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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9azz | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of outer membrane lipoprotein carrier protein (LolA) from Ehrlichia ruminantium | |||||||||
![]() | Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA | |||||||||
![]() | LIPID TRANSPORT / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / LolA | |||||||||
機能・相同性 | Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA-like / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of outer membrane lipoprotein carrier protein (LolA) from Ehrlichia ruminantium 著者: Liu, L. / Lovell, S. / Cooper, A. / Battaile, K.P. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 223.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 179.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 643.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 649.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21515.209 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: EDL81_04530 / プラスミド: EhruA.17554.a.VH2 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.44 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: JCSG+ A8: 0.2M Ammonium Formate, pH 4.6, 20% PEG 3350, EhruA.17554.a.VH2.PW39214 at 22.3 mg/mL. AC Plate 21 LolA A10. Puck: PSL-2103, Cryo: 80% crystallant + 20% glycerol. Density consistent ...詳細: JCSG+ A8: 0.2M Ammonium Formate, pH 4.6, 20% PEG 3350, EhruA.17554.a.VH2.PW39214 at 22.3 mg/mL. AC Plate 21 LolA A10. Puck: PSL-2103, Cryo: 80% crystallant + 20% glycerol. Density consistent with a PEG fragment observed in subunit B |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月3日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→42.7 Å / Num. obs: 41393 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.178 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 279537 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.293 / Num. measured all: 21518 / Num. unique obs: 3080 / CC1/2: 0.718 / Rpim(I) all: 0.525 / Rrim(I) all: 1.397 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 1.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→42.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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