PDB-9b0m: Crystal structure of Macrophage migration inhibitory factor from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9b0m

タイトル

Crystal structure of Macrophage migration inhibitory factor from Plasmodium vivax

要素

L-dopachrome isomerase

キーワード

CYTOKINE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Macrophage migration inhibitory factor / MIF / L-dopachrome isomerase / LIPID TRANSPORT

機能・相同性

phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Tautomerase/MIF superfamily / cytokine activity / extracellular space / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / L-dopachrome isomerase

機能・相同性情報

生物種

Plasmodium vivax Sal-1 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Macrophage migration inhibitory factor from Plasmodium vivax
著者: Lovell, S. / Liu, L. / Cooper, A. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2024年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9b0m.cif.gz	55.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9b0m.ent.gz	37.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9b0m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/9b0m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/9b0m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-dopachrome isomerase

ヘテロ分子

15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-dopachrome isomerase

ヘテロ分子

A: L-dopachrome isomerase

ヘテロ分子

A: L-dopachrome isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
45.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.457, 75.457, 36.947
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-303- HOH
2	1	A-317- HOH

#1: タンパク質	L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase 分子量: 14920.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium vivax Sal-1 (マラリア病原虫) 遺伝子: PVX_124095 / プラスミド: PlviB.00834.a.UX1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A5K093, phenylpyruvate tautomerase, L-dopachrome isomerase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.56 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: Index D5: 25% w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.5, PlviB.00834.a.UX1.PW39232 at 12 mg/mL. plate 13719 D5 drop 3. Puck: PSL-0913, Cryo: 80% crystallant + 20% glycerol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月19日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→37.73 Å / Num. obs: 11324 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.119 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.124 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 154623
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 1.878 / Num. measured all: 9558 / Num. unique obs: 677 / CC_1/2: 0.664 / R_pim(I) all: 0.514 / R_rim(I) all: 1.948 / Χ²: 1.13 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_5267: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→37.73 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2176	534	4.73 %
R_work	0.1868	-	-
obs	0.1883	11293	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	734	0	13	19	766

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	764
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.944	1023
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.479	288
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	117
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	130

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.98	0.2866	123	0.2829	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.27	0.2559	129	0.1964	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.86	0.2495	136	0.2314	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-37.73	0.2009	146	0.167	2720	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6844	1.3109	0.332	2.1833	-2.6386	6.5139	0.0271	1.2241	-0.1925	-0.9283	-0.22	-0.295	-0.439	1.1603	0.0616	0.7379	-0.0301	0.1107	0.7307	-0.0969	0.4735	4.9218	32.8505	-8.3029
2	8.8334	-0.6542	-0.9958	6.5834	-0.8006	6.4567	-0.2699	0.8634	-1.1781	-0.5423	-0.0538	0.0898	1.1829	-0.3183	0.325	0.6532	-0.0154	0.0619	0.3604	-0.1456	0.5335	3.4242	25.2741	-2.8933
3	5.7283	-0.7857	-0.9828	3.8656	-0.4022	5.9128	-0.0793	-0.1681	-0.3429	-0.0864	-0.1909	-0.2564	0.4238	0.743	0.3077	0.3265	0.0995	0.0125	0.362	0.0363	0.3493	10.0791	31.9719	1.7139
4	3.8235	-1.8311	-4.2619	4.8082	1.1915	5.2194	0.2925	0.3434	0.0559	-0.3836	-0.2986	-0.3265	0.0339	0.1543	0.0565	0.3723	0.1207	-0.0009	0.473	0.025	0.3885	12.3836	37.2258	-1.4379
5	8.3517	1.1135	2.9231	9.383	2.445	7.3538	0.2923	-0.4107	-0.0139	0.314	-0.4112	-0.0337	0.522	-0.7914	0.1209	0.3411	-0.0721	-0.0004	0.4427	0.0159	0.3492	-8.7013	32.7702	5.0324

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 59 through 72 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 101 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1 through 32 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 33 through 45 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 46 through 58 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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