PDB-9b15: Superfamily 2 helicase Hel308 containing the beta-hairpin from DN...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9b15

タイトル

Superfamily 2 helicase Hel308 containing the beta-hairpin from DNA pol theta helicase-like domain

要素

ATP-dependent DNA helicase Hel308

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Helicase

機能・相同性

機能・相同性情報

chromatin extrusion motor activity / ATP-dependent H2AZ histone chaperone activity / ATP-dependent H3-H4 histone complex chaperone activity / cohesin loader activity / DNA clamp loader activity / 3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / isomerase activity / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Eckenroth, B.E. / Doublie, S.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The stunted beta-hairpin motif and helix-hairpin-helix subdomain 5 modulate the DNA-dependent activities of polymerase theta helicase-like domain
著者: Vanson, S. / Eckenroth, B.E. / Moharana, K. / McBride, M. / Averill, A.M. / Doublie, S.

履歴

登録	2024年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9b15.cif.gz	546.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9b15.ent.gz	452.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9b15.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/9b15 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/9b15	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP-dependent DNA helicase Hel308

B: ATP-dependent DNA helicase Hel308

ヘテロ分子

158 kDa, 2 ポリマー
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1

A: ATP-dependent DNA helicase Hel308

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ATP-dependent DNA helicase Hel308

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	138.199, 174.128, 85.478
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	ATP-dependent DNA helicase Hel308 / DNA 3'-5' helicase Hel308 分子量: 78670.273 Da / 分子数: 2 / 変異: 348-LYRFDGYSKR-357 to PIFGGRP / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: hel308, AF_2245 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DMI1, DNA 3'-5' helicase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.37 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 35% MPD, 12 mM spermine, 40 mM cacodylate, 80 mM KCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0335 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月4日
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0335 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→45 Å / Num. obs: 187173 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.5 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.153 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.162 / Χ²: 1.16 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 1.399 / Num. measured all: 31791 / Num. unique obs: 4737 / CC_1/2: 0.638 / R_pim(I) all: 0.567 / R_rim(I) all: 1.514 / Χ²: 1.24 / Net I/σ(I) obs: 1.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless	1.12.15	データスケーリング
DIALS	3.8	データ削減
PHASER	2.5.6	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→44.53 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2209	18988	10.14 %
R_work	0.1829	-	-
obs	0.1867	187173	99.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→44.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10607	0	54	351	11012

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.807
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.698	4078
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1675
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1882

