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万見
- PDB-9azi: NMR solution structure of cell-permeant miniature protein ZF5.3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9azi
タイトルNMR solution structure of cell-permeant miniature protein ZF5.3
要素Designed Zinc finger protein 5.3
キーワードDE NOVO PROTEIN / mini-protein / cell-permeant / zinc finger / endosomal escape
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / Generic Transcription Pathway / RNA Polymerase II Transcription Termination / Cajal body / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Krueppel-associated box (KRAB) profile. / KRAB box / krueppel associated box / Krueppel-associated box / KRAB domain superfamily / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger protein 473
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Giudice, J.A. / Kelly, M. / Schepartz, A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)2203903 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM134963 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2025
タイトル: The biophysical requirements that govern the efficient endosomal escape of designed mini-proteins.
著者: Giudice, J. / Brauer, D.D. / Zoltek, M. / Vazquez-Maldonado, A.L. / Dadina, N. / Kelly, M. / Schepartz, A.
履歴
登録2024年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月23日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年8月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Designed Zinc finger protein 5.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,2692
ポリマ－3,2041
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Designed Zinc finger protein 5.3 / Zinc finger protein 100 homolog / Zfp-100


分子量: 3203.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZNF473, KIAA1141, ZFP100 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q8WTR7
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic23D 1H-13C NOESY
161isotropic23D 1H-15N NOESY
121isotropic22D 1H-13C HSQC
131isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic22D 1H-15N HSQC
151isotropic23D (H)CCH-TOCSY
171isotropic21D 1H
181isotropic21D 1H

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 800 uM [U-13C; U-15N] ZF5.3, 20 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 1.6 mM ZnCl2, 90% H2O/10% D2O
Label: 13C-15N / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
800 uMZF5.3[U-13C; U-15N]1
20 mMTRISnatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mMTCEPnatural abundance1
1.6 mMZnCl2natural abundance1
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: 1 / pH: 5.5 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO60015mm TCI Cryoprobe
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO80025mm TCI Cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis Assign3.2.0Laue E.D.chemical shift assignment
TopSpin4.3.0Bruker Biospin解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIH3.5Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
ARTINAKlukowski, P., Riek, R. and Guntert, P.peak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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