PDB-9azr: Lineage 860 UCA Fab bound to A/Massachusetts/1/1990 hemagglutinin head

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9azr

タイトル

Lineage 860 UCA Fab bound to A/Massachusetts/1/1990 hemagglutinin head

要素

Hemagglutinin HA1 chain
Lineage 860 UCA Fab heavy chain
Lineage 860 UCA Fab light chain

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / antibody / influenza / hemagglutinin / UCA / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Maurer, D.P. / Schmidt, A.G.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01 AI146779	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	P01 AI089618	米国

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2025
タイトル: Antigenic drift expands influenza viral escape pathways from recalled humoral immunity.
著者: Maurer, D.P. / Vu, M. / Schmidt, A.G.

履歴

登録	2024年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9azr.cif.gz	324.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9azr.ent.gz	216.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9azr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9azr_validation.pdf.gz	463.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9azr_full_validation.pdf.gz	473.8 KB	表示
XML形式データ	9azr_validation.xml.gz	31 KB	表示
CIF形式データ	9azr_validation.cif.gz	40.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/9azr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/9azr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9aztC 9azvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (6)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

E: Hemagglutinin HA1 chain

H: Lineage 860 UCA Fab heavy chain

L: Lineage 860 UCA Fab light chain

ヘテロ分子

74.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	202.543, 71.863, 65.402
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.870, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-333- HOH

#1: タンパク質

Hemagglutinin HA1 chain

分子量: 25390.203 Da / 分子数: 1 / 断片: head domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Massachusetts/1/1990(H1N1) / 遺伝子: HA / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q07775

#2: 抗体

Lineage 860 UCA Fab heavy chain

分子量: 25839.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#3: 抗体

Lineage 860 UCA Fab light chain

分子量: 22695.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.47 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 4k, 200 mM imidazole, pH 7.4, HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→48.94 Å / Num. obs: 39860 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 43.62 Å² / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 10.35
反射シェル	解像度: 2.3→2.44 Å / Num. unique obs: 5923 / CC_1/2: 0.914

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→48.94 Å / SU ML: 0.3219 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.4955
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2703	2006	5.04 %
R_work	0.2285	37806	-
obs	0.2306	39812	97.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5020	0	14	217	5251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5172
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5463	7055
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0444	770
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	907
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.6282	712

