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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9b1v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PqqT with PQQ and Gd3+ bound | ||||||
要素 | Putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Periplasmic binding protein | ||||||
機能・相同性 | SsuA/THI5-like / NMT1/THI5 like / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / GADOLINIUM ION / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / Putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Methylorubrum extorquens (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Boggs, G.D. / Bruchs, A.T. / Thompson, P.J. / Olshansky, L. / Bridwell-Rabb, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024 タイトル: Structure-driven development of a biomimetic rare earth artificial metalloprotein. 著者: Thompson, P.J. / Boggs, D.G. / Wilson, C.A. / Bruchs, A.T. / Velidandla, U. / Bridwell-Rabb, J. / Olshansky, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9b1v.cif.gz | 88.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9b1v.ent.gz | 59.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9b1v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/9b1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/9b1v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 9b1uC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32791.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens (バクテリア) 遺伝子: Mchl_2142 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7KXB5 | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PQQ / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.55 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1.5 mM PQQ, 20 mM NaCl, 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM citric acid pH 3.8 and 3.0 M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.3776 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.3776 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→40 Å / Num. obs: 69177 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 5.73 % / Biso Wilson estimate: 17.96 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 12.73 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.64 Å / Num. unique obs: 9386 / CC1/2: 0.939 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→39.81 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 19.5496 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.69 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→39.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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