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- PDB-9b1b: EV-D68 in complex with inhibitor Jun11-78-7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b1b
タイトルEV-D68 in complex with inhibitor Jun11-78-7
要素
  • Capsid protein VP1
  • Capsid protein VP4
  • viral protein 2
  • viral protein 3
キーワードVIRAL PROTEIN / EV-D68 / Inhibitor / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / host cell membrane / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / cysteine-type peptidase activity / protein sequestering activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...symbiont-mediated suppression of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / host cell membrane / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / cysteine-type peptidase activity / protein sequestering activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / helicase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種enterovirus D68 (エンテロウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Klose, T. / Kuhn, R.J. / Jun, W. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI157046 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI147325 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Design of enterovirus D68 capsid inhibitors with in vivo antiviral efficacy
著者: Li, K. / Rudy, M.J. / Klose, T. / Tan, H. / Wu, X. / Anderson, J.S. / Yu, W. / Jadhav, P. / Zhang, Q. / Clarke, P. / Kuhn, R.J. / Tyler, K.L. / Wang, J.
履歴
登録2024年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Data collection / Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / em_admin ...audit_author / em_admin / em_author_list / pdbx_SG_project / struct_keywords
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改定 1.12025年3月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Experimental summary / Structure summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_author_list / struct_keywords / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _struct_keywords.text
改定 1.22025年7月30日Group: Data collection / Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / em_admin ...audit_author / em_admin / pdbx_SG_project / struct_keywords
Item: _em_admin.last_update / _struct_keywords.text
改定 1.22025年7月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Experimental summary / Structure summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / struct_keywords / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
B: viral protein 3
C: viral protein 2
D: Capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8455
ポリマ－96,3914
非ポリマー4541
水00
1
A: Capsid protein VP1
B: viral protein 3
C: viral protein 2
D: Capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,810,717300
ポリマ－5,783,450240
非ポリマー27,26760
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein VP1
B: viral protein 3
C: viral protein 2
D: Capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 484 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)484,22625
ポリマ－481,95420
非ポリマー2,2725
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein VP1
B: viral protein 3
C: viral protein 2
D: Capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 581 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)581,07230
ポリマ－578,34524
非ポリマー2,7276
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein VP1


分子量: 34242.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) enterovirus D68 (エンテロウイルス)
参照: UniProt: A0A097BW12, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 viral protein 3 / VP3


分子量: 27112.814 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 318-564 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 参照: UniProt: A0A097BW12
#3: タンパク質 viral protein 2 / VP2


分子量: 27567.135 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 70-317 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 参照: UniProt: A0A0A7X639
#4: タンパク質 Capsid protein VP4


分子量: 7468.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 参照: UniProt: Q68T42
#5: 化合物 ChemComp-A1AIG / 4-[(propan-2-yl)oxy]-N-{(4M)-4-[1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-pyrazol-4-yl]quinolin-8-yl}benzamide


分子量: 454.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H21F3N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: EV-D68 US/MO/14-18947 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: EV-D68 US/MO/14-18947 (エンテロウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in.
グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 64000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3.12 sec. / 電子線照射量: 35.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8610
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2Leginon画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7ISOLDEモデルフィッティング
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9Cootモデルフィッティング
11PHENIXモデル精密化
12cryoSPARC初期オイラー角割当
13cryoSPARC最終オイラー角割当
14cryoSPARC分類
15cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 382259 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7tag

7tag


Accession code: 7tag / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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