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.36	0.344	119	0.3255	2164	X-RAY DIFFRACTION	79.3
2.36-2.42	0.3715	157	0.3078	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.42-2.49	0.3654	129	0.3023	2727	X-RAY DIFFRACTION	98.99
2.49-2.57	0.3415	147	0.3089	2703	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2.57-2.66	0.3817	146	0.3377	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.66-2.77	0.3917	148	0.3115	2760	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.77-2.9	0.3207	140	0.2832	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.9-3.05	0.3256	148	0.2802	2682	X-RAY DIFFRACTION	98.99
3.05-3.24	0.348	139	0.2645	2750	X-RAY DIFFRACTION	98.4
3.24-3.49	0.2896	146	0.2475	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.49-3.84	0.2684	146	0.2205	2760	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.84-4.4	0.2252	149	0.1888	2749	X-RAY DIFFRACTION	99.49
4.4-5.54	0.2012	140	0.1607	2772	X-RAY DIFFRACTION	99.39
5.54-48.94	0.1991	152	0.1767	2833	X-RAY DIFFRACTION	99.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9966277538	-1.14581004137	-0.266876464363	0.725158498947	0.0344035172924	0.653158516606	0.366819833804	-0.240265373712	-2.08911209285	0.972698342241	-0.0775417219927	-0.528139375425	0.466615836796	-0.050850453179	-0.200541215537	0.662431381318	0.00705557062385	-0.264467714109	0.481883015921	0.307393621216	1.3583246121	25.9813768244	-29.7962230438	23.9435744197
2	0.0780438196038	-0.116059799199	0.0481629310395	0.458022479897	0.197428543515	0.163838125939	-0.357335213926	0.71524457357	-1.08261605926	-0.185257724853	0.166641006698	-0.379209904408	0.486054184927	0.395553174705	-9.53942520965E-5	0.514972740685	0.000405114323113	-0.0119058054328	0.531169572208	-0.0928533347472	0.638011572873	25.0710756002	-23.5187324408	12.5361426975
3	1.92212481491	-0.0443945387035	0.442899647636	0.478861859701	0.228965506776	0.539740149314	0.0577146190579	-0.325599068828	-0.0772948590403	0.1079472488	-0.0206241040362	-0.0198509782028	-0.047753927205	-0.0331641710755	3.54961290586E-5	0.387821129562	-0.0308840916438	-0.0118832619438	0.456184641868	0.0417097031947	0.334774360019	18.0355923574	-10.1631679886	21.1200556358
4	0.412142969304	-0.0948165399588	-0.207886405781	0.993430246389	0.0517753299599	0.449614396571	0.118744814193	-0.0281500878468	0.0637977952347	0.0563177959769	-0.133637024779	0.0202884168886	0.0736916928622	0.0236260257208	-4.46005289357E-5	0.335105737786	0.00103732311865	-0.00251082842285	0.385715444213	0.0987504904305	0.349706577641	21.4305164638	-13.0853495106	16.2386285854
5	0.2208063767	-0.211499597633	-0.233665311999	0.0965952387299	0.294087322947	0.312817089191	0.00262673768269	-0.105722747044	0.490057439597	0.16554833771	0.0198631803699	0.0013926684574	-0.525137340424	-0.099749804596	0.00102642198225	0.531463920072	0.0168048735071	0.0733776776908	0.505139931215	0.0834165169452	0.467516852855	-18.2771605054	8.93739922459	16.4474296309
6	0.575934266414	0.074355781624	-0.132110334411	0.259369264653	0.283952024585	0.272769153474	0.314488562261	-0.00745542220156	-0.745843712705	0.0803975652306	0.352996800339	-0.168906228131	-0.109399277375	-0.0829395976488	0.0131511666588	0.482012205575	-0.0104672582965	0.05235938893	0.48148962848	0.099346812099	0.354268961806	-11.2264213833	1.06313200956	15.5932281877
7	0.141669681846	-0.24787160836	0.0407915470119	0.906832061847	-0.485774511408	0.305770703632	0.0663063727177	-0.000727760760211	0.353369647662	-0.130825572697	-0.219326521054	0.340493567378	-0.0529379979656	-0.178869253988	0.00026059146527	0.382255213074	0.00845131127884	0.0130054345773	0.471241565065	-0.013945708308	0.374745863049	-9.84029179439	0.407690625875	10.2466616726
8	1.02426634909	-0.0848010824739	-0.25836842976	0.370995788387	-0.217616650388	0.188149529756	0.313241991894	0.295736097285	0.0707756765506	-0.22622639847	0.171685693799	-0.487961883892	-0.36010896149	0.477033377781	0.00112061543732	0.611820718313	0.0476062930275	0.0611485394963	0.487672028642	-0.0031135535811	0.453675627765	-10.3268605938	8.17621158144	9.9694295575
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'E' and (resid 52 through 86 )	E	A	52 - 86	1 - 35
2	2	chain 'E' and (resid 87 through 108 )	E	A	87 - 108	36 - 57
3	3	chain 'E' and (resid 109 through 213 )	E	A	109 - 213	58 - 163
4	4	chain 'E' and (resid 214 through 263 )	E	A	214 - 263	164 - 213
5	5	chain 'H' and (resid 1 through 28 )	H	C	1 - 28	1 - 28
6	6	chain 'H' and (resid 29 through 40 )	H	C	29 - 40	29 - 40
7	7	chain 'H' and (resid 41 through 60 )	H	C	41 - 60	41 - 60
8	8	chain 'H' and (resid 61 through 83 )	H	C	61 - 83	61 - 83
9	9	chain 'H' and (resid 84 through 98 )	H	C	84 - 98	84 - 98
10	10	chain 'H' and (resid 99 through 119 )	H	C	99 - 119	99 - 119
11	11	chain 'H' and (resid 120 through 132 )	H	C	120 - 132	120 - 132
12	12	chain 'H' and (resid 133 through 147 )	H	C	133 - 147	133 - 147
13	13	chain 'H' and (resid 148 through 188 )	H	C	148 - 188	148 - 188
14	14	chain 'H' and (resid 189 through 227 )	H	C	189 - 227	189 - 227
15	15	chain 'L' and (resid 1 through 29 )	L	D	1 - 29	1 - 29
16	16	chain 'L' and (resid 30 through 47 )	L	D	30 - 47	30 - 47
17	17	chain 'L' and (resid 48 through 60 )	L	D	48 - 60	48 - 60
18	18	chain 'L' and (resid 61 through 91 )	L	D	61 - 91	61 - 91
19	19	chain 'L' and (resid 92 through 115 )	L	D	92 - 115	92 - 115
20	20	chain 'L' and (resid 116 through 152 )	L	D	116 - 152	116 - 152
21	21	chain 'L' and (resid 153 through 189 )	L	D	153 - 189	153 - 189
22	22	chain 'L' and (resid 190 through 212 )	L	D	190 - 212	190 - 212

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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