PDB-9b1v: Crystal structure of PqqT with PQQ and Gd3+ bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9b1v

タイトル

Crystal structure of PqqT with PQQ and Gd3+ bound

要素

Putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Periplasmic binding protein

機能・相同性

SsuA/THI5-like / NMT1/THI5 like / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / GADOLINIUM ION / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / Putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Methylorubrum extorquens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Boggs, G.D. / Bruchs, A.T. / Thompson, P.J. / Olshansky, L. / Bridwell-Rabb, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Structure-driven development of a biomimetic rare earth artificial metalloprotein.
著者: Thompson, P.J. / Boggs, D.G. / Wilson, C.A. / Bruchs, A.T. / Velidandla, U. / Bridwell-Rabb, J. / Olshansky, L.

履歴

登録	2024年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9b1v.cif.gz	88.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9b1v.ent.gz	59.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9b1v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9b1v_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9b1v_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	9b1v_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	9b1v_validation.cif.gz	23.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/9b1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/9b1v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9b1uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein

ヘテロ分子

33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.867, 53.389, 119.465
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein 分子量: 32791.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens (バクテリア) 遺伝子: Mchl_2142 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7KXB5
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PQQ / PYRROLOQUINOLINE QUINONE 分子量: 330.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₆N₂O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GD3 / GADOLINIUM ION 分子量: 157.250 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.55 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.5 mM PQQ, 20 mM NaCl, 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM citric acid pH 3.8 and 3.0 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.3776 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3776 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→40 Å / Num. obs: 69177 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 5.73 % / B_iso Wilson estimate: 17.96 Å² / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 12.73
反射シェル	解像度: 1.55→1.64 Å / Num. unique obs: 9386 / CC_1/2: 0.939

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS	20230630	データ削減
XDS	20230630	データスケーリング
PHENIX	1.21-5207	位相決定
Coot	0.9.8.92	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→39.81 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 19.5496
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1862	3462	5.01 %
R_work	0.1779	65673	-
obs	0.1784	69135	96.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→39.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2219	0	39	236	2494

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0144	2529
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5992	3447
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0934	378
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0175	461
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.3804	919

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.57	0.27	97	0.2254	1847	X-RAY DIFFRACTION	68.35
1.57-1.59	0.2348	112	0.2159	2113	X-RAY DIFFRACTION	77.5
1.59-1.62	0.2188	123	0.2109	2317	X-RAY DIFFRACTION	86.59
1.62-1.64	0.2372	133	0.2066	2545	X-RAY DIFFRACTION	94.8
1.64-1.67	0.2544	143	0.2076	2685	X-RAY DIFFRACTION	96.16
1.67-1.7	0.2105	141	0.2006	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.7-1.73	0.2277	138	0.2103	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.73-1.76	0.1806	143	0.1909	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.76-1.8	0.2268	143	0.1962	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.8-1.84	0.1998	145	0.2021	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.88	0.2235	139	0.1901	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.93	0.2	143	0.1983	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.93-1.98	0.1916	143	0.1856	2762	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.98-2.04	0.213	143	0.1826	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.04-2.1	0.1865	141	0.1861	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.1-2.18	0.1709	142	0.1831	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.27	0.2149	140	0.1803	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.37	0.2166	142	0.1784	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.37-2.5	0.1987	149	0.1758	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.5-2.65	0.2205	142	0.1825	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.65-2.86	0.1583	141	0.1779	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.86-3.14	0.1812	139	0.1794	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.14-3.6	0.1823	144	0.1614	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-4.53	0.1463	141	0.1472	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.53-39.81	0.1594	155	0.177	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.41

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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