFRACTION94
3.24-3.490.33431300.25142752X-RAY DIFFRACTION91
3.49-3.840.31651360.23572623X-RAY DIFFRACTION87
3.84-4.40.27791230.22412524X-RAY DIFFRACTION83
4.4-5.540.30171180.24622544X-RAY DIFFRACTION83
5.54-49.190.35951020.29422542X-RAY DIFFRACTION79
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.77280.29351.45753.33282.94443.80150.14120.1047-0.07880.26710.1193-0.64820.10310.1681-0.28830.1387-0.01440.01680.43080.09850.311629.4173-8.844466.297
21.4535-0.4199-0.42962.35390.15832.99490.19510.05210.0302-0.3075-0.2528-0.1611-0.2171-0.03310.05540.147-0.00870.00780.31350.04660.136619.2053-10.95862.9459
30.7457-0.40940.54312.0419-0.70990.63770.0205-0.09170.05670.0229-0.0087-0.173-0.0676-0.11960.01710.08820.0931-0.00390.51870.00940.263916.1531-1.582170.5445
41.6627-0.53050.21225.0986-2.43433.4433-0.30320.01550.2792-0.0469-0.0355-0.15240.0268-0.37820.40550.10360.01-0.00620.2828-0.04490.44073.2331-37.558219.124
51.06370.3709-0.59580.8477-0.35960.9360.008-0.2991-0.07060.1839-0.04690.08590.04720.02240.05460.1333-0.3030.0420.25660.05480.272413.4878-39.756422.5036
62.19690.189-0.02552.87350.35813.1163-0.14490.3191-0.0218-0.15430.06620.1542-0.0018-0.05480.03330.17130.0678-0.02330.1285-0.02610.273513.7382-24.610412.3964
70.85250.25710.09111.3270.19331.48560.0303-0.0925-0.10270.0284-0.1595-0.18420.0839-0.12080.0540.1401-0.02910.03550.12690.00030.036619.5384-36.224717.6965
82.32691.91840.34451.60780.18533.8515-0.12670.42780.4271-0.14620.13490.6751-0.8275-0.03930.05930.4740.1053-0.00790.28860.17750.494550.8433-6.41158.8314
92.2361-0.1765-0.67992.11680.60192.3319-0.0460.0029-0.16160.1628-0.10080.28690.1702-0.17160.19840.16160.14020.05810.2411-0.04010.39535.5525-23.319965.3363
101.52440.1506-0.40281.42480.29981.0343-0.2170.04170.18110.05720.0047-0.09240.0790.00530.12910.16980.08710.03030.41280.06390.146145.0205-23.392264.4497
114.8189-4.5344-0.46636.08350.78040.1095-0.2482-1.2887-0.58690.69030.07910.44710.1081-0.48330.15530.31570.02750.01580.6403-0.00910.249739.2368-32.489381.8039
123.45062.4127-1.07615.46360.45913.5683-0.0948-0.4245-0.05090.42460.228-0.35280.0305-0.0562-0.02670.30580.04880.04290.3584-0.11060.195351.0324-26.155178.44
131.72980.4571-0.30641.0290.40424.7229-0.1426-0.12140.06380.1266-0.1790.30240.10460.14640.18630.1825-0.03540.00930.10.00660.094452.6882-18.589263.3397
141.03330.570.10421.41371.29442.58210.01480.11410.01460.02120.0913-0.057-0.1337-0.1867-0.00580.2811-0.0480.01950.01090.00760.129859.402-13.95957.4894
152.16810.59750.38172.91730.70960.920.065-0.20320.08040.03370.0174-0.0023-0.01880.0329-0.0928-0.00190.0160.08650.07150.00610.197956.1046-26.339869.3149
164.255-0.03210.36827.1274-4.96379.45750.2240.3673-0.4002-0.40960.430.02180.0097-0.6726-0.74160.3011-0.1288-0.01460.505-0.03340.271337.783-27.694950.7454
173.2135-2.2445-0.24484.4522-0.26134.2902-0.0412-0.89220.12630.3478-0.03810.1695-0.5521-0.49520.09680.38360.0469-0.10270.5109-0.0280.16532.7537-6.380326.6881
180.80140.65520.61732.835-0.19410.6896-0.060.2290.1369-0.17160.0292-0.5442-0.14770.12260.09670.1479-0.0566-0.01440.4976-0.01240.223250.5619-20.262415.4113
191.8212-1.0906-0.42091.8095-0.17682.7997-0.06-0.02620.001-0.0695-0.05730.03750.2541-0.0551-0.03890.18310.0203-0.02550.45880.03910.061347.006-24.74522.2727
200.2562-0.1029-0.33080.29190.13833.2214-0.0338-0.1963-0.0690.11740.0736-0.0403-0.05990.00820.00590.12510.0622-0.07150.17410.13720.234836.8911-23.847927.1366
215.1311.98971.28531.5607-0.71522.73620.09250.4283-0.6199-0.0947-0.1759-0.22180.08980.25750.0110.14780.04770.02690.3298-0.03740.273543.6755-26.72814.9951
222.92050.492-0.48313.2828-0.36090.56350.05790.1663-0.12120.019-0.28910.1576-0.0125-0.01710.01560.0766-0.0829-0.00960.4007-0.10140.180732.6671-26.18276.9949
231.4550.0737-0.40680.66660.00820.48570.0059-0.25490.26580.1627-0.0710.15610.0007-0.24510.01750.171-0.13180.01620.5219-0.10520.297826.9896-15.828925.5848
241.704-0.1573-0.00642.18970.49511.2564-0.1228-0.1476-0.3712-0.07070.14190.04540.0270.1254-0.04110.2539-0.05340.01690.52410.00970.163432.4036-27.754920.5128
255.40720.59375.05476.96364.37936.8456-0.0764-0.11620.211-0.1832-0.1322-0.2783-0.70130.72250.54660.3189-0.2188-0.06840.73990.22910.272250.4778-16.981341.0126
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7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 497 through 545 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 307 through 321 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 322 through 363 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 364 through 407 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 408 through 422 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 423 through 438 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 439 through 465 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 466 through 496 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 497 through 527 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 528 through 548 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 307 through 321 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 322 through 341 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 342 through 363 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 364 through 394 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 395 through 422 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 423 through 438 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 439 through 496 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 497 through 544 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 545 through 550 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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