PDB-9b20: Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pne...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9b20

タイトル

Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pneumoniae (AMP bound)

要素

ADP-ribose pyrophosphatase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / SSGCID /

STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE /

ADP-ribose diphosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-ribose diphosphatase /

ADP-ribose diphosphatase activity /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pneumoniae (AMP bound)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Buchko, G.W. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2024年3月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9b20.cif.gz	179.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9b20.ent.gz	140.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9b20.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/9b20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/9b20	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (6)
#201 - 2016年9月
イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase)
類似性 (4)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ADP-ribose pyrophosphatase

B: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

50.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.910, 68.790, 56.663
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.20, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ADP-ribose pyrophosphatase / ADP-ribose diphosphatase / ADP-ribose phosphohydrolase / Adenosine diphosphoribose pyrophosphatase 分子量: 24742.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: KPHS_45750 / プラスミド: KlpnC.20447.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3GVQ7, ADP-ribose diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.84 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 33% Peg 3350, 0.1M Tris, pH 8.5, 0.2 M sodium acetate, KlpnC.20447.a.B1.PB00133 at 26 mg/mL. 3 minutue soak in 15 mM AMP. plate Liu-S-102, C1. Puck: PSL-1003, Cryo: direct.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月10日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→45.16 Å / Num. obs: 48638 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.986 / R_merge(I) obs: 0.175 / R_pim(I) all: 0.072 / R_rim(I) all: 0.19 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 337486
反射シェル	解像度: 1.55→1.59 Å / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 1.334 / Num. measured all: 24961 / Num. unique obs: 3505 / CC_1/2: 0.611 / R_pim(I) all: 0.536 / R_rim(I) all: 1.439 / Χ²: 0.89 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_5243: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→45.16 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2032	2435	5.01 %
R_work	0.164	-	-
obs	0.166	48574	96.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→45.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3125	0	49	326	3500

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3296
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.024	4493
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.837	1218
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	503
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	580