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.28	0.3662	575	0.3575	5172	X-RAY DIFFRACTION	92
2.28-2.3	0.3711	613	0.3372	5488	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3-2.33	0.3377	656	0.3157	5501	X-RAY DIFFRACTION	98
2.33-2.36	0.3272	630	0.3017	5595	X-RAY DIFFRACTION	98
2.36-2.39	0.331	671	0.2832	5534	X-RAY DIFFRACTION	98
2.39-2.42	0.3104	682	0.2787	5522	X-RAY DIFFRACTION	99
2.42-2.46	0.3222	582	0.2642	5666	X-RAY DIFFRACTION	99
2.46-2.5	0.2963	643	0.2488	5548	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5-2.53	0.2868	642	0.2501	5567	X-RAY DIFFRACTION	99
2.53-2.58	0.281	651	0.2453	5583	X-RAY DIFFRACTION	99
2.58-2.62	0.2969	623	0.2261	5642	X-RAY DIFFRACTION	99
2.62-2.67	0.2578	643	0.2186	5637	X-RAY DIFFRACTION	99
2.67-2.72	0.2691	639	0.2227	5543	X-RAY DIFFRACTION	99
2.72-2.78	0.2856	673	0.2294	5616	X-RAY DIFFRACTION	99
2.78-2.84	0.2638	645	0.2256	5636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.9	0.2455	651	0.2134	5631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.97	0.2562	583	0.1969	5678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.05	0.2371	653	0.1866	5689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.14	0.2371	601	0.1875	5648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.25	0.2443	534	0.1847	5709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.36	0.223	645	0.1792	5648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.36-3.5	0.2238	575	0.1787	5698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.66	0.2025	654	0.1604	5677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-3.85	0.2051	635	0.159	5679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.85-4.09	0.1911	603	0.1471	5669	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-4.4	0.1665	677	0.1318	5632	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4-4.85	0.1777	687	0.1383	5614	X-RAY DIFFRACTION	100
4.85-5.55	0.1891	608	0.1717	5680	X-RAY DIFFRACTION	100
5.55-6.98	0.2271	680	0.1999	5616	X-RAY DIFFRACTION	100
6.98-44.53	0.1708	634	0.1478	5667	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0463	0.1	-0.9826	2.4628	-0.1349	2.1007	-0.2647	0.1795	-0.2966	-0.2166	0.1424	-0.075	0.3867	-0.1018	0.0891	0.4171	-0.0456	0.03	0.3657	-0.0699	0.3422	-60.1007	24.9988	-15.1325
2	2.3521	0.515	-0.0654	2.6325	0.723	1.752	0.0796	0.2319	0.4951	-0.1678	0.0787	0.1483	-0.5243	-0.0701	-0.1715	0.6246	-0.0277	0.1128	0.5308	0.0869	0.4551	-19.0491	67.1345	-49.5822
3	3.3086	1.7608	-0.1669	3.1243	-0.5857	1.315	0.2076	-0.0943	-0.2742	0.1685	-0.3849	-0.6034	0.1456	0.0911	0.1608	0.4449	-0.0008	0.077	0.3138	0.0732	0.5721	-50.0677	13.8835	10.571
4	3.7774	0.8615	-0.0584	1.7988	0.7931	1.7023	0.3738	-0.3753	0.2898	0.2645	-0.2164	0.0099	-0.2775	0.1187	-0.144	0.58	-0.1207	0.0345	0.3871	-0.0495	0.373	-28.637	67.142	-22.1174
5	3.9264	1.7102	-0.5131	2.1	0.4336	1.5335	-0.0646	0.19	0.4527	0.0165	0.0647	0.2855	-0.2566	-0.1774	-0.006	0.3508	0.0504	-0.0369	0.3615	0.0199	0.4038	-64.6568	50.4859	-5.5981
6	2.6111	0.6583	0.4892	2.061	-0.2636	1.5521	-0.1342	0.4732	-0.3758	-0.2952	0.0423	-0.3266	0.1184	0.4306	0.0789	0.4571	-0.0198	0.0901	0.6391	-0.0774	0.4313	-11.2437	41.0768	-50.7359
7	4.1296	-0.6868	0.4446	2.5834	0.3258	2.0069	-0.0129	-0.4581	-0.0417	0.1959	-0.0166	-0.1454	-0.1221	0.0229	0.028	0.3031	-0.0794	-0.0247	0.3563	0.0516	0.3254	-38.0358	48.9503	6.5427
8	2.9432	-0.411	-1.2784	2.0151	-0.2897	2.0077	-0.1162	0.1921	-0.311	0.0203	0.0188	-0.0304	0.2476	0.0142	0.0876	0.3566	-0.0456	-0.0045	0.379	-0.0922	0.3448	-37.1425	34.8587	-38.3259
9	1.357	0.1206	0.1293	2.3804	-0.4654	0.3534	0.1906	0.7327	-0.7112	-0.3948	-0.2896	0.0004	0.3701	-0.0034	0.0768	0.4563	0.0229	-0.063	0.6051	-0.1415	0.616	-16.9275	34.8031	-8.7763
10	2.6545	-1.3631	0.5294	1.1281	0.1873	1.8021	0.2033	0.9819	0.6456	-0.1699	-0.0803	-0.1288	-0.2872	-0.3251	-0.1273	0.4533	0.0082	-0.0008	0.7706	0.1137	0.6473	-59.0917	52.4013	-48.0341

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 2:200
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B and resid 2:200
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 201:404
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resid 201:404
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 405:488
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resid 405:488
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and resid 489:628
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain B and resid 489:628
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain A and resid 629:681
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain B and resid 629:681

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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