PDB-9b26: Crystal structure of cod allergen Gad m 1.0201 coordinating lanthanum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9b26

タイトル

Crystal structure of cod allergen Gad m 1.0201 coordinating lanthanum

要素

Parvalbumin beta

キーワード

ALLERGEN / parvalbumin / cod / allergy / lanthanum

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Gadus morhua (タイセイヨウマダラ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

O'Malley, A. / Chruszcz, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Comparative studies of seafood and reptile alpha- and beta-parvalbumins.
著者: O'Malley, A. / Ray, J.M. / Kitlas, P. / Ruethers, T. / Kapingidza, A.B. / Cierpicki, T. / Lopata, A. / Kowal, K. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2024年3月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9b26.cif.gz	75.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9b26.ent.gz	43.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9b26.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9b26_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9b26_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	9b26_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	9b26_validation.cif.gz	13.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/9b26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/9b26	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9barC 9bb8C 9bcfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Parvalbumin beta

ヘテロ分子

12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.712, 85.723, 54.786
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-204- LA
2	1	A-347- HOH
3	1	A-408- HOH
4	1	A-432- HOH
5	1	A-443- HOH
6	1	A-464- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Parvalbumin beta 分子量: 11490.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gadus morhua (タイセイヨウマダラ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q90YK9

-
非ポリマー , 5種, 203分子

#2: 化合物	ChemComp-LA / LANTHANUM (III) ION / ランタントリカチオン分子量: 138.905 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: La / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.46 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.9 M sodium malonate pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→40 Å / Num. obs: 12683 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.157 / R_pim(I) all: 0.084 / R_rim(I) all: 0.18 / R_sym value: 0.157 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / R_merge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 511 / CC_1/2: 0.745 / R_pim(I) all: 0.284 / R_rim(I) all: 0.515 / R_sym value: 0.422

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→33.781 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 2.646 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.099 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1967	637	5.041 %
R_work	0.1623	12000	-
all	0.164	-	-
obs	-	12637	92.851 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.282 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.367 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.39 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.756 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→33.781 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	808	0	17	196	1021

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	841
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	805
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.455	1.796	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.532	1.789	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.167	5	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.452	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.518	10	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.217	10	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	125
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	970
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	174
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.257	0.2	236
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	648
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	430
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	414
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.114	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.388	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.129	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.141	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.118	1.766	441
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.117	1.765	440
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.568	3.178	550
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.567	3.177	551
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.069	2.031	400
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.073	2.026	393
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.299	3.611	576
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.305	3.609	571
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.526	23.04	1119
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.219	18.773	1043

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.65-1.693	0.261	29	0.266	741	0.266	998	0.954	0.911	77.1543	0.241
1.693-1.739	0.242	34	0.217	844	0.218	959	0.967	0.969	91.5537	0.193
1.739-1.789	0.203	63	0.177	864	0.179	942	0.975	0.978	98.4076	0.15
1.789-1.844	0.186	53	0.175	836	0.175	895	0.975	0.978	99.3296	0.149
1.844-1.904	0.234	35	0.156	842	0.16	885	0.97	0.983	99.096	0.136
1.904-1.971	0.182	54	0.155	796	0.157	860	0.978	0.984	98.8372	0.137
1.971-2.045	0.202	43	0.148	769	0.151	831	0.98	0.987	97.7136	0.132
2.045-2.128	0.187	35	0.146	734	0.147	793	0.98	0.985	96.9735	0.133
2.128-2.223	0.234	32	0.153	708	0.157	779	0.966	0.983	94.9936	0.138
2.223-2.331	0.206	36	0.15	661	0.153	726	0.978	0.983	96.0055	0.137
2.331-2.456	0.167	38	0.158	624	0.159	693	0.98	0.983	95.5267	0.149
2.456-2.604	0.221	34	0.156	593	0.16	674	0.965	0.984	93.0267	0.157
2.604-2.783	0.173	19	0.151	554	0.152	617	0.979	0.985	92.8687	0.159
2.783-3.004	0.217	25	0.159	504	0.162	592	0.971	0.983	89.3581	0.176
3.004-3.288	0.296	23	0.179	438	0.184	545	0.936	0.979	84.5872	0.191
3.288-3.672	0.146	25	0.155	387	0.154	494	0.986	0.985	83.4008	0.182
3.672-4.232	0.189	16	0.149	354	0.15	445	0.981	0.986	83.1461	0.189
4.232-5.163	0.172	23	0.151	303	0.152	380	0.982	0.985	85.7895	0.196
5.163-7.217	0.204	15	0.188	267	0.189	304	0.972	0.976	92.7632	0.214
7.217-33.781	0.137	5	0.163	179	0.162	194	0.983	0.981	94.8454	0.206

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4775	0.2295	-0.7368	0.6467	-0.5149	0.6514	-0.0392	0.1472	0.0756	-0.0562	0.0307	0.0011	0.0725	-0.0865	0.0085	0.0144	-0.0165	0.0028	0.0335	-0.0078	0.0181	-11.757	-12.001	-10.157
2	5.2638	2.0379	1.0924	1.3588	0.7176	1.631	-0.0398	-0.0709	-0.1127	-0.0139	-0.0249	-0.0573	0.1905	0.0355	0.0646	0.0366	0.0114	0.0096	0.0066	0.0016	0.0179	-4.085	-17.034	-4.829
3	0.6693	0.5135	-1.7311	4.2606	2.1894	7.7159	0.0441	-0.0103	-0.0237	0.072	0.0052	-0.2114	-0.0688	0.0418	-0.0493	0.0343	0.0209	-0.0074	0.0161	0.0055	0.1127	-3.851	-5.6	3.335
4	1.2514	0.1471	0.7407	0.8046	0.5501	1.492	0.0383	-0.1248	0.0295	0.1524	-0.0651	0.0203	0.0647	-0.0988	0.0268	0.0356	-0.0149	0.0094	0.0162	-0.0058	0.0079	-12.24	-13.629	4.034

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	27 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	46 - 57
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	58 - 109

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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