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Yorodumi- PDB-9azz: Crystal structure of outer membrane lipoprotein carrier protein (... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9azz | |||||||||
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Title | Crystal structure of outer membrane lipoprotein carrier protein (LolA) from Ehrlichia ruminantium | |||||||||
Components | Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA | |||||||||
Keywords | LIPID TRANSPORT / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / LolA | |||||||||
Function / homology | Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA-like / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA Function and homology information | |||||||||
Biological species | Ehrlichia ruminantium str. Gardel (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of outer membrane lipoprotein carrier protein (LolA) from Ehrlichia ruminantium Authors: Liu, L. / Lovell, S. / Cooper, A. / Battaile, K.P. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 9azz.cif.gz | 223.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb9azz.ent.gz | 179.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 9azz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 9azz_validation.pdf.gz | 643.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 9azz_full_validation.pdf.gz | 649.1 KB | Display | |
Data in XML | 9azz_validation.xml.gz | 21.4 KB | Display | |
Data in CIF | 9azz_validation.cif.gz | 29.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/9azz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/9azz | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21515.209 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ehrlichia ruminantium str. Gardel (bacteria) Gene: EDL81_04530 / Plasmid: EhruA.17554.a.VH2 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A6I6ARN1 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PG4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: JCSG+ A8: 0.2M Ammonium Formate, pH 4.6, 20% PEG 3350, EhruA.17554.a.VH2.PW39214 at 22.3 mg/mL. AC Plate 21 LolA A10. Puck: PSL-2103, Cryo: 80% crystallant + 20% glycerol. Density consistent ...Details: JCSG+ A8: 0.2M Ammonium Formate, pH 4.6, 20% PEG 3350, EhruA.17554.a.VH2.PW39214 at 22.3 mg/mL. AC Plate 21 LolA A10. Puck: PSL-2103, Cryo: 80% crystallant + 20% glycerol. Density consistent with a PEG fragment observed in subunit B |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9786 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Mar 3, 2024 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→42.7 Å / Num. obs: 41393 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.178 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 279537 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.05 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.293 / Num. measured all: 21518 / Num. unique obs: 3080 / CC1/2: 0.718 / Rpim(I) all: 0.525 / Rrim(I) all: 1.397 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 1.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→42.7 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 26.84 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→42.7 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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