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- PDB-9azo: Crystal structure of CHMS Dehydrogenase PmdC from Comamonas testo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9azo
タイトルCrystal structure of CHMS Dehydrogenase PmdC from Comamonas testosteroni bound to cofactor NADP
要素PmdC
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADP cofactor / Pyrone dicarboxylic acid / lignin degradation
機能・相同性4-carboxy-2-hydroxymuconate-6-semialdehyde dehydrogenase-like, C-terminal / Bacterial oxidoreductases, C-terminal / : / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / PmdC
機能・相同性情報
生物種Comamonas testosteroni ATCC 11996 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Rodrigues, A.V. / Moriarty, N.W. / Pereira, J.H. / Adams, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC0205CH11231 米国
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Characterization of lignin-degrading enzyme PmdC, which catalyzes a key step in the synthesis of polymer precursor 2-pyrone-4,6-dicarboxylic acid.
著者: Rodrigues, A.V. / Moriarty, N.W. / Kakumanu, R. / DeGiovanni, A. / Pereira, J.H. / Gin, J.W. / Chen, Y. / Baidoo, E.E.K. / Petzold, C.J. / Adams, P.D.
#1: ジャーナル: ACS Nano / 年: 2024
タイトル: Pore Engineering as a General Strategy to Improve Protein-Based Enzyme Nanoreactor Performance.
著者: Seokmu Kwon / Michael P Andreas / Tobias W Giessen /
要旨: Enzyme nanoreactors are nanoscale compartments consisting of encapsulated enzymes and a selectively permeable barrier. Sequestration and colocalization of enzymes can increase catalytic activity, ...Enzyme nanoreactors are nanoscale compartments consisting of encapsulated enzymes and a selectively permeable barrier. Sequestration and colocalization of enzymes can increase catalytic activity, stability, and longevity, highly desirable features for many biotechnological and biomedical applications of enzyme catalysts. One promising strategy to construct enzyme nanoreactors is to repurpose protein nanocages found in nature. However, protein-based enzyme nanoreactors often exhibit decreased catalytic activity, partially caused by a mismatch of protein shell selectivity and the substrate requirements of encapsulated enzymes. No broadly applicable and modular protein-based nanoreactor platform is currently available. Here, we introduce a pore-engineered universal enzyme nanoreactor platform based on encapsulins-microbial self-assembling protein nanocompartments with programmable and selective enzyme packaging capabilities. We structurally characterize our protein shell designs via cryo-electron microscopy and highlight their polymorphic nature. Through fluorescence polarization assays, we show their improved molecular flux behavior and highlight their expanded substrate range via a number of proof-of-concept enzyme nanoreactor designs. This work lays the foundation for utilizing our encapsulin-based nanoreactor platform for diverse future biotechnological and biomedical applications.
履歴
登録2024年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PmdC
B: PmdC
C: PmdC
D: PmdC
E: PmdC
F: PmdC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,63919
ポリマ－211,5066
非ポリマー5,13313
水6,485360
1
A: PmdC
B: PmdC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1816
ポリマ－70,5022
非ポリマー1,6794
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: PmdC
D: PmdC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1816
ポリマ－70,5022
非ポリマー1,6794
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: PmdC
F: PmdC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2777
ポリマ－70,5022
非ポリマー1,7755
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.151, 157.864, 95.011
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.449, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "E"
d_6ens_1chain "F"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11LYSLYSASNASNAA3 - 3173 - 317
d_12SO4SO4SO4SO4AG401
d_13NAPNAPNAPNAPAH402
d_21LYSLYSASNASNBB3 - 3173 - 317
d_22SO4SO4SO4SO4BI401
d_23NAPNAPNAPNAPBJ402
d_31LYSLYSASNASNCC3 - 3173 - 317
d_32SO4SO4SO4SO4CK401
d_33NAPNAPNAPNAPCL402
d_41LYSLYSASNASNDD3 - 3173 - 317
d_42SO4SO4SO4SO4DM401
d_43NAPNAPNAPNAPDN402
d_51LYSLYSASNASNEE3 - 3173 - 317
d_52SO4SO4SO4SO4EO401
d_53NAPNAPNAPNAPEP402
d_61LYSLYSASNASNFF3 - 3173 - 317
d_62SO4SO4SO4SO4FQ401
d_63NAPNAPNAPNAPFR402

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999954733875, -0.00657423909277, -0.0068781961253), (-0.00655468329472, -0.999974422649, 0.00286184796006), (-0.006896834672, -0.00281663401805, -0.999972249737)-0.292217332369, -64.2966578939, -24.4522184951
2given(-0.640672361017, 0.404447898237, -0.652656742431), (0.421541277196, -0.525177671863, -0.739250542507), (-0.641749076703, -0.748739147226, 0.165975335404)17.6033208793, -67.527705303, -77.984020182
3given(-0.617205856422, -0.404019106796, 0.675148496363), (0.442511434539, 0.53126777839, 0.722452889777), (-0.650569412976, 0.744663084212, -0.149118509622)8.29319237118, -15.6513386323, -33.8410309189
4given(-0.617517120841, -0.403121243069, 0.675400524767), (-0.4607847052, -0.510500969305, -0.725993261533), (0.637455928612, -0.759527500309, 0.129490985604)-31.2435884927, -48.4121033342, -77.6728341416
5given(-0.629062577797, 0.39874482302, -0.667295166572), (-0.442489651012, 0.522099114706, 0.72911962199), (0.639126890346, 0.753933074309, -0.151992557381)-22.2072437335, 2.82064193546, -32.4385997112

