[日本語] English
万見
- PDB-9b29: Cryo-EM structure of the mouse TRPM3 alpha 2 channel in complex w... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b29
タイトルCryo-EM structure of the mouse TRPM3 alpha 2 channel in complex with cholesteryl hemisuccinate
要素Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transient receptor potential channel / TRPM3 / neurosteroid / pregnenolone sulfate / neurodevelopmental disorders / anticonvulsant / primidone / neurological disorders / nociception / analgesic
機能・相同性
機能・相同性情報


zinc ion transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transport / temperature-gated ion channel activity / sodium ion transport / monoatomic cation transport / monoatomic cation channel activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / G-protein beta/gamma-subunit complex binding ...zinc ion transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transport / temperature-gated ion channel activity / sodium ion transport / monoatomic cation transport / monoatomic cation channel activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / protein homotetramerization / calmodulin binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TRPM, tetramerisation domain / TRPM, tetramerisation domain superfamily / Tetramerisation domain of TRPM / TRPM, SLOG domain / : / SLOG in TRPM / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6OU / 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Transient receptor potential cation channel subfamily M member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Yin, Y. / Park, C.G. / Feng, S. / Zhang, F. / Guan, Z. / Sharma, K. / Borgnia, M.J. / Im, W. / Lee, S.-Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of neurosteroid and anticonvulsant regulation of TRPM3.
著者: Ying Yin / Cheon-Gyu Park / Shasha Feng / Ziqiang Guan / Hyuk-Joon Lee / Feng Zhang / Kedar Sharma / Mario J Borgnia / Wonpil Im / Seok-Yong Lee /
要旨: Transient receptor potential channel subfamily M member 3 (TRPM3) is a Ca-permeable cation channel activated by the neurosteroid pregnenolone sulfate (PregS) or heat, serving as a nociceptor in the ...Transient receptor potential channel subfamily M member 3 (TRPM3) is a Ca-permeable cation channel activated by the neurosteroid pregnenolone sulfate (PregS) or heat, serving as a nociceptor in the peripheral sensory system. Recent discoveries of autosomal dominant neurodevelopmental disorders caused by gain-of-function mutations in TRPM3 highlight its role in the central nervous system. Notably, the TRPM3 inhibitor primidone, an anticonvulsant, has proven effective in treating patients with TRPM3-linked neurological disorders and in mouse models of thermal nociception. However, our understanding of neurosteroids, inhibitors and disease mutations on TRPM3 is limited. Here we present cryogenic electron microscopy structures of the mouse TRPM3 in complex with cholesteryl hemisuccinate, primidone and PregS with the synthetic agonist CIM 0216. Our studies identify the binding sites for the neurosteroid, synthetic agonist and inhibitor and offer insights into their effects and disease mutations on TRPM3 gating, aiding future drug development.
履歴
登録2024年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 3
B: Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 3
C: Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 3
D: Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)806,64624
ポリマ－794,6974
非ポリマー11,94920
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質
Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 3


分子量: 198674.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trpm3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5F4S7
#2: 化合物
ChemComp-6OU / [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE


分子量: 717.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76NO8P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物
ChemComp-LBN / 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / (2R)-2-[(9Z)-9-Octadecenoyloxy]-3-(palmitoyloxy)propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate


分子量: 760.076 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物
ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#5: 化合物
ChemComp-PX2 / 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE


分子量: 535.671 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H52O8P
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 3
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7471
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
2Latitude画像取得
4GctfCTF補正
5RELIONCTF補正
8Cootモデルフィッティング
10RELION初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3207741
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 69009 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00223468
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.54731968
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.6037544
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0353860
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033912

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る