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.58	0.3273	144	0.2805	2621	X-RAY DIFFRACTION	95
1.58-1.62	0.2937	129	0.2564	2705	X-RAY DIFFRACTION	95
1.62-1.65	0.2843	162	0.222	2637	X-RAY DIFFRACTION	96
1.65-1.69	0.2322	122	0.2027	2710	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7-1.74	0.2487	142	0.1915	2668	X-RAY DIFFRACTION	96
1.74-1.79	0.2297	180	0.1817	2678	X-RAY DIFFRACTION	96
1.79-1.85	0.2136	140	0.1704	2705	X-RAY DIFFRACTION	96
1.85-1.92	0.189	154	0.1589	2676	X-RAY DIFFRACTION	96
1.92-1.99	0.2023	142	0.1569	2722	X-RAY DIFFRACTION	97
1.99-2.08	0.172	124	0.1447	2731	X-RAY DIFFRACTION	97
2.08-2.19	0.2051	100	0.1393	2740	X-RAY DIFFRACTION	97
2.19-2.33	0.1886	135	0.1481	2735	X-RAY DIFFRACTION	97
2.33-2.51	0.2002	127	0.1524	2778	X-RAY DIFFRACTION	98
2.51-2.76	0.1976	139	0.1606	2765	X-RAY DIFFRACTION	98
2.76-3.16	0.1872	138	0.1655	2756	X-RAY DIFFRACTION	97
3.16-3.98	0.1867	200	0.1543	2669	X-RAY DIFFRACTION	97
3.98-45.16	0.2022	157	0.1609	2843	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0553	0.0627	0.0054	0.1605	0.0943	0.1306	-0.0944	0.1417	-0.0565	0.0098	0.1173	-0.0272	0.1152	-0.0408	-0.0021	0.1897	-0.0577	0.0045	0.2446	-0.0112	0.1546	-1.6739	16.8398	7.206
2	0.1823	0.1543	0.0162	0.1716	0.091	0.0306	0.0905	-0.0094	0.1358	-0.0536	0.1663	-0.1226	-0.1985	0.097	0.0032	0.1727	-0.0196	0.0075	0.199	-0.0046	0.1612	7.1087	13.938	-3.819
3	0.7867	-1.1188	-0.6262	1.6113	0.8572	0.7683	0.166	-0.01	0.1507	-0.1049	0.0062	-0.1426	0.2411	-0.0093	0.252	0.1676	-0.0176	-0.0262	0.1897	0.0328	0.1336	-0.8615	10.2613	14.9118
4	0.0608	-0.234	-0.1046	0.0772	-0.0395	0.1579	0.0079	0.069	-0.0163	-0.036	-0.0261	-0.0192	-0.0155	0.018	0	0.1363	-0.0006	-0.0051	0.1369	-0.0014	0.1464	-10.3541	10.9749	-20.2906
5	0.1076	0.0004	0.0555	0.1877	-0.0845	0.099	0.0589	0.1968	0.1829	-0.1579	-0.0501	-0.2795	-0.0586	0.3446	-0.0002	0.1677	0.0021	0.0009	0.2102	0.0084	0.2227	-10.0704	25.1748	-20.5934
6	0.1388	-0.1303	0.1709	0.1777	0.0527	0.138	-0.0334	-0.0634	0.0186	0.0039	0.0259	0.0029	-0.0367	-0.0437	0.0003	0.1193	-0.0019	-0.0065	0.1248	0.0131	0.1265	-15.0497	18.8681	-14.1156
7	-0.0009	0.003	-0.0035	0.0261	0.047	0.0122	-0.0984	0.3475	0.2612	-0.2883	0.0034	-0.2096	-0.0013	-0.1433	0.0004	0.3036	0.0177	0.0083	0.2584	0.0047	0.2281	-17.4243	19.558	-32.448
8	0.5455	0.1295	0.1812	0.6285	-0.4024	0.3337	0.0291	-0.0127	-0.1274	0.0106	0.0252	0.1904	0.0917	-0.0662	0.0017	0.1239	0.0052	-0.0093	0.1484	0.003	0.1367	-24.4058	10.8342	-20.2544
9	0.0726	0.0856	0.0046	0.254	0.0569	0.437	0.0197	-0.1117	0.0853	0.1027	0.0011	0.0573	0.2588	0.0121	0.019	0.1257	0.0124	-0.0211	0.1537	-0.0171	0.1435	2.5252	1.6481	-29.3929
10	0.3116	-0.3167	-0.0765	0.2918	0.3298	0.3842	-0.0822	-0.0004	-0.0323	0.0587	0.1458	-0.0859	-0.2361	0.1459	0.0138	0.1648	-0.0131	-0.0202	0.1934	0.0115	0.1711	4.6496	6.7378	-25.1234
11	0.1299	0.0875	-0.0083	0.1993	-0.0811	0.1521	-0.0338	-0.0064	-0.0167	-0.0161	0.018	0.0209	0.0562	0.0001	-0.0001	0.1505	-0.0004	-0.0131	0.146	0.0048	0.1449	-11.606	2.7813	-4.2265
12	0.1205	-0.0778	-0.1803	0.0519	0.0914	0.201	0.0006	-0.0098	-0.0584	-0.0675	0.0708	-0.1309	0.0642	0.0593	-0.0002	0.1359	-0.0036	-0.0166	0.1312	-0.006	0.166	-7.4941	13.6637	1.7528
13	0.0201	-0.0041	-0.0352	0.0337	0.0316	0.2049	-0.0194	-0.0874	0.1154	0.226	-0.0134	-0.0746	0.2746	-0.1423	0.0007	0.1742	0.0457	-0.0104	0.1695	-0.0074	0.1921	-4.0982	-6.3791	-4.9473
14	0.2687	-0.1975	-0.4591	0.2262	0.3583	0.8267	-0.2241	-0.236	0.0757	0.1904	0.1346	-0.011	0.4971	0.3145	-0.0113	0.2364	0.0465	-0.0018	0.1777	-0.0069	0.1597	-10.2695	-7.702	0.9159
15	0.1822	-0.0957	-0.2745	0.231	0.144	0.2413	-0.0735	0.0829	-0.07	0.026	0.0458	-0.0196	0.1698	-0.0428	0.0004	0.1632	-0.0032	-0.0019	0.1374	0.0098	0.1369	-13.9863	-2.1046	-8.1805
16	0.4474	0.1044	-0.1748	1.1475	-0.3181	0.5914	-0.0061	-0.0621	-0.0086	0.0264	0.0498	0.0205	-0.0021	0.0274	-0	0.1163	-0.0035	-0.0031	0.1441	0.0102	0.1432	-20.723	3.6442	1.0103

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 38 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 39 through 48 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 49 through 94 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 95 through 117 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 118 through 147 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 148 through 166 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 167 through 210 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 10 through 23 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 24 through 48 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 49 through 78 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 79 through 94 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 95 through 104 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 105 through 117 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 118 through 147 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 148 through 209 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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