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要素

#1: タンパク質
PmdC


分子量: 35250.941 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Comamonas testosteroni ATCC 11996 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93PS4, 酸化還元酵素
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化温度: 294.2 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 25% PEG3350
PH範囲: 5.0-6.0 / Temp details: ambient temperature

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
1801N
2801N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS-II 17-ID-211
シンクロトロンALS 8.2.221
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS EIGER X 16M1PIXEL2021年2月27日
DECTRIS PILATUS3 2M2PIXEL2021年6月11日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21
反射解像度: 2.34→29.44 Å / Num. obs: 89100 / % possible obs: 97.66 % / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 39.81 Å2 / CC1/2: 0.948 / CC star: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.1977 / Rrim(I) all: 0.2728 / Net I/σ(I): 2.9
反射 シェル解像度: 2.34→2.4 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.7477 / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 9129 / CC1/2: 0.515 / CC star: 0.825 / % possible all: 79.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
PHENIX1.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.34→29.44 Å / SU ML: 0.3931 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.1712
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2769 2007 2.31 %
Rwork0.2394 84956 -
obs0.2403 86963 97.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→29.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14688 0 323 360 15371
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009615310
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.512520784
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0852316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0132676
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.10115826
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.543842311416
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.71852471511
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.607192779891
ens_1d_5AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.642352733117
ens_1d_6AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.49390222986
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.34-2.40.32331170.30434933X-RAY DIFFRACTION79.49
2.4-2.470.3471440.28756181X-RAY DIFFRACTION99.92
2.47-2.540.28541440.27446171X-RAY DIFFRACTION99.87
2.54-2.620.34851450.27166176X-RAY DIFFRACTION99.68
2.62-2.710.34191500.27576246X-RAY DIFFRACTION99.95
2.71-2.820.34551440.26696150X-RAY DIFFRACTION99.68
2.82-2.950.33921490.25826193X-RAY DIFFRACTION99.86
2.95-3.110.30711450.25256141X-RAY DIFFRACTION99.41
3.11-3.30.29591500.2496198X-RAY DIFFRACTION99.22
3.3-3.550.26491400.23076068X-RAY DIFFRACTION98.23
3.55-3.910.22911450.22176088X-RAY DIFFRACTION97.99
3.91-4.480.21421450.20446168X-RAY DIFFRACTION98.78
4.48-5.630.26231420.21846144X-RAY DIFFRACTION98.26
5.63-29.440.27241470.2416099X-RAY DIFFRACTION96.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.398266704947-0.1956097876830.1775470967740.726552245877-0.4093959806931.33112922844-0.0539291875263-0.0747292136081-0.1955335657920.148384028654-0.0006511526181020.01242463139010.156861390248-0.1344274898980.0530155249640.342674429324-0.01412410185010.04894205068060.372466633529-0.006179176549010.31511915358-24.5084173448-48.14217405821.54443436211
2-0.09540287473210.211874507730.05510204817230.189325204182-0.2537330518081.050801124360.006516030843150.1458894043230.106632767707-0.1227856116050.0217042529465-0.00352542395693-0.111754385516-0.102894044005-0.02997810333060.4101838861240.003437596024220.1017209247750.4687255910320.01285705598440.39461478253-24.4943430509-15.9899063786-25.690447264
32.158222536220.259219714591-1.056272921240.6761082588370.05667126957351.01924162393-0.0571016025865-0.210670688534-0.216870184460.0480259316573-0.04258356507210.03955453434610.1239776114790.01115887711730.1055588911720.319906569920.006009581071750.01260471188080.4407983772260.02456481672470.31028741296512.8272165095-53.7163872122-25.951401023
41.547317635440.688764878566-0.5033037669051.56857875698-0.2427557160440.663241552390.03005094107940.005674025910390.0663733248642-0.130111336499-0.0853160535088-0.3092781786310.03912663523370.1172512617950.0613105921880.3418126883420.04107089074470.06499885720480.4460445247390.04840472379610.34870614482843.9134865899-50.958522234-53.9771093574
51.58141846847-0.4892131313330.464957036960.969540341561-0.1128999382420.630230085634-0.0774899171052-0.1868751832380.05256055324820.1818405685260.0147338032131-0.114777945421-0.0364480776066-0.06405845182630.06217444108110.3839919734910.004940007204610.0526719226240.414580516532-0.03904331320020.3139488651294.34123275599-13.662923273-56.5314460081
61.97499991022-0.41881069431.62189479367-0.0340913142339-0.5003042362610.926625444332-0.0763529212498-0.0599882333480.16622805412-0.02231687186030.007537413629410.0229999799934-0.0859768951777-0.0688265259090.07817413234570.351077126839-0.005592730937320.08038223729680.427206940128-0.05400583638930.357624341865-27.0129037431-10.3489495517-84.635814602
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 3 - 402 / Label seq-ID: 1

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11Chain AAA - C
22Chain BBD - F
33Chain CCG - I
44Chain DDJ - L
55Chain EEM - O
66Chain FFP - R

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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