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- PDB-9az8: Kynurenine monooxygenase from Pseudomonas fluorescens complexed w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9az8
タイトルKynurenine monooxygenase from Pseudomonas fluorescens complexed with 4-cyclohexylphenylacetyltetrazole
要素Kynurenine 3-monooxygenase
キーワードFLAVOPROTEIN/INHIBITOR / inhibition / bioisostere / monooxygenase / tryptophan metabolism / FLAVOPROTEIN / FLAVOPROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


kynurenine 3-monooxygenase / kynurenine 3-monooxygenase activity / kynurenine metabolic process / anthranilate metabolic process / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / quinolinate biosynthetic process / L-tryptophan catabolic process / NAD+ metabolic process / NAD+ biosynthetic process / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Kynurenine 3-monooxygenase / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Kynurenine 3-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Phillips, R.S. / Ma, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Kynurenine monooxygenase from Pseudomonas fluorescens complexed with 4-cyclohexylphenylacetyltetrazole
著者: Phillips, R.S. / Ma, W.
履歴
登録2024年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kynurenine 3-monooxygenase
B: Kynurenine 3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,77510
ポリマ－101,4792
非ポリマー2,2968
水7,494416
1
A: Kynurenine 3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8665
ポリマ－50,7401
非ポリマー1,1274
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Kynurenine 3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9095
ポリマ－50,7401
非ポリマー1,1694
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.540, 52.540, 136.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Kynurenine 3-monooxygenase / PfKMO / Kynurenine 3-hydroxylase


分子量: 50739.520 Da / 分子数: 2 / 変異: C252S,C461S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: kmo, qbsG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84HF5, kynurenine 3-monooxygenase

-
非ポリマー , 5種, 424分子

#2: 化合物 ChemComp-A1AIN / 1-(4-cyclohexylphenyl)-2-(2H-tetrazol-5-yl)ethan-1-one


分子量: 270.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H18N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 13% PEG 8000, 0.13M Ca(OAc)2, 14% glycerol, and 0.08M sodium cacodylate pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.8 Å / Num. obs: 129564 / % possible obs: 97.34 % / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 41.58 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 2.56
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Num. unique obs: 172 / CC1/2: 0.876

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
autoPROCdata processing
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→41.9 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2106 2015 2.95 %
Rwork0.1695 --
obs0.1707 68209 97.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→41.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7094 0 41 417 7552
拘束条件タイプ: f_chiral_restr / Dev ideal: 0.064 / 数: 1117
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-20.32871330.31284497X-RAY DIFFRACTION94
2-2.050.34851460.29724757X-RAY DIFFRACTION99
2.05-2.110.34351410.284785X-RAY DIFFRACTION99
2.11-2.180.3251440.25814789X-RAY DIFFRACTION99
2.18-2.260.30231440.23414752X-RAY DIFFRACTION99
2.26-2.350.26181480.21424767X-RAY DIFFRACTION99
2.35-2.460.25311480.20384771X-RAY DIFFRACTION99
2.46-2.590.24681430.19484780X-RAY DIFFRACTION98
2.59-2.750.26641440.18954748X-RAY DIFFRACTION97
2.75-2.960.25411420.18494522X-RAY DIFFRACTION94
2.96-3.260.2341420.17984811X-RAY DIFFRACTION98
3.26-3.730.21651450.14174739X-RAY DIFFRACTION97
3.73-4.70.15961460.12574715X-RAY DIFFRACTION96
4.7-41.90.1481490.14574761X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6242-0.9788-0.46423.52781.32121.6331-0.00790.0430.0477-0.16090.011-0.0002-0.0839-0.0516-0.03420.2018-0.0248-0.0360.28150.01730.2766-3.4996-4.1109-64.8997
22.6961-0.9572-1.33741.63220.37891.9011-0.1435-0.2689-0.24190.27460.11140.16890.03290.03530.04770.2499-0.027-0.05160.28410.02730.3482-12.5524-4.1341-49.8169
30.8962-0.5814-0.29641.94020.6932.0618-0.0649-0.44260.21410.29290.1076-0.1587-0.19050.1998-0.05530.3756-0.001-0.07490.4726-0.05150.47952.44050.6968-47.5186
44.70171.88851.23015.05434.43696.7853-0.1148-0.2750.4885-0.18770.1553-0.1523-0.76920.2855-0.15150.6199-0.0445-0.07510.5041-0.07360.59475.321118.3444-38.6191
50.5848-0.73611.0884.5177-1.60292.0361-0.0434-0.10920.12380.13970.02390.0003-0.05080.07730.01770.2691-0.0014-0.02870.2863-0.05560.213519.478214.3445-0.9605
68.41370.4934-5.17764.427-1.09376.50670.30120.34470.5959-0.0582-0.2751-0.0155-0.5958-0.4126-0.07880.31520.0266-0.08990.259-0.04070.282927.095235.7183-11.2902
72.3532.46470.50886.62830.2392.2961-0.0794-0.1189-0.2370.02630.0558-0.19860.2558-0.05120.02110.2040.0497-0.00390.3264-0.02730.281617.83818.4452-3.1568
82.98010.952-0.80291.0765-0.35451.039-0.06730.2168-0.1472-0.17520.0275-0.08330.0517-0.0560.05410.34960.0143-0.02540.2736-0.03680.26228.298419.3845-19.8713
90.29940.01190.56385.4339-2.99562.7291-0.06270.28640.4194-0.0515-0.1425-0.3911-0.47120.05240.17490.51040.0305-0.0710.493-0.03840.490515.597734.3435-22.5532
103.10532.8854-3.06234.5589-5.41486.5394-0.43840.93560.1882-0.00970.6169-0.4762-0.511-1.0995-0.12260.70510.0319-0.04380.8334-0.09340.625811.506344.8575-30.9921
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 81 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 82 through 286 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 287 through 395 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 396 through 457 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 7 through 58 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 59 through 105 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 106 through 170 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 171 through 343 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 344 through 413 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 414 through 457 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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