PDB-9b07: Kynurenine monooxygenase from Pseudomonas fluorescens complexed w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9b07

タイトル

Kynurenine monooxygenase from Pseudomonas fluorescens complexed with biphenylacetyltetrazole

要素

Kynurenine 3-monooxygenase

キーワード

FLAVOPROTEIN/INHIBITOR / inhibition / bioisostere / monooxygenase / tryptophan metabolism / FLAVOPROTEIN / FLAVOPROTEIN-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

kynurenine 3-monooxygenase / kynurenine 3-monooxygenase activity / kynurenine metabolic process / anthranilate metabolic process / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / quinolinate biosynthetic process / L-tryptophan catabolic process / NAD+ metabolic process / NAD+ biosynthetic process / FAD binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Phillips, R.S. / Ma, W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Inhibition of kynurenine monooxygenase by tetrazoles
著者: Phillips, R.S. / Ma, W.

履歴

登録	2024年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9b07.cif.gz	387.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9b07.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9b07.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9b07_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9b07_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9b07_validation.xml.gz	45.1 KB	表示
CIF形式データ	9b07_validation.cif.gz	60.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/9b07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/9b07	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kynurenine 3-monooxygenase

B: Kynurenine 3-monooxygenase

ヘテロ分子

104 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Kynurenine 3-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Kynurenine 3-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.050, 52.190, 135.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.70, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Kynurenine 3-monooxygenase / PfKMO / Kynurenine 3-hydroxylase 分子量: 50739.520 Da / 分子数: 2 / 変異: C252S,C461S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: kmo, qbsG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84HF5, kynurenine 3-monooxygenase

-
非ポリマー , 5種, 482分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-A1AIU / 1-([1,1'-biphenyl]-4-yl)-2-(2H-tetrazol-5-yl)ethan-1-one 分子量: 264.282 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₂N₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 13% PEG 8000, 0.13M Ca(OAc)2, 14% glycerol, and 0.08 M sodium cacodylate, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→55.38 Å / Num. obs: 76842 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 43.95 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.91
反射シェル	解像度: 1.88→1.93 Å / Num. unique obs: 5691 / CC_1/2: 0.281

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.88→55.38 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2291	2003	2.61 %
R_work	0.194	-	-
obs	0.1949	76623	98.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→55.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6982	0	152	475	7609

拘束条件

タイプ: f_dihedral_angle_d / Dev ideal: 11.686 / 数: 2867

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.93	0.3781	143	0.3972	5226	X-RAY DIFFRACTION	97
1.93-1.98	0.3727	144	0.3653	5307	X-RAY DIFFRACTION	99
1.98-2.04	0.3298	144	0.3401	5332	X-RAY DIFFRACTION	99
2.04-2.1	0.3555	142	0.3039	5321	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1-2.18	0.3071	137	0.2742	5272	X-RAY DIFFRACTION	97
2.18-2.27	0.2863	140	0.2467	5224	X-RAY DIFFRACTION	97
2.27-2.37	0.2649	144	0.2284	5386	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.49	0.2694	148	0.2214	5388	X-RAY DIFFRACTION	99
2.49-2.65	0.2838	143	0.2105	5359	X-RAY DIFFRACTION	99
2.65-2.85	0.2547	141	0.2041	5367	X-RAY DIFFRACTION	99
2.85-3.14	0.2444	138	0.2005	5260	X-RAY DIFFRACTION	97
3.14-3.6	0.178	141	0.1741	5348	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6-4.53	0.1984	149	0.1508	5418	X-RAY DIFFRACTION	98
4.53-55.38	0.1987	149	0.171	5412	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8112	0.5511	0.5004	3.3269	0.4574	1.3066	-0.0794	0.0185	-0.1824	-0.0433	0.009	-0.1147	-0.0312	0.011	0.0273	0.3507	-0.004	-0.0237	0.311	0.0337	0.3625	-3.9616	-8.5521	-65.0322
2	5.4057	-1.4229	-3.8808	2.6833	0.955	3.8808	0.1258	-0.6364	0.6594	0.1156	0.1023	-0.2491	-0.5687	0.3728	-0.2686	0.4208	0.0106	-0.014	0.3381	-0.0526	0.3863	-9.9957	12.9616	-54.5539
3	2.6654	-0.8902	0.2352	3.3742	-0.3565	1.3683	-0.134	-0.1817	-0.6631	-0.0119	0.0717	0.2491	0.2816	0.0754	0.0245	0.324	-0.0031	0.0256	0.3273	0.0478	0.4467	-2.5711	-14.3665	-63.3695
4	1.54	-0.6578	-1.177	1.6722	-0.0374	1.4003	-0.3433	-0.8464	-0.4871	0.6359	0.4197	0.3088	0.0999	0.0757	-0.1026	0.6184	0.1006	0.0207	0.6246	0.1165	0.5052	-16.4967	-3.3941	-43.5553
5	0.7149	0.159	0.9106	4.1338	0.0908	1.2139	-0.1838	-0.8849	0.2545	1.1813	0.0879	0.185	-0.1995	-0.0761	0.0008	0.6833	0.0352	-0.0281	0.7022	-0.1003	0.5904	2.0126	3.586	-47.1469
6	3.6739	2.7498	1.4356	5.782	4.1947	5.3556	-0.1635	-0.5093	0.6263	-0.4788	0.43	-0.0778	-0.9903	0.334	-0.2908	1.1417	-0.1012	-0.0531	1.1527	-0.1641	1.0387	4.865	18.4466	-38.3941
7	0.7406	-0.7314	0.9607	3.5743	-0.7057	1.7835	0.001	-0.1269	-0.0349	0.0826	-0.0215	0.0742	-0.0522	0.0772	0.0107	0.2938	0.0175	-0.0149	0.3172	-0.0196	0.2665	19.7035	14.2188	-0.9595
8	6.2915	0.3698	-3.0488	3.5567	-0.3252	4.6965	0.1786	0.3857	0.7936	-0.2488	-0.1498	0.1547	-0.4882	-0.3134	-0.039	0.408	0.0203	-0.0811	0.2954	-0.0037	0.356	27.1161	35.6888	-11.114
9	2.3051	1.4159	0.5852	4.6978	0.3184	1.6757	-0.0145	-0.0334	-0.3178	0.0822	0.0325	-0.1244	0.2738	-0.0472	0.0007	0.2648	0.0277	0.0035	0.3653	-0.0287	0.3357	18.082	8.3952	-3.1779
10	1.8191	0.6521	-0.2041	0.9978	-0.1666	0.9163	-0.142	0.4238	-0.227	-0.3333	0.0939	-0.0203	0.0289	-0.0058	0.0377	0.4189	-0.0123	-0.0197	0.4073	-0.0735	0.3422	28.2969	19.2754	-19.8391
11	0.8453	0.345	-0.0418	6.5669	-3.211	3.1386	-0.0674	0.4506	0.4551	-0.5653	-0.0774	-0.2018	-0.5246	-0.0779	0.1041	0.8044	0.0981	-0.1246	0.7177	-0.0085	0.6541	13.8414	38.1764	-25.6031

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 58 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 59 through 105 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 106 through 170 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 171 through 305 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 306 through 395 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 396 through 457 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 7 through 58 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 59 through 105 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 106 through 170 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 171 through 343 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 344 through 457 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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